由於蔣孝勇病情嚴重，醫生束手無策，蔣孝勇萌生回大陸看病的想法，據蔣孝勇自己談，赴大陸有兩個目的：“一個是看病，一個是想回鄉看看。”“當初，我本來要去幾個地方的，北京、溪口、上海、南京、黃山。沒想到腦子長瘤(癌細胞轉移到腦部)所以就趕回來治療。去黃山的原因，是因為我父親整個中國都去過，就是黃山沒到過，我是想代父親去了個心願。”
然而，由於蔣孝勇體內的癌細胞已經全麵擴散，醫生已無回天之力，1996年12月22日晚病逝於台北，終年48歲。對於蔣孝勇之死，島內各報除了具有外省籍背景的《中國時報》、《聯合報》等用頭版頭條處理，並做了特輯外，其餘台籍人辦的報紙隻發了簡短的消息。由此可窺見世態炎涼、人情冷暖。蔣孝勇之死，標誌著蔣氏家族已經真正地走向沒落。
蔣經國的另外兩位兒子章孝嚴、章孝慈，在蔣經國病逝後，章氏兄弟雖未明確認祖歸宗，但與蔣孝武、蔣孝勇的兄弟關係與情分日漸明朗、公開。蔣孝武生前曾因章氏兄弟的心境，主動找他們討論這個問題，但又擔心對母親蔣方良造成感情衝擊。章孝嚴曾說：一切就讓它順其自然，不能讓任何人受到傷害，無論生者或死者。在蔣孝文與蔣孝武的葬禮上，章氏兄弟均以家屬身份出席。一位與蔣家關係濃厚的政界大老悵然地說，如果孝武的喪禮上，沒有孝嚴、孝慈，隻有孝勇，顯得多孤單、寂寞啊!
章氏兄弟給外界的印象頗佳。曾任“外交部次長”、後任“僑務委員會委員長”的章孝嚴，麵對未來充滿信心，十三大前夕，章氏迫不及待地爭取竟選資格。他對記者稱：如果上麵肯定他的做法和工作表現，也可能給他機會，提名他竟選中央委員。他說如果真提名到他，他將“全力以赴，包括請幾天假去拉票，到會場去爭取代表們支持”。他認為這樣做是他受教育所學的民主政治的做法，是“向同誌們推銷自己，有一天也向‘國民’推銷自己。反過來，也就是要接受黨中央、同誌和社會大眾的審核”。對於蔣氏家族，他稱讚他的3個兄弟都有很好的開始，他說孝武、孝勇和孝慈都已高票當選代表，如果家中4位被提名竟選中委，自然有其意義，但能夠當選幾位，意義將更為凸顯。
以2000年3月台灣大選前的政情觀察，章孝嚴可謂是蔣家第三代中的惟一背叛者。因他支持李登輝，反對林洋港與蔣經國生前路線，不斷受到李登輝提拔。先是以“外交部次長”升任“僑務委員會委員長”，後又升任“外交部長”。“外交部長”任內，他死抱李登輝的“務實外交”不放，宣稱台灣必須走向國際社會。一年多來，他積極追隨李登輝，在國際間不斷從事分裂祖國的活動。為了獎賞章孝嚴，李登輝在1997年8月台灣“行政院”人事調整時，提拔他做了新任“閣揆”蕭萬長的副手。後又由國民黨中央秘書長調任為“總統府秘書長”。在2000年3月台灣大選前，章孝嚴因婚外情灑淚退出台灣政壇。蔣經國5個兒子中惟一幸存者即為章孝嚴，此番丟官才真正結束了蔣氏家族在台統治。而今，下了台的章孝嚴正是一介平民，失去了李登輝的庇蔭與國民黨的保護，才又想起了認祖歸宗事。6月15日，他麵對香港鳳凰台記者的采訪，坦誠說他準備年底回大陸探訪，將赴浙江溪口祭祖。但願章孝嚴從李登輝“兩國論”的陰影下解脫出來，回到其父蔣經國的“一個中國”立場上來，致力於兩岸關係的發展與祖國統一，祖國人民是會歡迎他的。