然而，在新的宇宙觀看來，部分與全體的關係是更為對稱的。當然，了解部分的性質對了解全體的性質來講是有用的。同時，部分的性質也隻能通過整體的動力學來理解。整體是基本的，一旦你理解了整體，起碼從原則上講，就可以認識其部分及其相互作用的方式及性質。這種部分與整體相互關係的變化，首先發生在物理學，這是量子學的功勞。當時，物理學家們都很驚異，因為在量子領域裏，他們不能再運用經典意義上的概念了（原子、粒子），部分不好定義了。因為根據實驗的不同條件，它表現出不同的性質。物理學家們開始認識到，在原子的層次上，自然不再表現為一個由宇宙之磚構成的力學宇宙，而是一個關係之網。在這裏，根本就不存在部分，不論我們把部分稱為什麼，它隻不過是一種形式，有某種穩定性，因而能引起我們的注意。對整體和萬物相互關係的理解，以及對作為太一的表現的現象的理解，是東方哲學和世界觀的最重要的共同特征，是一切神秘主義傳統的主線，一切事物均被看成是相互依賴的，不可分割的，同一個實在的暫時形式。麥克斯韋認為人生的最高境界就是與大全（太一）的合一。
第二，結構與過程的關係發生了根本的變化。在老的世界觀看來，存在基本的結構，力與結構之間相互作用，就出現了過程。在新的科學世界觀看來，過程更是基本的，我們看到的每個結構都是基本過程的表現。這個思想首先是由愛因斯坦在《相對論》中提出來的。對質量是能的形式的認識，消滅了科學中物質實體的概念和存在基本結構的概念。亞原子粒子不是由任何物質的材料構成的，它們隻不過是能的一種形式，而能是與活動、過程分不開的。亞原子粒子的性質在本質上是動力學的。當我們觀察它們時，我們看不到任何實體，以及任何基本的結構，我們看到的隻是不停地從一種形式變成另一種形式的動力表現。關於過程的思想也是東方哲學和神秘主義的主題：世界處在流變之中，諸行無常。這樣，在近代物理學中作為機器的宇宙形象，就被相互聯係的、動力學的大全代替了，組成整體的部分在本質上是相互聯係的，也隻能把這理解為宇宙過程的方式而已。
第三，為了在相互聯係的關係之網上定義一個物，我們必須略去某些相互關聯的關係和進行觀察的工具，在我們這樣做時，就會把某些形式孤立起來，把它們解釋為物，不同的觀察者用不同的方式做到這一點。比如，當我們確證一個電子時，就隻能略去它與別的部分的聯係。那麼，這個電子可能表現為波，或表現為粒子，你看到的是什麼完全依賴於你怎麼看它。是海森堡把觀察者這種關鍵的作用帶進了量子物理學。在他看來，“在不同時談到我們自己時，就不能談論自然”。對一切現代科學來講，都是如此，這是從客觀科學向認識科學的轉變。在老的世界觀看來，科學的描述是完全客觀的，獨立於人這個觀察者和認識過程的。而在新的世界觀看來，理解認識過程的認識論，必須被包含在對自然的描述之中。在這一點上，科學家們對認識論沒有一致的意見。但大家又一致認為，認識論對任何科學理論來說都必須是不可分割的部分了。
關於“人的認識過程是人理解實在的不可分割的一部分”的觀念，正是神秘主義和東方哲學的特點。一切神秘的知識都不能借助分離的客觀的觀察來獲得，隻能在對整體存在的充分參與之中得到。麥克斯韋明確認識到這一點，並認為參與大全、參與無限是人的至福所在。在量子物理學中，觀察者與被觀察者不能是分離的（當然是可以區分開的），但神秘主義者在沉思中據說能達到物我不分、主客不分的地步。
第四，新的科學哲學和思維方式對科學家來說最深刻最難習慣的是：作為宇宙之磚的古老比喻是科學基本規律，是基礎、根本。正是它才成為知識大廈的基礎。我們的一切知識都建立在這些堅實的基礎之上：物質的基本之磚，基本的恒等式，平衡，基本常數，基本原則。這種作為知識之基的比喻，兩千多年來一直貫穿在西方哲學與科學之中。然而，正如麥克斯韋講的那樣，“科學知識的基礎不是凝固的穩定的”。它們常常變化，有幾次被徹底打碎了，每當知識革命發生時，都會使科學基礎發生動搖。笛卡爾在《方法論》中，談到他那個時代的科學時說，“在這個不斷變化的基礎上，沒有什麼東西是堅實的”。於是，他力圖在一個穩固的基礎上建立自己的新科學。300年過去了，愛因斯坦在評論量子物理學的發展時寫道，“似乎基礎被推翻了，任何地方也看不到基礎”。於是人們開始認識到知識的基礎是變化的。新的發現又提醒了人們，也許這是最後的一次，這倒不是因為沒有更大的進步與變化，而是在未來根本就不存在什麼基礎，我們的一切知識不可能建立在一個堅固的基礎上，因而，今天我們要把宇宙之磚的比喻換成網絡的比喻。這正如我們把周圍的實在看成關係之網一樣，我們的概念模式與理論要建立在一個代表被觀察現象的相互聯係網之上。在這個網上，根本不存在重要的和不重要的，因為這裏不存在任何基礎。作為網的知識的比喻對科學家來說是極不舒服的。30年前傑奧弗雷·邱(Geoffrey Chew)提出了粒子靴袢式理論清楚地表明了這一點。根據這個理論，自然不能被簡化為任何實體（比如物質的宇宙之磚等），必須把大自然看成是自我一致的。事物就在相互一致（和諧）的關係中存在。一切物理學都必須遵循這個原則：它的組成部分互相之間以及其自身是和諧一致的。30年過去了，邱和他的同仁們利用其理論方法提出了一個亞原子粒子的綜合理論和更為一般的自然哲學。這種靴袢式哲學不但放棄了物質宇宙之磚的基本概念，而且還拒絕了基本實體的概念（基本的常數、規律恒等式等），物質宇宙被看成是相互聯係的事件的動力學之網，這個網的任何一部分的性質都不是基本的，它們都與別的部分關聯。這種相互關聯的整體的和諧決定了整個網的結構。