嘉慶二十二年（1817），英國殖民者兵船在我渤海口遊弋，並突入天津內海，行動詭異，使清廷大為震驚。為加強京師防務，朝廷新設天津水師總兵，並由許鬆年首任此職。許奉旨進京朝見皇上，嘉慶皇帝見他跪地如站立，甚為詫異，讚曰：“卿身材如此魁偉高大，誠我大清大將軍也！”接著，他又詳細詢問有關英吉利洋船裝備及清軍防務等情況。許鬆年說自己見過夷船，奏稱可造輕巧快捷的同安兵船以拒之。嘉慶皇帝聽後很欣慰，便命他督造兵船。
許鬆年從福建調運大批木材，在遼寧金州建造同安快梭艇幾十艘，在旅順口集結後，駛往天津布防。他又親自招募水勇，日夜操練，使津門海防大大加強，麵貌為之一新。在天津任職期間，他還為溫州鄉親做了許多好事。例如，他和翰林編修邑人林培厚一起，首創京師溫州會館，密切溫籍京官之間的聯誼，為溫州赴京趕考的舉子和來京做生意的商賈，提供方便與幫助。此外，他和林培厚還替平陽監生林鍾英為冤案上京告禦狀而多方奔走，終於在溫籍京官共同支持下，將平陽知縣徐映台等一批貪官汙吏統統扳倒，為民伸張了正義。
道光元年（1821），許鬆年擢升廣東陸路提督，後又調任福建水師提督。其時，他的水師提督衙門就設在漳州，他親自巡察閩南海防後，發現諸多炮台均已廢弛，亟待重修，但又苦於經費匱缺。於是，他帶頭拿出自己的俸銀，捐建廈門、金門、大擔、小擔等要塞的戍堡譙樓，及廈門白石頭和浯嶼的營房炮台。經過一番整頓，總算使閩海海防有了一定的起色。從而為保衛海疆、鞏固海防，嚴厲打擊外國夷船的鴉片走私活動，立下了汗馬功勞。
水師提督稱得上是封疆大吏了，但許鬆年從不居功自傲，依然平易近人，體恤士卒，關心百姓疾苦。為追悼在曆次海戰中陣亡的將士，他與廈門、金門總兵諸將一起，集資在金門建造“昭忠祠”，親自擔任主祭，並撰寫《金門昭忠祠記》，刻碑以祀、告慰忠魂。在任期間，逢漳州久旱無雨，為解除旱災，他率領士卒助百姓開鑿河渠，引水灌田，大興水利，當地百姓感恩戴德，特刻印《漳南棠詠》詩集頌之。道光三年（1823），台灣時局動蕩，許鬆年不辭辛勞，連續兩次率軍赴台，先後平息彰化一帶閩、粵籍士民的械鬥和匪亂，使台灣局勢趨向穩定。
道光六年（1826），時任閩浙總督的孫爾準，因與孫鬆年有舊隙，竟抓住他足傷不能騎馬，乘轎領軍；赴台處理民眾械鬥，主張以撫為主這兩點，密奏朝廷，誣陷他“乘輿慢軍心，招撫損國威”，使之獲罪罷官。許鬆年乞病歸鄉，不久因傷發而逝。福建父老與部司聯名申奏，為其鳴不平。但等到朝廷查明真相，下詔重新啟用時，許鬆年已於數日前亡故。道光皇帝追悔不已，詔令追贈許鬆年為一品振威將軍，並令地方官府厚葬之。
一代水師名將，雖然含冤辭世，卻在《清史稿》上留下了濃墨重彩的一筆。當年許鬆年奮力守海疆的功績，一直受到後人的讚揚。