在德國、法國、英國、荷蘭的三年多的旅行結束回到薩爾茨堡的家中之後，父親就讓兒子認真學習，掌握對位法。他把菲利浦·埃梅紐爾·巴赫、亨德爾、哈塞和埃貝林的作品交給莫紮特作為範例。
埃貝林是薩爾茨堡作曲家，他的水平略高於一般人。當時很難找到比這些更好的經典作品了，除非他能夠搞到老巴赫的音樂，但巴赫的作品都深深地埋藏在萊比錫音樂學院的書櫃裏。許多年以後莫紮特才得以接觸巴赫的音樂，聽了以後感受極為強烈，作品的感染力更是大大出乎他的意料之外。
無論怎樣，在11歲至13歲之間，莫紮特的刻苦學習對於他以後的發展是很有必要的。
1769年秋天，哈布斯堡家族又要把一位公主嫁出去了，這就是王後瑪麗亞·特蕾莎的女兒瑪麗亞·約瑟法。這對於莫紮特的父親無疑是個機會，他可以利用這個慶典來檢驗一下莫紮特兩年來的學習成果。
然而，這一次的全家旅行差一點就夭折了。
當莫紮特一家來到維也納，剛剛住進高橋街上的一家旅館時，一場天花流行病就突然在維也納蔓延開來。即使是新娘瑪麗亞·約瑟法也沒有逃過這場厄運，她第一個喪了命。可是，她母親為了家族的利益，很快又把次女瑪麗亞·卡羅莉娜嫁給了新喪嬌妻的那不勒斯國王。
但是，莫紮特與姐姐瑪麗安妮卻未能趕上參加慶祝活動。
他們兩人都被突然降臨的天花所擊倒了。一時間病勢沉重，備受痛苦。莫紮特甚至眼睛失明了好幾個星期，最後痊愈時視力受到了損害，不過臉上倒沒有留下麻點。
兩個孩子重新來到王宮時，瑪麗亞·特蕾莎極其親切地接待了他倆和其母親，並對兩個孩子表示了慈母般的關心和愛護。她自己也剛剛失去了親人。她的丈夫已經過世，兒子約瑟夫繼位當了皇帝。這次是約瑟夫和莫紮特第二次見麵。他們以後常打交道。
有了年輕的皇帝作為後盾，莫紮特父親決心要讓兒子得到一個寫歌劇的機會。他想盡了一切辦法，最後終於商定，讓莫紮特為一個題為《裝癡賣傻》（K·51）的歌劇劇本寫總譜。
《裝癡賣傻》寫得並不出色，畢竟這是莫紮特所創作的第一部歌劇總譜，他還缺乏創作大型歌劇的許多知識。結果是歌劇未能上演。約瑟夫皇帝仔細看過《裝癡賣傻》這部歌劇的總譜後，認為還不錯，便敕令宮廷音樂總管阿弗利喬付給莫紮特的父親100個金幣作為賠償費。
盡管如此，莫紮特的這次嚐試卻沒有以圓滿成功而畫上句號。
當時維也納的著名醫生、催眠學家安東·梅斯梅爾大夫在聽說莫紮特遭受了挫折之後，心中十分不忍，為了安慰他，聘請他譜寫一出小型歌劇——《巴斯蒂恩和巴斯蒂娜》（K·50）。這出歌劇很快就脫稿並在梅斯梅爾的家裏舉行了非公開演出。它在音樂和題材方麵都比被拒絕上演的《裝癡賣傻》要好得多。
雖然如此，莫紮特這時的知識還是沒有達到能夠寫出完美的歌劇的地步。
維也納之行盡管短暫，但它的真正意義在於它使莫紮特預先嚐到了以後生活中的甘苦——與在維也納的外國音樂家的害人詭計進行使人心力交瘁的搏鬥。這促使莫紮特更加發奮，也為以後具有劃時代意義的旅行做了奠基。
回到薩爾茨堡，西吉斯蒙德大主教給了莫紮特一個較低的職位，其頭銜是“樂師指揮”，但隻是空有其名。他常常要應召譜寫一些教會音樂。這期間他的主要作品有：為大教堂譜寫的兩重輪唱和小彌撒曲，還有組曲、輕音樂，以及為大主教舉辦的宴會伴奏的弦樂合奏夜曲，等等。
如此平淡無奇的生活，終於使莫紮特的父親再也忍受不下去了。他毅然決定要帶著莫紮特到意大利去開拓新世界了。
莫紮特的父親帶兒子到意大利不完全是為了追求名氣。因為意大利是當時音樂界的中心，隻有在意大利的大城市受過訓練的人才能被承認為真正的音樂家。
羅馬和波倫亞的宗教音樂是第一流的，那不勒斯則是無可爭議的歌劇首都。馳名天下的作曲家紛紛受聘到那不勒斯寫歌劇，而且寫出來的作品結構龐大，極盡鋪張華麗。在著名的聖卡羅劇院，帕伊西埃洛的芭蕾舞劇《達裏奧之敗》上演時登台的有400名演員和80匹馬。此外，世界上所有的著名歌唱家都理所當然地是那不勒斯人，或者是由那不勒斯培養出來的，至少也是在那不勒斯出名的。諸如當時名揚歐洲的阿伯利萊、法裏奈利、莫萊利、瑪凱西等男歌唱家，名播樂壇的女歌唱家更是數不勝數。一心希望在音樂天堂的最頂層大放異彩的聲樂學生從歐洲各地雲集這裏，到最著名的音樂學校拜菲納洛裏為師。
莫紮特的父親想在意大利之行中盡量讓兒子熟悉意大利音樂的每一種形式。莫紮特打下的意大利音樂的堅實基礎使他能夠按照意大利風格創作歌劇，以後又將他的意大利風格和德國式輕歌劇相結合，從而開創了歌劇曆史上的一個新紀元。
因此，意大利之行在莫紮特音樂創作的發展上所起的重要作用是不可估量的。一方麵，他在這個國家聆聽了每一種音樂形式，主要是歌劇和各種教會音樂，並學習了聲樂的所有表現手法；另一方麵，莫紮特的鋼琴彈奏和已經相當全麵的器樂創作能力又使意大利人感到十分驚訝，並受到了他們的喜愛。
莫紮特的父親曾在一封家信中寫道：“我唯一滿意的就是我們在這裏得到了足夠的重視和恰當的評價，意大利人也很賞識莫紮特的天才。其他方麵嘛，報酬不多，但得到了欽佩和歡呼，也足以慰藉了。應該告訴你，我們所到之處都受到了極為禮貌的接待，每次都能受到當地的達官顯貴的接見。”
莫紮特則在給姐姐瑪麗安妮通信中寫道：
C·S·M·（卡拉·澤萊拉·米亞）：
請你快點寫信給我，每個郵信日都寫吧。謝謝你給我寄來的算術書，還要請求你（如果你真的希望我頭疼的話）把這樣的例題再給我寄一些來。你給我的海頓第12號小夜曲我很喜歡。你把低音部配得妙極了，一點兒錯都挑不出來。請你多做一些這樣的嚐試……
請告訴我金絲“先生”怎麼樣了？它還在唱歌嗎？它還啼叫嗎？你知道我怎麼會想起金絲雀來的嗎？這裏的前廳裏有一隻金絲雀，它叫的聲音和我們家的一模一樣……昨天我們穿上了新衣服，漂亮得像個天使！……我們在波蒂契皇家教堂裏做彌撒時看見了國王和王後；我們還看見了維蘇威火山。那不勒斯很美麗，不過也和倫敦、巴黎一樣擁擠。如果比較一下倫敦和那不勒斯市民冒失、無禮的行為，我真不知道那不勒斯是不是超過了倫敦。這裏的遊民也有自己的首領，他每月從國王那兒領取25個銀幣的薪俸來保證叫花子們規規矩矩地生活！