1880年11月7日，當緝私船停泊在威爾明頓港口時，瓊斯便把他帶到第五街衛理會教堂裏接受了洗禮，自此，宋耀如成了一名基督教徒。
為宋耀如主持洗禮典禮的裏考德牧師在與宋耀如做過多次的深入交談後，決定讓查理·宋接受西方教育，培養他成為一個傳教士，一個會治病的傳教士，讓他把本領帶回中國，去拯救同胞的肉體和靈魂，進而改變中國的命運。
在裏考德牧師、羅傑、穆爾上校以及朱利安·卡爾將軍的幫助下，宋耀如到了美國一所著名的神學院杜克大學聖三一學院學習。
宋耀如在聖三一學院上的是課程緊湊的預備班，把其他學生用幾年時間才能學完的課程壓縮到幾個月來學。教授們知道宋耀如沒有受過係統教育，所以就因材施教，用速成的辦法培養他，隻抓重點課程，對於神職人員通常必須精通的拉丁文、希臘文和德文，隻要求他略知一二即可，重點是讓他掌握英語和數學，帶他進入《聖經》的神聖境界之中。
宋耀如天資聰穎，善於模仿，且有很強的記憶力，他雖說不能完全領悟西方文化和基督教神學的精髓，但是他能夠流利地複敘他讀過的《聖經》上的詞句和從布道會上聽到的隻言片語的說教。一名當年的學生後來回憶宋耀如刻苦的學習精神時說：
查理·瓊斯·宋在學院的第一年，是我們全體學生極為興奮的一年。大部分同學認為，查理是一個十分刻苦用功的學生，他不僅天資好，而且善於總結經驗，因此學習進步很快。他生活也非常儉樸，學習之餘還抽空從事打麻繩和編織吊床的副業，從未浪費過一文錢。查理為人和藹可親，能和同學們打成一片，因此克萊文院長也對他讚賞備至。
1881年6月25日，宋耀如寄出了離家六年來的第一封家信。他以一個虔誠的基督徒身份，請求監理會赴華傳教士林樂知轉交其父母，信是這樣寫的：親愛的父親：
我願寫這封信讓你知道我在何處。我於1875年在東印度群島（即印度尼西亞）離開哥哥到美國，幸運的我找到了耶穌基督——我們的救世主。為基督之故，上帝滿足了我的要求，與我相見。現在達勒姆主日學校和聖三一學院正在幫助我，我急於受到教育，以便我能回到中國，告訴你關於達勒姆朋友們的善意和上帝的仁慈。上帝派遣他的獨生子為世上所有罪人而死。我是個罪人，但由於上帝的恩典得救。我記得我還是小孩時，你帶我去一座寺廟朝拜木頭菩薩。啊，父親，縱然你禮拜一輩子，木頭菩薩也不會幫助人，不會有一點好處。在我們過去的時代，人們不知道基督，但是我現在已找到救世主，不論我到哪裏，他都安慰我。請你張開耳朵，你能聽到神靈在說話；請你用眼向上看，你會看到榮耀的上帝。我深信上帝，並希望憑上帝的意誌在世上再見到你。我們現在在度假，我住在達勒姆·卡爾先生的家裏。收到我的信，請立即答複，我將非常高興收到你的信。請將我的愛給予母親、兄弟和姐妹，也給你。我下次寫信時將告訴你更多的事情。卡爾先生和太太是一個很好的基督教家庭，他們對我很好。
祝你好，來信請寄北卡羅來納聖三一學院。
你們的兒子 韓嘉樹
查理·瓊斯·宋
宋耀如度過了為期一年的愉快的大學預科學習生活。在這一年中，他的英語水平日益提高，文學造詣日益精深，神學知識日益廣博。不僅如此，他還經常參加學校組織的布道和募捐活動，經常和反對解放黑奴的人進行辯論。
預科學習生活結束後，宋耀如到南方萬德比爾特大學神學院繼續學習。1885年，以優異的成績畢業。在這期間，宋耀如收到了來自中國海南文昌縣的家信。母親在信中表達了希望他在美國學醫，以便將來普渡眾生，救死扶傷的願望。所以，宋耀如從萬德比爾特大學畢業後，又以優異的成績通過了醫學院的入學考試。但是，改行學醫無疑違背了南方衛理公會的“領袖”們幫助他接受教育的初衷。恰逢此時，美國各地的基督教會派出大批傳教士，前往中國各地傳教，美國南方衛理公會在上海就派遣了一個布道團，像宋耀如這樣已經美國化了的中國人正是充任傳教士的理想人選。
於是，1885年10月，北卡羅來納州監理會在馬克諦耶主教的主持下，舉行特別儀式，任命萬德比爾特大學神學院畢業生查理·瓊斯·宋為見習牧師，並派赴中國傳教，在上海林樂知牧師手下工作。
就這樣，經過10餘年的浪跡生活，這位海外遊子終於踏上了歸鄉之路，乘坐太平洋郵船公司的輪船，回到了上海碼頭。