居正還南，整個的政府機構停止下來，神宗吩咐揀重要的公事，送到江陵，其餘都待居正入京處理。次輔呂調陽感覺到有些難堪，從前有過伴食中書，自己不成為伴食大學士嗎？因此他索性請了病假，難得到內閣辦事。例行公事由張四維處辦，稍關緊要的公事，都送到江陵，聽候居正決定。得、得、得！從北京到江陵的大路上，正有無數的公文，在馬背上送來送去。
三月間，遼東又報大捷了，這是所謂“長定堡之捷”，捷報一到北京，神宗高興極了，立即告謝郊廟，感謝天地和祖宗的保佑，同時吩咐內閣大行賞賚。神宗和內閣提起慈聖太後的話：“賴天地祖宗默祐，乃國家之計，元輔平日加意運籌，卿等同心協讚之所致也。”（奏疏七《奉諭擬遼東賞功疏》。）四月十一日，神宗派兵部差官把上諭送到江陵，他還說起：“著兵部馬上差人，星夜前去與張先生看，將一應敘錄，比前再加優厚。”（奏疏七《奉諭擬遼東賞功疏》。）同時呂調陽等四位大學士的信也來了，內閣的題稿，遼東的捷報，都送給居正看。這一次真是一個驚天動地的大捷，怪不得神宗高興。事情是這樣的。韃靼的武士們，大致是七八百人罷，帶了牛羊向遼東邊界像風暴一樣地衝過來。他們口口聲聲說是投降。誰相信！韃靼的詭計多得很，這一定是詐降。遼東副總兵陶成嚳看定以後，一馬當先，率領部下的將士，也是狂風一樣地殺過去。這一次的韃靼真無用，像割草，像切菜，殺、殺、殺！一共殺去四百七十幾個韃靼，陶副總兵的刀柄濺滿了血腥，手腕也有些酸痛，看看隻剩少數的敵人，哭喪著臉，狼狽地抱頭鼠竄，這才點驗人頭，三百，四百，斜斜的眼，半睜半閉地在血泊裏瞧著長定堡的青天。最奇怪的是自己的部下一些損傷也沒有！自古以來，有過這樣的勝仗嗎？這才把陶副總兵樂得忘去了殺人的疲倦。經過幾次申報以後，現在這些公文完全在江陵張府的案上。
居正沉吟了，皇上已經告謝天地祖宗，還有什麼說的！他上疏說：“竊照遼東一鎮，歲苦虜患，邇賴聖明加意鼓舞，屢奏膚功。乃今以裨將偏師，出邊遏剿，斬馘至四百七十餘級，而我軍並無損失，功為尤奇。況當嘉禮美成之會，兩月之間，捷報踵至，而今次所獲，比前更多，此誠昊穹純祐，宗社垂庥，我皇上聖武之所致也。”（奏疏七《奉諭擬遼東賞功疏》。）皇上要他從優敘錄；他隻有從優擬議。陶成嚳升官，遼東總兵李成梁升蔭世襲指揮僉事。薊遼總督梁夢龍、遼東巡撫周詠升級，兵部尚書方逢時，和左、右侍郎也加俸加級，連帶內閣大學士呂調陽、張四維特加武蔭，馬自強、申時行特加文蔭，其餘照例升賞的大小官員，尚不在內。四百七十幾位韃靼武士啊，你們不是枉死的了，你們那半開半閉的眼睛，會從血泊裏看到別人得了這麼多的賞賜！
但是這一次的勝仗，未免勝得太容易、太離奇了，居正總有些不放心。他一麵函囑薊遼督、撫查究，一麵函詢兵部尚書方逢時。他給逢時說起：
遼左之功，信為奇特，伏奉聖諭俯詢，謹具奏如別揭。但細觀塘報，前項虜人有得罪土蠻，欲過河東住牧等語，雖其言未可盡信：然據報彼既擁七八百騎，詐謀入犯，必有準備；我偏師一出，即望風奔潰，駢首就戮，曾未見有抗螳臂以當車轍者，其所獲牛、羊等項，殆類住牧家當，與入犯形勢不同。此中情勢，大有可疑。或實投奔之虜，邊將疑其有詐，不加詳審，遂從而殲之耳。今奉聖諭特獎，勢固難已，但功罪賞罰，勸懲所係，萬一所獲非入犯之人，而冒得功賞，將開邊將要功之隙，阻外夷向化之心，其所關係，非細故也。（書牘十《答本兵方金湖言邊功宜詳核》。）
居正在奏疏裏留著一句：“雖其中有投降一節，臣未見該鎮核勘詳悉。”這是一個活著。明朝是監察權高於一切的時代，遼東有巡按禦史，未經核勘以前，其實算不得定局。遼東巡按安禦史一經查實，隨即函告居正，這才明白真相。韃靼七八百名武士是真的，他們因為得罪土蠻，所以攜帶牛羊，拚命東莽，準備向朝廷投降，卻想不到遇著一位殺人不眨眼的陶副總兵，給他們一個死不瞑目。但是這怎麼辦呢？天地祖宗都謝過了，恩賞一直蔭到大學士的子、孫，難道都要推翻？居正還準備息事寧人，但是口口聲聲，抱怨呂調陽等的糊塗。他和薊遼督撫說起：
向者南歸，奉聖諭遼東大捷，命孤擬議思賞，比時心竊疑之，曾以請教，隨具一密疏入告，及孤入朝，則業已處分矣。近得安道長（即巡按禦史。）一書，據其所訪，則與小疏一一符合，何當事諸公之不審處，一至於此也！今大賚已行，固難追論，但賞罰勸懲所係，乖謬如此，殊為可恨。謹錄疏稿及安君書奉覽，幸惟秘存。（書牘十《答邊鎮督撫》。）
這是萬曆六年居正還朝以後的事。不久，給事中光懋上奏，指實陶成嚳殺降要功，請求治罪，並請將大學士，兵部尚書、侍郎及薊遼總督、遼東巡撫、總兵恩賞一並剝奪。這真是一個有力的奏疏，事情已經揭開，當然隻有徹查。居正立即函致巡按禦史，切實說起：
去歲，承示長定事，鄙意以其事已成，可置勿論矣，不意該科又有此疏，已奉旨並勘。今惟當據實分別真偽，以俟宸斷，量其虛實大小，以為予奪厚薄。明主懸衡鑒以裁照，決不致有枉抑也。辱示事情，一一領悉。去歲之事，不日到京，聞人言嘖嘖，不獨執事言之，今雖欲曲隱，而人之耳目，可盡塗乎？近日彼中督、撫書來，又言執事雲，見不日奏對稿中，有投降等語，不敢具核冊，須使人密探而後行者。此必執事畏諸人之怨恨而托之不日以自解也。然執事有糾察之貴，為朝廷明功罪，慎賞罰，何嫌何畏，惟當核實，作速勘明，則公諭自昭，人心自定矣。（書牘十《答遼東安巡按》。）
經過居正的支持以後，安禦史的奏疏來了，一切和光懋的話一樣。兵部尚書和薊遼督、撫還在設法隱飾，但是事情已經隱飾不來了。最後的結果，內閣、兵部、督、撫、總兵的恩賞一齊革除。居正在萬曆七年曾經說起：“賞罰明當，乃足勸懲，未有無功幸賞，而可以鼓舞人心者！”又說：“近日遼左虛冒功級，雖督、撫、大將，已將之恩皆追奪。”（書牘十《答總憲吳近溪》。）經過這一番振飭，韃靼武士們可以瞑目了。
居正這一次的作風，真有些操切，莫說已降之恩一概革奪，似乎不近人情，最初報捷的梁夢龍，題請的方逢時，擬旨的呂調陽等，不感覺難堪嗎？這裏有的是內閣多年的同僚，心腹相共的朋友，和一手提拔的門生，然而居正顧不得，在為朝廷整飭綱紀的前提下麵，居正不顧私人的關係。國家賞罰倒置，還成什麼國家。居正在這方麵，當然有他的決心。
話又說回來了，在文明葬事既畢以後，居正又匆促地準備入京。從前人說：“身在江湖，心在魏闕”，正是居正這時的心境。禦史周友山給他的信上，說他“戀”。居正坦然地答複道：
孤之此行，本屬初意，今荷聖慈特允，獲遂夙行，所謂求仁而得仁也。他何知焉？茲奉翰示，“戀之一字，純臣所不辭。今世人臣，名位一極，便各自好自保，以固享用。”至哉斯言，學者於此，能確信自信，服行勿失，便可為天地立心，為生民立命，為萬世開太平，非譾見謏聞所可窺也。（書牘十《答憲長周友山》）。
“戀”是不肯放棄。在古代的政治術語上，不肯放棄成為一種罪惡，所以罵人久於祿位，說他“戀位”“戀棧”。在“戀”字的意義，經過這樣地轉變以後，政治界最高超的人生觀，便是那優遊不迫、漠不關心的態度。做小官的說是“一官如寄”，做大官的便想“明哲保身”。至於國家的事，倘使有人在那裏切實負責，那麼，罵他一聲“戀位”，背後也可以指手劃腳，詛咒“俗吏”；倘使沒有人負責，那麼，也好，天下事自有天下人負責，風雅的官長們不妨分韻賦詩，何必管這麼多的俗務？居正對於“戀”字，直認不諱，正在那裏提倡當時政治界的一種新人生觀。
在辭別老母和吩咐司禮太監魏朝護送太夫人秋季入京以後，居正又從江陵出發了。從此以後，他再沒有看到江陵。三十二人的大轎，在五月二十一日，仍向北京開拔。但是夏天的道路，經過淫雨以後，更不易走，眼看五月底入京的限期無法遵守，居正隻得再請寬限道：“臣已於本月二十一日，更服墨縗，星馳就道。伏念臣違遠闕庭，已逾兩月，今恨不能一蹴即至，仰覲天顏。但臣原籍去京師，幾三千裏，加以道途霖潦，哀毀餘生，難勝勞頓，今計五月中旬之限，已屬稽違，私心惶惶，不遑寧處。除候到京之日，伏槁待譴外，謹先奏知，以仰慰聖母、皇上懸念。尤冀聖慈曲垂矜憫，特寬斧鉞，稍假便宜，俾孱弱之軀，獲免困仆，裂肝碎首，殺不敢辭。臣無任惶悚隕越之至。”
這一奏疏上去，神宗下諭：鑒奏，知卿已在途，朕心慰悅。炎天遠道，宜慎加調攝，用副眷懷，便從容些行不妨。（見奏疏七《奉諭還朝疏》。）
居正還京的行程，因此從容下來。路過襄陽，襄王出城迎接；以後再過南陽，唐王也同樣迎接。明朝的政事，臣民遇見藩王，都行君臣之禮，但是現在不同了，隻行賓主之禮。從南陽向北，不久便到新鄭。居正再去訪問高拱，這一次高拱更頹唐了。居正到京以後，還去過一次信：
比過仙裏，兩奉晤言，殊慰夙昔，但積懷未能盡吐耳。承教二事，謹俱祗領。翁第專精神，厚自持，身外之事，不足縈懷抱也。初抵京，酬應匆匆，未愁鄙悰，統容專致。（書牘十四《答中玄高相國四》。）
這是他們最後一次的見麵了。所說二事，大致是指高拱立嗣，和身後請求恤典的事。高拱的暮年真淒涼，六十幾歲的人了，連嗣子還沒有確定；身後的恤典，一切還得仰仗自己的政敵。立嗣是高家自己的事，恤典畢竟要由居正維持，在這方麵，居正沒有忘去多年的交誼。
從新鄭北上，渡過黃河，六月十五日末時以後，居正到達北京郊外真空寺，神宗已經派司禮監太監何進在那裏賜宴。本來在居正上疏請求寬限以後，皇上固然盼切，內閣、六部、都察院、各寺、六科，連同南京部、院、寺、科，聯名請求催促居正還朝。現在果然到了，皇上派員設宴，兩宮皇太後也派管事太監賜銀八寶，賜金錢、川扇，賜點心、果餅、鮮果、清酒。何進口傳聖旨：若午時分進城，便著張先生在朝房伺候，朕即召見於平台。若未時分進城，著先生徑到宅安歇，次日早，免朝召見。（見奏疏七《謝遣官郊迎疏》。）
十五日來不及入朝，居正回宅安歇。第二天十六日是早朝的日期，上諭免朝，神宗到文華殿，仍在西室召見居正。
“臣以前者蒙恩準假葬父，”居正叩頭道，“事竣，臣母老，未能同行，又蒙聖恩，特留司禮監太監魏朝，候秋涼伴行。臣一門存歿，仰戴天恩，不勝感切。”
“先生此行，忠孝兩全了。”神宗說。
“臣一念烏鳥私情，若非聖慈曲體，何由得遂？感恩圖報之忱，言不能宣，惟有刻之肺腑而已。”居正說。
神宗安慰居正說：“暑天長路，先生遠來辛苦。”
居正叩頭謝恩，一麵又請求違限之罪。
神宗把請罪的事擱下，隻說“朕見先生來，甚喜。兩宮聖母亦喜。”
“臣違遠闕庭，倏忽三月，”居正慨然地說，“然犬馬之心，未嚐一日不在皇上左右。不圖今日重睹天顏，又聞聖母慈躬萬福，臣不勝慶忭。”
“先生忠愛，朕知道了。”神宗說。經過一度停頓以後，神宗又問：“先生沿途，見稼穡何如？”
居正奏明往來道路所經畿輔、河南地方，二麥全收，秋禾茂盛，實豐登之慶。
神宗又問道：“黎民安否？”
“各處撫、按、有司官來見，臣必仰誦皇上奉天保民至意，諄諄告戒，令其加意愛養百姓。凡事務實，勿事虛文。臣見各官兢兢奉法，委與先年不同。以是黎民感德，皆安生樂業，實有太平之象。”居正說。
“今邊事何如？”皇上又關心地問道。
“昨在途中見山西及陝西三邊督、撫、總兵官，俱有密報，說虜酋俺答西行，為挨落達子所敗，損傷甚多，俺答僅以身免。此事雖未知虛實，然以臣策之，虜酋真有取敗之道。夫夷、狄相攻，中國之利，此皆皇上威德遠播，故邊境七安，四夷賓服。”居正又在下麵叩頭稱賀了。
神宗說：“此先生輔佐之功。”
居正看定這是一件重大的事件，所以愈說愈高興，連古代那些聖王之道，都說上了，語句中間，也越發文縐縐的。他說：“虜首若果喪敗，其運從此當日衰矣。但在我不可幸其敗而輕之。蓋聖王之製夷狄，惟論順逆，不論強弱：若其順也，彼勢雖弱，亦必撫之以恩；若其逆也，彼勢雖強，亦必震之以武。今後仍望皇上擴並包之量，廣複育之仁，戒諭邊臣，益加恩義。彼既敗於西，將依中國以自固，又恐乘其敝而圖之。若我撫之，不改初意，則彼之感德益深，永為藩籬，不敢背叛，此數十年之利也。”
神宗聽到這一篇議論，很高興地點頭道：“先生說的是。”停了一下以後，又說：“先生沿途辛苦。今日見後，且在家休息十日了進閣。”
居正叩頭稱謝，神宗賜銀一百兩、絲六表裏、新鈔三千貫，還有兩隻羊、兩瓶酒，連帶茶飯一桌，燒割一份。神宗又差司禮太監張宏，引導居正到慈慶宮、慈寧宮叩謝兩宮皇太後。
居正回內閣辦事之先，第一還得辦自己的事。在居正葬父的時候，湖廣的大官都來會葬，偏偏胡廣巡按禦史趙應元沒有到。應元自稱出差已滿，正在襄陽和新任巡按郭思極辦理交代，所以不能來。理由盡管舉得出，但是居正總有一點不舒服。應元巡按事畢，照例當回都察院聽候考察。明朝是一個重視監察權的時代，巡按禦史當然有巡按禦史的本分；但是中期以來，把這個聽候考察的故事，視為具文的，不止一人，在逐漸鬆懈的局麵下，這並不是意外。應元告了病假，回籍養病，沒有回院。都察院左都禦史陳火介是主管官，負有整頓紀綱的責任，立即提出彈劾，認為托病規避，應予罷斥。應元隨即受到除名的處分。這是居正還朝以前的事。但是問題來了。據說這一次陳火介提出彈劾，受了僉都禦史王篆的指使，王篆是居正的門客，平時和應元不睦，現在更要討好居正，以致挑逗出這一個局麵。於是事情又集中到居正身上。戶部員外郎王用汲上疏攻擊陳火介，但是主要的對象還是居正。他說：
陛下但見陳火介論劾應元，以為恣情趨避，罪當罷斥，至其意所從來，陛下何由知之？如昨歲星變考察，將以弭災也，而所挫抑者，半不附宰臣之人：如翰林習孔教則以鄒光標之故；禮部張程則以劉台之故；刑部“浮躁”，獨多於他部，則以艾穆、沈思孝而推戈；考後劣轉趙誌皋，又以吳中行、趙用賢而遷怒。蓋能得輔臣之心，則雖屢經論列之潘晟，且得以不次蒙恩；苟夫輔臣之心，則雖素負才名之張嶽，難免以“不及”論調。臣下不意陛下省災塞咎之舉，僅為宰臣酬恩報怨之私；且凡附宰臣者，亦各借以酬其私，可不為太息矣哉！孟子曰：“逢君之惡其罪大。”臣則謂逢相之惡，其罪更大也。陛下天縱聖明，從諫勿咈，諸臣熟知其然，爭欲碎首批鱗以自見。陛下欲織錦綺，則撫臣、按臣言之；欲采珍異，則部臣、科臣言之；欲取太倉光祿，則台臣、科臣又言之：陛下悉見嘉納，或遂停止，或不為例。至若輔臣意之所向，不論是否，無敢一言以正其非，且有先意結其歡，望風張其焰者，是臣所謂逢也。今大臣未有不逢相之惡者，火介特其較著者爾。以臣觀之，天下無事不私，無人不私，獨陛下一人公耳。陛下又不躬自聽斷，而委政於眾所阿奉之大臣，大臣益得成其私而無所顧忌，小臣益苦行私而無所訴告，是驅天下而使之奔走乎私門矣！陛下何不日取庶政而勤習之，內外章奏，躬自省覽，先以意可否焉，然後宣付輔臣，俾之商榷，閱習既久，智慮益弘，幾微隱伏之間，自無逃於天鑒。夫威福者陛下所當自出，乾綱者陛下所當獨攬，寄之於人，不謂之旁落，則謂之倒持；政柄一移，積重難返，此又臣所日夜深慮，不獨為應元一事已也。
用汲這次奏疏，完全是對準居正的。在他上疏的時候，居正還沒有回朝，內閣諸人，呂調陽在病假中，張四維擬旨，用汲革職為民。居正六月十五日入京，十六日召見，事後會見張四維、馬自強、申時行，知道事情原委，這才調出用汲原疏細看。不看猶可，看了增加不少的憤慨。居正隨即上疏請求鑒別忠邪。他指明用汲微意所在，隻在居正一人；他說用汲的本心，隻在離間君臣；他甚至說用汲請皇上獨攬乾綱，隻是要皇上為剛愎自用之秦始皇，讒害忠良之隋文帝。然後他慨然地說：
夫國之安危，在於所任，今但當論輔臣之賢不賢耳。使以臣為不肖耶，則當亟賜罷黜，別求賢者而任之。如以臣為賢也，皇上以一身居於九重之上，視聽翼為，不能獨運，不委之於臣而誰委耶？先帝臨終，親執臣手，以皇上見托，今日之事，臣不以天下自任而誰任耶？羈旅微賤之臣，一旦處百僚之上，據鼎鉉之任，若不得明主親信委用，又何以能肩巨負重，而得有所展布耶？況今各衙門章奏，無一不經聖覽而後發票，及臣等票擬上進，亦無一不請聖裁而後發行，間有特出宸斷，出於臣等智慮所不及者：今謂皇上漫不經意，一切委之於臣，何其敢於厚誣皇上耶？臣自受事以來，殫赤心以盡忠帝室者，神明知之矣。賴我皇上神聖，臣得以少佐下風，數年之間，紀綱振舉，百司奉職，海內之治，庶幾小康，此市人田夫，所共歌頌而欣慶者也。今乃曰，“人人盡私，事事盡私，”又何顛倒是非一至此耶？然用汲之言如此也，而意不在此也；其言出於用汲也，而謀不止於用汲也。緣臣賦性愚戇，不能委曲徇人，凡所措畫，惟施一概之平；法所當加，親故不宥，才有可用，疏遠不遺；又務綜核名實，搜剔隱奸，推轂善良，摧抑浮競；以是大不便於小人，而傾危躁進之士，遊談失誌之徒，又從而鼓煽其間，相與慫恿攛嗾，冒險釣奇，以覬幸於後日，為攫取富貴之計，蓄意積慮，有間輒發：故向者劉台為專擅之論，今日用汲造阿附之言。夫專擅阿附者，人主之所深疑也，日浸月潤，鑠金銷骨，小則使臣冒大嫌而不自安，大則使臣中奇禍而不自保。明主左右，既無親信重臣，孤立於上，然後呼朋引類，借勢乘權，恣其所欲為，紛更變亂，不至於傾複國家不已。此孔子所以惡利口，大舜所以疾讒說也。臣日夜念之，憂心悄悄，故敢不避煩瀆，一控於聖明之前，遂以明告於天下之人：臣是顧命大臣，義當以死報國，雖赴蹈湯火，皆所不避，況於毀譽得喪之間！皇上不用臣則已，必欲用臣，臣必不能枉己以徇人；必不能違道以幹譽；台省紀綱，必欲振肅；朝廷法令，必欲奉行；奸宄之人，必不敢姑息，以撓三尺之公；險躁之士，必不敢引進，以壞國家之事；如有捏造浮言，欲以熒惑上聽、紊亂朝政者，必舉祖宗之法，請於皇上，而明正其罪。此臣之所以報先帝而忠皇上之職分也。尤望皇上大奮乾斷，益普離明，大臣之中，有執法奉公如陳火介者，悉與主持裁斷，俾得以各守其職業而無所畏忌，則國是不移而治安永保矣。臣誠不勝懷忠奮義，憤發激切之至。（奏疏八《乞鑒別忠邪以定國是疏》。）
奏疏上去以後，奉上諭：
朕踐祚之初，方在衝幼，賴卿受遺先帝，盡忠輔佐，以至於今，紀綱振肅，中外寧，此實宗社之靈，所共昭鑒。惟是奸邪小人，不得遂其徇私自便之計，假公伺隙，肆為讒譖者，累累有之。覽奏，忠義奮激，朕心深切感動。今後如再有訛言侜張，撓亂國是的，朕必遵祖宗法度，置之重典不宥。卿其勿替初心，始終輔朕，俾臻於盛治，用副虛己倚毗至懷。（奏疏八《乞鑒別忠邪以定國是疏》。）
居正這次上疏，是一篇獨裁者政治立場的宣言。居正有綜核名實、整頓綱紀的決心，同樣也有修明庶政、安定內外的能力。然而居正采取的政治路線，在當時不是平常的政治路線。他曾經希望穆宗實行獨裁政治，現在付諸實行，獨裁者便是他自己。居正的路線，實際是從一般的君主政治走向獨裁政治，但是對於這一點，居正自己沒有意識到。他隻覺得這是“報先帝而忠皇上之職分”。其實他那種“皇上以一身居於九重之上，視聽翼為，不能獨運，不委之於臣而誰委耶”的口吻，從神宗聽來，未必怎樣悅耳。當然，十六歲的皇帝，談不到和居正爭權，但是事態正在逐日地演變，神宗也正在逐日地長大。獨裁者和君主的對立，成為必不可免的結果。假使萬曆十年，居正不死，我們很難推測他的前途，而居正一死，神宗立即成為他的最大的敵人，從政治關係看，正是最易理解的現象。這一切，在萬曆初年，神宗、居正都沒有看到；而劉台、王用汲這一流人隻覺得居正太專擅了，希望神宗給他一些應有的製裁。
九月間，居正母趙夫人入京。司禮太監魏朝一直伴送到京，神宗又命司禮太監李佑出郊慰勞，隨即護送趙夫人直至居正私宅。兩宮皇太後都派宮中管事太監一同慰勞。不久以後，皇上和太後的賞賜頒下了。皇上賜金累絲鑲嵌青紅寶石長春花頭麵一副，銀八寶豆葉一百兩、紅絲蟒衣一匹、青絲蟒衣一匹、紅羅蟒衣一匹、青羅蟒衣一匹、裏絹四匹、甜食二盒。仁聖皇太後賜金累絲首飾一副、織金閃色絲六表裏、葷素盒八副。慈聖皇太後賜金累絲鑲嵌青紅寶石珍珠花頭麵一副、珍珠寶石環一雙、紅羅蟒衣一匹、青紵絲蟒衣一匹、紅綢蟒衣襖兒、綠膝襴裙一套、青紵絲蟒衣襖兒、綠紵絲暗花裙一套、銀八寶豆葉三包、每包二十兩、葷素盒八副。居正感激涕零，在上疏稱謝的時候，說起：
驚傳閭巷，榮感簪紳，實臣子不敢覬之殊恩，亦載籍所未聞之盛事。欲酬高厚，惟當移孝以作忠，苟利國家，敢惜捐軀而碎首。（奏疏八《謝賜母首飾等物疏》。）
趙夫人年齡太高了，而且疾病連綿，沒有入宮叩謝，仍由居正至會極門叩頭代謝。（見奏疏八《謝兩宮聖母疏》及《文忠公行實》。）王世貞說神宗和皇太後慰諭居正母子，幾用家人禮，假如趙夫人入宮，這是很可能的待遇。
居正的感激，在書牘中常時流露。五年十月，他和致仕的王崇古說起：
別來一歲中，奔命驅馳，憂瘁萬狀，重蒙聖主垂念烏鳥私情。老母入京，又荷兩宮聖母慰問勤慻，賜賚優渥。夫士感知己之分，一飯之恩，猶欲以死酬報，況如不肖者，將何以仰答聖恩於萬一乎？自是當永肩一心，矢死靡他，雖舉世非我，亦有所不暇顧矣。（書牘十《答王鑒川》。）在居正歸葬、入京的中間，曾經兩次和高拱會晤。到十月間，高拱死了。隆慶六年和萬曆之初，政治界的三大人物是徐階、高拱和張居正。徐階是前輩，隆慶元年，年六十四歲，他已經開始感覺到政治生活的厭倦，所以不久便致仕了。剩下高拱、居正，他們是多年的朋友，六年的政敵。在能力方麵，他們正是敵手，在性情方麵，他們也許有一些不相同，但是這僅是很幾微的一點，在大體上，他們是一致的。這樣的兩個人物，倘使在同一的局麵裏，他們必然會從摩擦而衝突；但是在不同的局麵裏，他們也許會從了解而傾慕。隆慶六年六月以後，高拱失敗了，他好比一匹負傷的猛獸，回到草莽間呻吟，他那部《病榻遺言》，對於居正加以攻擊，原在意中。但是居正對於高拱的情感，從隆慶六年到萬曆六年，正在不斷地轉移，道過新鄭的訪問，流露出內心的好感，在他目中隻看到一位二十年的舊交。現在高拱死了，居正寫信給他的弟弟，談到恤典的事：
三十年生死之交，一旦遂成永隔，刺心裂肝，痛何可言？猶幸比者天假其便，再奉晤言，使孤契闊之悰，得以少布，而令兄翁亦遂長逝而無憾也。今嗣繼既定，吾契且忍痛抑哀，料理家事，至於恤典諸事，須稍從容，俟孤於內廷多方調處，俾上意解釋，孤乃具疏以請。旦夕有便，當告之貴省撫、按，托其具奏報也。（書牘十四《答參軍高梅庵》。）高拱的嗣子務觀確定了，恤典還沒有把握。居正是高拱的政敵，但是居正始終沒有仇視高拱。仇視高拱的馮保，也還有轉圜的餘地。最困難的是這一位“十歲孩子”。居正所謂“多方調處”者指此。最後決定由高拱妻張夫人上疏請求恤典，果然神宗拒絕了。居正這才委婉上疏：
看得高拱賦性愚戇，舉動周章，事每任情，果於自用，雖不敢蹈欺主之大惡，然實未有事君之小心，以此誤犯天威，死有餘戮。但伊昔侍先帝於潛邸，九年有餘，犬馬微勞，似足以少贖罪戾之萬一。皇上永言孝思，凡先帝簪履之遺，猶不忍棄，況係舊臣，必垂軫念；且當其生前，既已寬斧鉞之誅，今值歿後，豈複念宿昔之惡？其妻冒昧陳乞，實亦知皇仁天複，聖度海涵，故敢以匹婦不獲之微情，仰幹鴻造也……夫保全舊臣，恩禮不替者，國家之盛典也；山藏川納，記功忘過者，明主之深仁也。故臣等不揣冒昧，妄為代請，不獨欲俯存閣臣之體，實冀以仰成聖德，覃布鴻施，又以愧死者，勸生者，使天下之為臣子者，皆知竭忠盡力，以供戴堯舜之君也。（奏疏八《為故大學士高拱乞恩疏》。）神宗批道：“高拱負先帝委托，藐朕衝年，罪在不宥。卿等既說他曾侍先帝潛邸講讀，朕推念舊恩，姑準複原職，給與祭葬。”（奏疏八《為故大學士高拱乞恩疏》。）這一次所得的葬，隻是“半葬”；在祭文裏麵，還帶著不少的貶詞。（《明紀》卷四十。）居正和高梅庵說起：“玄翁恤典，甚費心力，僅乃得之，然贈諡尚未敢瀆請，俟再圖之。遇此一番應得之例，續請根基，定於此矣。”（書牘十四《答參軍高梅庵》。）半葬是由國庫擔任葬費的一半，居正特為函囑河南巡撫周鑒從速發出。（書牘十四《答河南周巡撫》。）等到葬事有了頭緒，梅庵又請居正為高拱作傳，作墓誌銘。居正說：“仆與玄老交深，平生行履，知之甚真，固願為之創傳以垂來世。墓銘一事，雖委微命，亦所不辭，謹操筆以俟。”（書牘十四《答參軍高梅庵》。）這幾句話，透出居正對於高拱的情感。