何炳鬆在中國文化及文化史研究方麵也有不少成就。20世紀30年代，他參與提出的中國本位文化建設宣言，在全國激起了強烈的反響，學術界進行了長達兩年的大討論，很多著名學者發表了論文，提出了各種各樣的觀點，相互辯駁、相互補充，為怎樣建設中國文化問題作出了有益的探索。他對中國文化的特點、中西文化交流尤其是中國文化的西傳等問題作過研究，是這方麵的先行者之一。他對中國文化史的探索，深受梁啟超的好評。為了保存民族文化，他還領導中華學藝社創辦國樂研究所，設法聘請了不少專家，專門從事研究，為發掘、保存、弘揚祖國的優秀文化作出了不懈的努力。抗日戰爭的爆發，迫使國樂研究所陷於停頓；但不久他又在孤島恢複了中斷的工作，並根據實際情況縮小研究範圍，專注於昆曲的研究。
從1924年到1935年，何炳鬆在商務印書館工作了11年，擔任了多年的編譯所所長，是商務出版業務的實際負責人。在這段時期，商務先後經曆了建館以來的輝煌和災難：既是曆史上最繁榮、成就最大的時期，也遭遇了從編輯部門到總廠、圖書館全部被日軍炸毀的最艱難的時期。在何炳鬆的實際主持下，商務編印出版了一係列重要書籍。僅就大型叢書而言，就有《萬有文庫》第二集、《四部叢刊》續編、《四庫全書珍本》初集、《叢書集成》等的編纂出版。他還主編或參與主編了“中國史學叢書”、“中國曆史叢書”、“西洋史學叢書”、“社會科學小叢書”、“社會科學名著選讀”等叢書。此外，為了加強中小學教科書出版的力量，他親自參與，悉心指導。一·二八國難後，他為商務的複興殫精竭慮，嘔心瀝血。除了負責人事等館務外，並主管“大學叢書”的日常工作；主持《教育雜誌》的複刊，精心設計主題，約請各地名家撰稿，努力將刊物辦成權威雜誌。
在他的努力下，中華學藝社從日本搜集中國古籍並且影印出版的工作得以繼續進行；他還積極充當出版社和作者之間的媒介，介紹出版了很多書稿。獎掖後學、推介新人是他的一貫做法，姚名達、胡道靜等人的一些著作就是由他決定出版的，他們後來都成為了各領域的專家。
何炳鬆的另一重大貢獻是和鄭振鐸、張壽鏞等人在抗戰時期冒著生命危險，與日寇、偽滿和其他漢奸爭奪我國東南一帶大量流失的珍本古籍，成功搜購了大批珍貴文獻，使之免於流落異國或遭毀滅的命運。據不完全統計，這些書中，僅宋元刊本和稀見的明清抄校本、未刊稿本等善本的數量就達4000多種、4萬多冊，這還不包括現在早已列入善本的巨量明刊本如汲古閣本。這些善本的總量甚至超過了曆史悠久的北平圖書館的館藏，成為現在台灣中央圖書館的基本藏書。