林樂知聽說這件事後，立即找宋耀如訓話，不準他今後參與政治活動，並命令他立即下鄉去傳教。後來，又把他派到內地，在江蘇昆山當一名巡回傳教士。
在昆山，宋耀如依靠微薄的工資，租了一間簡陋的村舍小屋，不但麵積小得可憐，而且四麵透風，遇到陰雨天時，總是外麵下大雨，屋內下小雨。正像這間破屋子一樣，這是一個幻想破滅的嚴峻時期。中國人不喜歡他，認為他不倫不類，外國人瞧不起他，認為他充其量也隻是個有抱負的農民，宋耀如沮喪到極點，天和地一片昏暗。
就在萬念俱灰的時候，宋耀如結識了他後來的夫人倪桂珍，這使他的生活的又一次轉機。
宋耀如與倪桂珍是通過牛尚周介紹認識的。倪桂珍，浙江省餘姚縣人，出身於士大夫家庭，賢淑而有教養。據傳倪家祖上娶了明代大學士徐光啟的女兒，因而倪家人都與徐光啟一樣，世世代代信奉天主教，到了她父親倪韞山時又改信基督教。倪桂珍兒時在家庭私塾讀書，後來畢業於上海培文女子高等學堂。她不信舊禮教，主張男女平等，要求婦女解放，並且不曾纏足。當時倪桂珍的大姐已嫁給了牛尚周，二姐嫁給了溫秉忠。牛、溫二人十分欣賞宋耀如這個密友的才華，便自告奮勇充當紅娘，把閨中待嫁的小姨子介紹給了他。兩個有共同宗教信仰和西方教育背景的年青人一見鍾情。宋耀如與倪桂珍是閃電般結婚的，從相識到結婚隻有兩個月。
時來鐵也生輝，運退黃金失色。新婚後的宋耀如，真可謂是時來運轉，歡樂代替了苦悶，幸福代替了孤獨，他的人生從此開始步入發達，及至後來的輝煌。
亂世造英雄。宋耀如就是在19世紀末，中華大地動亂頻仍，狼煙四起的時候崛起的。1888年，宋耀如加入了以反對清朝統治為宗旨的秘密會社三合會，這是他從傳教士向革命者過渡的開始。因為是反清組織，所以危險性很大，隨時都有掉腦袋的可能。
宋耀如受在美國時接受的林肯思想的影響，義無反顧地投入到反清事業中。與此同時，他的傳教士生涯也開始轉運，林樂知不再與他為難，提升他為正式牧師，並把他調回到上海地區。
反清事業，迫使宋耀如開始為錢奔波，在美國經商的實踐，更重要的是多年資本主義社會的耳濡目染，他很快就看出經商的門路，並走上了正軌。宋耀如把目光投向了宗教書刊，當時的宗教書刊，大都由國外印刷後運到中國銷售，不但價格昂貴，一般人無法承受，而且這些書都是英文，大部分人看不懂。宋耀如抓住這個缺口，當了一陣子批發商後，大膽地辦了一個印刷廠，用中國生產的便宜紙張，雇傭中國廉價的勞動力，在中國印刷宗教書刊。
這是一個大膽的嚐試，也是一次成功的嚐試，對他的宗教事業和反清事業都是一個很好的幫助。從宗教方麵看，由於把《聖經》等書翻譯成了上海地區的方言，這樣，即便是紗廠女工、碼頭裝卸工，或是種田農民，都可以讀得懂，擴大了宗教的傳播範圍，同時，也使印刷數量猛增；從反清事業方麵看，可為其籌措資金，支援反清活動。
印刷廠在宋耀如的經營之下，井井有條，沒過多久，一家虧損的麵粉廠也劃到宋耀如的名下，作為一個實業家，宋耀如在上海灘嶄露頭角了。
1892年，出於種種原因，宋耀如辭去神職，專心經營工商業，成為一名實業家。他創建了華美印書館，與美國聖經協會訂立合同，出版《聖經》中文版。因經營有方，他很快成為有影響的出版商。再加上良好的外語功底和掌握的西方先進的技術和管理經驗，他如虎添翼，後來又涉足麵粉和重型機器等行業，把外國的機器輸入上海並與人合辦麵粉廠，成為上海灘最早的買辦之一。
從此，宋耀如開始發跡，逐步成為百萬富翁，開創了宋氏家族的基業，成為宋氏家族第一人。
雖然辭去了神職，但宋耀如仍然是一個全心奉獻而極為活躍的基督徒。他在商業上的成就雖然與宗教信仰的追求沒有直接的關聯，卻促使他成為上海衛理公會教友中傑出而有影響力的領袖。在往後的日子中，他聯合中國籍的一些傳教士和基督徒創辦了中國的基督教青年會，與上海美國聖經公會維持密切關係，並且以經費大力支援衛理公會的活動。夫人倪桂珍在上海也以從事教會活動而出名，他們家成為過往的外籍傳教士的聚會之所。
除了傳教士與商人的身份外，宋耀如還是一個革命者。1894年，宋耀如結識了孫中山，並成為他的追隨者，在孫中山革命精神的感召下，宋耀如開始成為中國革命的積極支持者和參與者。
宋耀如和孫中山一見如故。二人都是廣東人，同是三合會成員，又都在國外受過教育，且還都是基督徒，他們倆都曾想以醫行天下，又都有宏大的抱負，相同的信仰，相同的理念，把他們聯係在一起。
推翻清廷，光複河山，是孫中山等革命者的首要目標，而要達到這一目標，首要的是發動群眾，組織民眾，成立革命團體，為革命大造輿論。孫中山為他的革命團體起的名字為興中會，意為振興中華。