在這兩次廷杖中間，福建巡撫龐尚鵬有書到居正，為諸人營救；南京操江禦史張嶽上疏請令居正奔喪。西南方的彗星，還是真射到東北，蒼白色的光芒，造成萬曆五年十月間的恐怖。群臣都感覺不安，謠言好比沒有根蒂的柳絮一樣，正向四圍激蕩。有的甚至說居正預備造反，情形離奇到不成樣子。神宗的上諭又下了：
朕承天明命，為天下君，進退予奪，朕實主之，豈臣下所敢自擅。元輔張居正，受皇考顧命，輔朕幼衝，攄忠宣猷，弼成化理，以其身任天下之重，豈容一日去朕左右！茲朕體其至情，厚加恩恤，凡人子所以榮親送終之典，備極隆異，元輔孝思，已無不盡，亦不在此一行。且綱常人紀，君臣為大，元輔既受皇考付托，義不得複顧其私，為朕倚任，義不得恝然自遂。朕為社稷至計，懇切勉留，群臣都當助朕留賢，才是同心為國。叵耐群奸小人，藐朕衝年，忌憚元輔忠正，不便己私，乃借綱常之說，肆為擠排之計，欲使朕孤立於上，得以任意自恣，殊為悖逆不道，傾危社稷，大傷朕心。茲已薄示處分，用懲奸罔，凡爾大小臣工，宜各明於大義，恪共職業，共成和衷之治。如或黨奸懷邪，欺君無上，必罪不宥。欽哉，故諭。（奏疏六《乞恢聖度宥愚蒙以全國體疏》。）
這一道鎮壓的上諭，果然奏效，不但謠諑寧靜下來，連群臣進言，也因此稍息。誰願意“乃借綱常之說，肆為擠排之計”呢？居正隨後疏稱：
今言者已詆臣為不孝矣，斥臣為貪位矣。詈臣為禽獸矣，此天下之大辱也，然臣不以為恥也。夫聖賢之學，有遁世不見是而無悶者，人臣殺其身，有益於君則為之，況區區訾議非毀之間乎？苟有以成臣之誌，而行臣之忠，雖被惡名，不難受也。臣之所懼，獨恐因是而益傷皇上之心，大虧國體之重，鑿混沌未萌之竅，為將來無窮之害耳。今諸臣已被譴斥，臣不敢又救解於事後，為欺世盜名之事；前已奏稱遵諭暫出，今亦不敢因人有言，又行請乞，以自背其初心。但連日觸事驚心，憂深慮切，故敢陳其縷縷之愚。伏願皇上恢宏天地之量，洞開日月之明，察兆心仰戴之誠，憫迂儒拘攣之見，卓然自信，盡揮群疑，今後凡有言者，諒其無知，勿與較計，寧使愚臣受辱，毋致有傷聖心。仍乞鑒臣初請，俟大禮既成，放臣歸葬，則紛紛之議不俟禁諭而群喙自息矣。（奏疏六《乞恢聖度宥愚蒙以全國體疏》。）
居正疏中雖請神宗恢宏聖度，但是居正的度量，委實亟待恢宏。假如他認識吳中行等隻是“迂儒拘攣之見”，那麼為什麼不能救解於事後？為什麼認為上疏救解，隻是欺世盜名之事？居正隻是心地窄隘，談不上容人之量。
在七七之中，居正雖然不入閣辦事，但是對於國事，始終不曾放手，內閣的公文，一直送到孝幃閱。十月過去，到十一月初，七七已滿，聖諭於初六日吉期，人閣辦事。這一天，文書官孫斌宣召居正到前台入見皇上。
“臣父不幸，仰荷聖恩，賜引吊賜賻，”居正叩頭以後，麵奏道：“又遣官治葬，恤典殊常。臣於國家，未有盡寸之功，叨此隆恩，感洞心膂。”
“先生孝情已盡了，”神宗說，“朕為社稷，屈留先生。先生隻想父皇付托的意思，成全始終，才是大忠大孝。”
居正的眼淚落下了，他說：“伏奉皇上前後諭旨，委曲懇切，臣愚敢不仰體？又昔承先帝執手顧托，誓當以死圖報，今日豈敢背違？但臣賦性愚直，凡事止知一心為國，不能曲徇人情，以致叢集怨仇，久妨賢路。今日若得早賜放歸，不惟得盡父子微情，亦可保全晚節。”
“先生精忠為國的心，”神宗說，“天地祖宗知道，聖母與朕心知道。那群奸小人乘機排擠的，自有祖宗的法度治他，先生不必介懷。”
殿上沉默了半晌，神宗又繼續地說：“今日好日子，先生可就閣辦事。”（奏疏《謝召見疏》。對話用原文。）
居正叩頭謝恩。神宗加賞銀五十兩、彩段四表裏、酒飯一桌；同時再著文書官孫斌送居正到閣。張文明這一死，經過幾度的波折，終於在十一月初六日，居正青衣角帶，仍回內閣辦事。
在奪情起複的中間，還有一件意外的故事，寧國府生員吳仕期聽說首輔不奔喪，認為這是人心世道的大變。也許是一種好名的衝動，也許隻是衷心的刺激，他決定上疏諫止。事情還沒有做，太平府同知龍宗武知道了，立刻告給操江禦史胡檟，胡檟再轉告居正。恰在此時，南方流傳海瑞《劾張居正疏》。海瑞自從隆慶四年罷官，久已回到瓊山，隻因在應天巡撫任內，聲名太大，所以這篇惝恍離奇的奏疏，居然流傳一時。居正、胡檟當然知道沒有海瑞上疏的事，但是在揣摩偽疏作者的時候，大家都想到吳仕期。居正一麵把胡檟的奏疏擱起，一麵再和他說：
承示狂犯之獄，不勝駭異，詐傳詔旨，律有明條，彼自罹於辟，誰得而貰之！但詳其偽疏之意，不過以海君為世望人，故托之以陰鼓異類，窺竊虛名，而不知先陷於大辟之罪，所謂噴血以自汙，求名而不得，可惡也，亦可哀也。近年以來，人心不正，邪說橫行，包藏禍心，欲傷善害正者何限，特斯人不幸而敗露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求黨與，其所芟除，將恐不止斯人。雖群小自作之孽，無所歸咎，然於宇宙太和之氣，得無少損乎？吾聞國君不仇匹夫，蟣虱之流，殺之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢與聞，今既已知之，則願以解網之仁，乞之於左右。大疏特令差人停進，惟高明裁之。（書牘十一《答操江胡玉吾》）
仕期這時已入太平府獄中，胡檟正在等待上疏的結果。居正複書來了以後，胡檟看清居正不原株連的意思，當然他再給信宗武。七天以後，仕期果然在太平獄中被笞身死。一件刑事重案就算用政治處分結束了。對於這一件事，胡檟、龍宗武都應當負責，就是居正也不免要負道義的責任，但是他最初隻是不願株連，卻想不到會發生嚴重的後果。
萬曆五年十一月到了，彗星的蒼白色的光芒，還是向東北直射。就在這一月，再由神宗下詔考察京官。本來京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，舉行京察的，稱為“閏察”。武宗時代，宦官劉瑾當權的時候，閹黨吏部尚書張彩請不時考察京官，留下一個惡例，現在是居正運用這個惡例的時候了。居正本來不相信自然界的現象對於人事會有什麼關係的。他自己不曾說過嗎？“夫天道玄遠，災祥之應，皆未可知。孤嚐學此於天官氏矣，考其占驗，鹹屬茫昧。”（書牘九《答河道吳自湖》。）所以他假借星變的名義，舉行閏察，排除異己，不能不算是一種褊狹的行為。在這一次京察，主張維持綱常名教的調任南京禮部尚書何維柏罷職了，請令居正馳驛奔喪的南京操江禦史張嶽罷職了，疏救吳中行等的會讀趙誌皋、調任南京國子司業張位也罷職了。居正死後，吏部尚書楊巍疏稱“六年京察，祖製也，若執政有所驅除，非時一舉，謖之閏察，群情不服，請永停閏察”。萬曆十三年，永停閏察，便是這一次的後果。
萬曆五年九月以後，居正在百感俱集的當中，決定了兩件大事：第一是河漕機構的合並，第二是各省田畝的清丈。
明代對於河、漕的事務，最初分屬於兩個機構，河道總督專管黃河，漕運總督專管漕運。其後漕運總督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍屬河道總督。但是從淮安到茶城，借河為漕，河道總督的職權，隻能管到這一段的黃河，對於河南以上的黃河，其實沒有管到，當時也沒有整理黃河上遊的主張。因此河、漕兩個機構，永在摩擦的當中。這是一向的事實。萬曆四五年間，河道總督傅希摯更和漕運總督吳桂芳不斷地爭執。五年九月，調山東巡撫李世達為河道總督。調河道總督傅希摯為陝西巡撫。居正以為有了辦法，但是隨即發現這是製度的問題，不是人的問題，不是人的問題。十月中，再把世達調開，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳為工部尚書，兼都察院右副都禦史，總理河、漕，提督軍務（《明史？河渠誌》“五年命桂芳為工部尚書兼理河漕。”語誤。兼理河、漕在五年，進工部尚書在六年。明《萬曆實錄》、《明史稿》及《明史？吳桂芳傳》語皆合。）。河、漕兩個機構，到此正式合並。六年之初，居正有信給桂芳說：
治河之役，朝廷以付托於公者甚重……承示，恐流言之搖惑，慮任事之致怨。古人臨事而懼，公今肩臣任事，安得不為兢兢？若夫流議怨謗，則願公勿慮焉。孤淺劣無他腸，唯一念任賢保善之心，則有植諸性而不可渝者。若誠賢者也，誠誌於國家者也，必多方引薦，始終保全，雖因此冒險蒙謗，亦無悶焉。顧近一二當事者，其始未嚐不銳，至中路反為人所搖，自乖其說，或草率以塞責，或自隳於垂成。此豈廟堂不為主持而流謗之果足為害耶？子產曰，“政如農功，日夜以思之，思其始而圖其終，行無越思，如農人之有畔。”願公審固熟慮，集思廣益，計定而後發，發必期成。至於力排眾議，居中握算，則孤之現也。使孤得請而歸，後來之事，誠不可知；若猶未也，則公可無慮矣。（書牘十《答河道司空吳自湖言任人任事》。）
不幸就在六年正月桂芳病死，隨後再命潘季馴為右都禦史兼工部左侍郎、總理河漕，至此河漕，至此河、漕方麵得到一個正當的解決。
明代以前，國家歲入，以賦役為大宗，賦是田賦，役是丁役。要整頓國家的收入，便要從調查田地和戶口入手。滕文公要行仁政，使畢戰問孟子，請他指示井地的辦法。孟子說：“子之君將行仁政，選擇而使子，子必勉之。夫仁必自經界始。經界不正，井地不鈞，穀祿不平，是故暴君汙吏必慢其經界。經界既正，分田製祿，可坐而定也。”孟子這幾句話，固然透露他對於井田的理想，但是行仁政必自經界始，是一句顛撲不破的話。當時惟有把田地、丁口調查清楚以後，人民的擔負才能平均，不至於有一部分逃避責任，另一部分加重擔負的流弊。
太祖洪武二十六年的調查：戶一千六百五萬二千八百六十，口六千五十四萬五千八百十二，田八百五十萬七千六百二十三頃。到孝宗弘漢四年重行調查的時候，中間經過九十八年的休養生息，貴州又經開辟，無論丁口和田地方麵，都應當有巨額的增加，但是實得的隻有戶九百十一萬三千四百四十六，口五千三百二十八萬一千一百五十八，田六百二十二萬八千五十八頃。（田土調查在弘治十五年。《明史？食貨誌》載天下土田止四百二十二萬八千五十八頃。嘉靖八年霍韜言天下額田已減強半，其言皆誤。蓋嘉靖間修《會典》誤以六百餘萬頃為四百餘萬頃。今以萬曆本《會典》考之，應作六。）這裏的結論不是丁口、田地的減少而隻是擔負賦稅的丁口、田地減少了。豪門的家奴，兩京的匠役，都免除了役的義務，於是便有賣身投靠和冒充匠役的人民；再不然，便行賈四方，舉家舟居，調查戶口的也就無從著手。至於田地，也有撥歸王府的，也有隱托豪宗的；再不然，在治安有問題的地方，當然更談不上征收。擔負賦稅的丁口、田地減少，一切的責任又加到其餘的人民身上，更加造成政治上的不平。萬曆五年十一月，居正疏請調查戶口、田地，凡莊田、民田、職田、蕩地、牧地，一概從實丈量，限三載竣事。（《明史紀事本末》作萬曆五年十一月，《明史？食貨誌》作萬曆六年，《明紀》作萬曆七年十一月。按萬曆本《明會典》卷十七有萬曆六年田土實數。蓋疏請在五年，而開始調查則在六年。）這一件事業的完成，在居正歸葬以後，姑且不談。萬曆九年，蕭廩為陝西巡撫，盡管詔書嚴催調查隱田，蕭廩吩咐部下隻要和舊額相等，無須多報。（《明史》卷二二七《蕭廩傳》。）史冊流傳，以為美談。其實對於少數人的寬容，恰恰增加多數人的負擔，這一點最簡單的政治常識，當時人沒有看到，反而認為居正的主張過於苛刻，不能不算是曆史上的怪事。
萬曆六年到了，大婚改在二月，籌備的程序，著著進行。正月間司禮監文書官丘得用口傳聖旨，奉聖母慈諭：“這大禮，還著元輔一行，以重其事。”又說：“忠孝難以兩盡，先生一向青衣角帶辦事，固是盡孝；但如今吉期已近，先生還宜暫易吉服，在閣辦事，以應吉典，出到私宅，任從其便。”大婚便得欽定問名納采使兩人，按當時的資望，正使當然是英國公張溶，副使便是居正。慈聖皇太後賜居正坐蟒、胸背蟒衣各一襲，吩咐自正月十九日起，吉服辦事。不料戶科給事中李淶上疏，認為居正有服，不宜參加吉禮，請求改命。神宗隨即諭示居正：
昨李淶說，大婚禮不宜命先生供事。這廝卻不知出自聖母麵諭朕說，先生盡忠盡不的孝。重其事，才命上公元輔執事行禮。先生豈敢以臣下私情，違誤朝廷大事。先朝奪情起複的，未聞不朝參居官食祿，今先生都辭了，乃這大禮亦不與，可乎？看來今小人包藏禍心的還有，每遇一事，即借言離間。朕今已鑒明了，本要重處他，因時下喜事將近，姑且記著，從容處他。先生隻遵聖母慈諭要緊，明日起暫從吉服，勿得因此輒事陳辭。（奏疏六《請別遣大臣以重大禮疏》。）
這是正月十八日的事，經過一度疏辭以後，居正暫從吉服，照常辦事。
穆宗逝世以後，慈聖皇太後一向住在乾清宮，對於神宗盡監護的責任。現在大婚期近，皇太後退居慈寧宮，一麵諭示神宗：
說與皇帝知道，爾婚禮將成，我當還本官，凡爾動靜食息，俱不得如前時聞見訓教，為此憂思。爾一身為天地神人之主，所係非輕。爾務要萬分涵養，節飲食，慎起居，依從老成人諫勸，不可溺愛衽席，任用匪人，以貽我憂。這個便可以祈天永命，雖虞舜大孝，不過如此。爾敬承之，勿違。（奏疏六《乞遵垸慈諭疏》。）
同時慈聖太後賜居正坐蟒、蟒衣各一襲，彩緞八表裏，銀二百兩，又頒慈諭：
皇帝大婚禮在邇，我當還本宮，不得如前時常常守著照管，恐皇帝不似前向學勤政，有累盛德，為此深慮。先生親受先帝付托，有師保之責，比別不同。今特申諭交與先生，務要朝夕納誨，以輔其德，用終先帝付托重義，庶社稷蒼生，永有賴焉。先生其敬承之，故諭。（奏疏六《謝皇太後慈諭疏》。）
慈聖太後把監護的責任，完全移交居正。居正對於神宗，是擔當國事的大臣，同時也是朝夕照管的監護人。直到神宗大婚以後，居正的雙重職責，依然存在。奉到慈諭以後，居正疏稱：
慈奉誥諭，以慈駕還宮，慮看管之少疏，恐聖德之有累，委臣以師保之責，勉臣以匡弼之忠，寵錫駢蕃，開諭懇切。臣捧讀未竟，涕泗橫流。念臣昔承先帝顧托之重，既矢以為國忘家、捐軀徇主矣，其在今日，敢不益攄忠藎，圖報國恩！但內禁外廷，地勢自隔；臣謨母訓，聽納懸殊。尚冀我聖母念祖宗基業之重，天位保守之難，凡所以擁護聖躬，開導聖學者，尤望時加訓迪，勿替夙恩。臣知皇上純孝性成，必能仰承慈意，服膺罔懈也。至於進盡忠言，弼成聖政，則臣分義所宜自盡者，雖微慈諭，猶當恩勉，況奉教督諄諄，敢不罄竭愚衷，對揚休命。臣誠不勝感激祈望之至。（奏疏六《謝皇太後慈諭疏》。）
大婚典禮正在進行的時候，遼東巡撫張學顏的捷報到了。土蠻約同泰寧衛速把亥進犯遼東開原，大營紮在劈山，遼東總兵李成梁得到消息，隨即出寨二百裏，進搗劈山，斬敵四百三十，這便是所謂“劈山大捷”。捷報到了，神宗奏知慈聖皇太後，太後對神宗說：“賴天地祖宗默祐，此時正爾行嘉禮之際，有此大捷，乃國家之慶，我心甚喜。元輔運籌廟謨，二輔同心協讚，才得建此奇功。我勉留張先生，這是明效。”“聖母慈諭的是。”神宗恭敬地答複。（見《遼東大捷辭免加恩疏》。對話用原文。）
在大捷聲中，神宗婚禮舉行了，所娶的王皇後，後來諡為孝端皇後。大捷和大婚，對於輔臣，都有照例的賞賜，經過謙辭以後，居正兩次各受銀一百兩，彩緞六表裏，對於升蔭，仍堅辭未受。
現在是居正力援前疏，請求給假歸家葬父的時候了，但是神宗還是不允，上諭說：
卿受遺先帝，輔朕衝年，殫忠宣勞，勳猷茂著。慈朕嘉禮初成，複奉聖母慈諭慻慻，以朕屬卿，養德保躬，倚毗方切，豈可朝夕離朕左右？況前已遣司禮官營葬，今又何必親行？宜遵先後諭旨，勉留匡弼，用安朕與聖母之心，乃為大忠至孝，所請不允。（奏疏七《氣歸葬疏》。）
居正再行上疏，辭旨非常迫切，他說：
夫盡忠所以盡孝，而死者不可複生，臣豈不知今日之歸，無益臣父之死；且重荷殊恩，特遣重臣，為之造葬，送終之禮，已為極至，臣今雖去，亦複何加，但區區鳥鳥私情，唯欲一見父棺，送之歸土，以了此一念耳。若此念不遂，雖強留於此，而心懷蘊結，形神愈病，必不能專誌一慮，以圖國家之事；公義私情，豈不兩失之乎？比得家信，言臣父葬期，擇於四月十六日，如蒙聖慈垂憐，早賜俞允，給臣數月之假，俟尊上兩宮聖母徽號禮成，即星馳回籍，一視□穸，因而省問臣母，以慰衰顏。儻荷聖母與皇上洪庇，臣母幸而康健無病，臣即扶侍同來。臣私念既遂，誌意獲紓，自此以後，當一心一慮，服勤終身，死無所憾。是今雖暫曠於數月，而後乃畢力於終身，皇上亦何惜此數月之假，而不以作臣終身之忠乎？此臣之所以叩心泣血，呼天乞憐，而不能自己者也。若謂臣畏流俗之非議，忘顧托之重任，孤負國恩，欲求解脫，則九廟神靈，鑒臣之罪，必加誅殛，人亦將不食其餘矣。（奏疏七《再乞歸葬疏》。）
這次神宗準奏了，但是因為不能遠離居正，所以期限回京，上諭說：
朕勉留卿，原為社稷大計，倚毗深至。覽卿此奏，情詞益迫，朕不忍固違，暫準回籍襄事。還寫敕差文、武官各一員護送，葬畢，就著前差太監魏朝，敦趣上道，奉卿母同來，限五月中旬到京。往回都著馳驛。該省撫、按官仍將在籍起身日期，作速差人奏報。（奏疏七《再乞歸葬疏》。）
三月初，仁聖皇太後加尊號仁聖貞懿皇太後（《明史？後妃傳》作貞懿，《張文忠公全集》全懿安。）慈聖宣太後加尊號慈聖宣文皇太後。事情都停當了。居正想起回去以後，閣中隻剩呂調陽、張四維兩人，誠恐聞見有限，辦事不易，隨即疏請簡用閣臣。奉禦批：“卿等推堪是任的來看。”據說居正自念高拱和自己不和，殷士儋在宮內有奧援，都不敢推，最後決定推薦徐階。居正已經發信給徐階了，後來想起徐階還朝以後，官階和科第都在自己之上，自己葬畢回京，隻有把首輔奉讓；所以還把這個計劃打消。（《明史？張居正傳》、《明紀》卷四十。據王世貞《首輔傳》，張居正遣人布腹心於階，階諸子且信之，似為徐階諸子之大言，居正未必有信。）揣測之詞，不甚可信。居正想起在萬曆三年八月請求增補閣員的時候，除張四維以外，曾經陪推馬自強、申時行二人，因此再行上疏，內稱“今臣等公同評品，堪任是職，似亦無逾於二臣者，敢仍以二臣推上，伏乞聖明，再加審酌。”神宗隨即批準，馬自強以禮部尚書兼文淵閣大學士，申時行升吏部左侍郎，兼東閣大學士。“俱著隨元輔等在內閣辦事。”萬曆六年的內閣，人才充實了，但是其實還隻是居正一人。
自強，同州人，嘉靖三十二年進士，萬曆三年為吏部左侍郎，九月升禮部尚書，是一個老成幹練的人物。平時自強的主張，和居正不一致，所以這次入閣，自強覺得有些出人意外，因此對於居正，十分感激。時長，長洲人，嘉靖四十一年進士第一，萬曆三年為詹事府少詹事兼翰林院侍讀學士，後來升吏部右侍郎。這一位蘇州狀元，在萬曆十一年至十九年間，曾任八年有餘的首輔，此時隻是後生新進，經過居正兩次推薦，所以對於居正，更是非常親近。萬曆六年的內閣，一切隻是居正的局麵。六年七月，調陽病重回籍，十月自強病卒，於是內閣隻剩居正、四維、時行三人，一直維持到萬曆十年。
居正回籍的日期決定在三月十三日。神宗賜路費銀五百兩、絲六表裏，仁聖太後賜銀三百兩、絲六表裏，慈聖太後賜銀五百兩、絲六表裏。之外，神宗又給“帝賚忠良”銀印一顆，另剔手諭：
朕大禮甫成，倚毗先生方切，豈可一日相離？但先生情詞迫切，不得已，準暫給假襄事，以盡先生孝情。長途保重，到家少要過慟，以朕為念，方是大孝。五月中旬，就要先生同母到京，萬勿遲延，致朕懸望。又先生此行，雖非久別，然國事尚宜留心，今賜先生“帝賚忠良”銀記一顆，若聞朝政有闕，可即實封奏聞。（奏疏七《謝賜敕諭並銀記疏》。）
司禮監太監王臻到居正宅中，口傳聖旨，著居正於三月十一日到文華殿麵辭。這一天居正到文華殿，神宗在西室裏坐著。居正麵奏道：“臣仰荷天恩，準假歸葬，又特降手諭，賜路費銀兩、表裏及銀記一顆。臣仰戴恩眷非常，捐軀難報。”
“先生近前來些。”神宗吩咐道。
居正向前挪近幾步。
“聖母與朕意，原不肯放先生回，”神宗說，“隻因先生情辭懇切，恐致傷懷，特此允行。先生到家事畢，即望速來。國家事重，先生去了，朕何所倚托？”
居正叩頭稱謝，又說：“臣之此行，萬非得已。然臣身雖暫違，犬馬之心實無時刻不在皇上左右。伏望皇上保愛聖躬。今大婚之後，起居食息，尤宜謹慎。這一件，是第一緊要事，臣為此日夜放心不下，伏望聖明，萬分撙節保愛。又數年以來，事無大小，皇上悉以委之於臣，不複勞心；今後皇上卻須自家留心，莫說臣數月之別，未必便有差誤。古語說：‘一日、二日萬幾，’一事不謹，或貽四海之憂。自今吾衙門章奏，望皇上一一省覽，親自裁決。有關係者，召內閣諸臣，與之商榷停當而行。”
“先生忠愛，朕知道了。”神宗說。
“臣屢荷聖母恩慈，以服色不便，不敢到宮門前叩謝，伏望皇上為臣轉奏。”居正說。
“知道了，”神宗說，一邊又叮嚀道，“長途保重，到家勿過哀。”
居正感動得了不得，伏地嗚咽，話也說不得了。
“先生少要非痛。”神宗安慰他，但是神宗與嗚咽了。
居正叩頭，退出西室，在他退出的時候，聽得神宗和左右說：“我有好些話，要與先生說，見他悲傷，我亦哽咽說不得了。”（奏疏七《召辭紀事》。對話用原文。）
一直到十六歲，神宗還是一個天真的孩子。他看到這個當國多年的老蔬，長長的一綹長須，現在精神困憊，形容摧朽，（居正居喪中情狀，見書牘十四《答徐存齋二十四》。）眼看又要回去，固然二三月以內，居正還要回朝，但是神宗心裏，畢竟有一點戀戀不舍。居正辭出以後，神宗再著文書官孫斌等賜居正食品八盒。慈聖太後也派慈寧宮牌子太監李旺賜居正銀八寶豆葉六十兩，途中賞人。李旺口傳皇太後聖諭道：“先生行了以後，皇上無所依托。先生既舍不得皇帝，到家事畢，早早就來，不要待人催取。”（見奏疏七《召辭紀事》及《謝召見麵辭疏》。）
三月十三日居正出京，神宗特著司禮監太監張鯨，到郊外餞送，又賜甜食二盒、幹點心二盒。文武百官一概出郊遠送。
據王世貞的記載，居正這一次回去，真有些威風。轎子是特製的。前麵是起居室，後麵是寢室，兩廊一邊一個書僮焚香揮扇。三十二名轎夫抬著一架大轎，赫赫煊煊地從北京南下，一路還有薊鎮總兵戚繼光派來的銃手、箭手隨同保護，沿路巡撫和巡按禦史出疆迎送，府、州、縣官跪著迎接，開路辦差，更加忙得不亦樂乎。三月十九日過邯鄲，隨後入河南界，開封城內的周王已經派人迎到界上，禮物奠品，一齊送上，居正收了奠品，其餘一概璧謝。渡過黃河，路經新鄭，高拱住在這裏，這是二十年來的舊交，六年以來的政敵。高拱有病，帶病出來迎接。他病得太厲害了，說話都不十分清楚，這兩個敵對的政治家，隻有對麵痛哭。居正記得上年嗣修匆匆南歸的時候，曾派他到高拱那裏問候，彼時已經聽說有病，真想不到竟是這樣的狼狽。
三十二名轎夫的膂力，就在四月初四日，把這一位首輔送到江陵了。到家以後，他有一封信給高拱：
相違六載，隻於夢中相見，比得良晤，已複又若夢中也。別後歸奔，於初四日抵舍。重辱遣奠，深荷至情，存歿銜感，言不能喻。使旋，草草附謝，苦悰痛切，不悉欲言。還朝再圖一披對也。（書牘十四《答中玄高相公三》。）
四月十六日，張文明下葬，地址在太輝山。會葬的官員有司禮監太監魏朝、工部主事徐應聘，這兩位是欽遣經營葬事的；有禮部主事曹誥，這是諭祭的；還有護送居正回籍的尚寶司少卿鄭欽、錦衣衛指揮僉事史繼書；地方官有先任湖廣巡撫、升刑部右侍郎陳瑞，撫治鄖襄都禦史徐學謨及司、道等官。一切都很煊赫，也許這一位不第秀才、荊州府學生可以瞑目罷。
四月眼看過去了，神宗限定五月回朝，居正想起七十三歲的老母，經不起暑天的跋涉，隻得請求寬限，準備八九月間，天氣涼爽，扶侍老母，一同赴京。這一來可把神宗急壞了，神宗一麵吩咐內閣擬旨，著太監魏朝留待秋涼，伴送張母入京，仍著居正務須於五月下旬，回閣辦事，一麵另下手諭：
諭元輔張先生：自先生辭行之後，朕心日夜懸念，朝廷大政，俱暫停以待。今葬事既定，即宜遵旨早來，如何又欲寬限？茲特遣錦衣衛堂上官，賚敕催取。敕到，即促裝就道，以慰慻慻。先生老母畏熱難行，還著太監魏朝將先生父墳未盡事宜，再行經理，便候秋涼，護送先生老母同來。先生宜思皇考付托之重，聖母與朕眷倚之切，早來輔佐，以成太平之治，萬勿耽延，有孤懸望。先生其欽承之。（奏疏七《奉諭還朝疏》。）