對留守浙大的教師竺可楨辭退了熱衷於政治鬥爭者，而有學術者竺可楨則一一登門拜訪，予以留任，鄭曉滄仍任教務長、原浙大化工係教授李壽恒延聘為化工係主任兼工學院院長。
竺可楨還決定把浙大離去的師生請回來。首先，禮請回了浙大的老校長邵裴之。
接著，竺可楨把離去的物理係教師連同技工、管理人員都一一重新招聘回來。離開浙江大學去天津南開大學任教的張紹忠同朱福炘、到上海任暨南大學數學係主任並兼交通大學物理係教授的束星北重新返回浙大執教，到山東大學任教的何增祿也返回浙大，同時，何增祿還把同在山東大學任教的王淦昌教授一同邀請到浙江大學任教，浙江大學物理係又恢複了蓬勃景象。
而對東南大學的同事竺可楨也並非一味偏袒。農學院院長吳福楨為擴大農學院其他係，決定停辦森林學係，此舉讓森林學係師生大為不滿，其他係師生也為森林學係抱不平，遂改由竺可楨素昧平生的盧守耕任農學院院長，後離開浙江大學的原農學院教授蔡邦華回到杭州任浙江省昆蟲局局長，又被竺可楨邀請回浙大任農學院院長。
竺可楨還成功邀請到國學大師馬一浮。1911年蔡元培任孫中山臨時政府教育總長，請馬一浮擔任秘書長。結果做了一周多馬一浮便宣告：“我不會做官，隻會讀書，還是回西湖。”此後蔡元培任北京大學校長，請他擔任文科學長，也被婉辭。鑒於前例，竺可楨到了馬宅兩次也不敢貿然開口。1937年抗戰爆發，浙大遷至江西泰和，竺可楨以由浙大出麵為馬先生運藏書為契機登門禮聘，馬一浮被竺可楨尊師重教精神感動，才以大師名義在浙大講學，並在抗日戰爭中跟隨浙大一塊西遷。馬一浮在浙大講學的第一天就開宗明義告訴研究國學的學生研究國學目的“在使諸生於吾國固有之學術得一明了之認識……對國家社會乃可擔當大事。”後來又在《贈浙江大學畢業諸生序》中一再希望學生畢業後“行其所學，對於國家社會能盡其在己之責任”。
在學生的素質培養上，竺可楨則主張通才教育與技術教育並重。首先，他認為大學教育的目標，不僅在於造就多少專家，學者，而在於養成一批公忠堅毅，能當大任、轉移國運的人才。他反複告誡一年級新生：“諸君到大學裏來，萬勿存心隻要懂了一點專門技術，以為日後謀生的地步，就算滿足，而是要為拯救中華做社會的砥柱。”其次，他認為大學生的知識麵宜寬不宜窄，所以他主張學生跨院係攻讀選課，他認為，若側重應用的科學，而置純粹科學、人文科學於不顧，這是謀食而不謀道的辦法。因此對一年級學生，加強數、理、化、中文和外文課程，同時又將中國通史等社會科學課程也列為必修課。為了達到打好基礎的目的，竺可楨動員了蘇步青、王淦昌、譚其驤等許多知名教授為一年級學生講授基礎課，在減少各係專業必修課的同時，鼓勵學生按各人所長選修其他課程，有的係還規定學生要選定輔係。例如物理係學生有的以生物係為輔係，機械係學生有選農學的，等等。其目的是擴大學生的知識領域，使學生畢業後能應付多方麵工作的需要，適應科學技術高度分化和高度綜合的發展趨勢。
1936年秋，學校步入正軌。在掌校之後的第一批新生入學典禮上，竺可楨講演了在浙大知名的兩個問題，“諸位在校，有兩個問題應該自己問問，第一，到浙大來做什麼？第二，將來畢業後要做什麼樣的人？”
1937年7月7日，日本侵略軍發動了盧溝橋事變。戰火迅即擴散到全國。杭州頻遭空襲，為安定科研學習環境，竺可楨不得不著手考慮浙大西遷的事務。1937年11月，浙大西遷浙江建德，這是浙大西遷曆程的第一站，自此，浙大離開杭州長達八年。
在西遷途中，竺可楨開始探討浙大精神的確立。
早在1936年9月18日的演講中，竺可楨便十分讚賞浙大所特有的自求是書院以來一脈相承的樸實嚴謹的傳統學風，並把它概括為“誠”“勤”兩個字，稱浙大“學生不浮誇，做事很勤懇，在社會上聲譽亦很好。
1938年11月1日，浙大西遷廣西宜山時，竺可楨又作《王陽明先生與大學生的典範》講演。決定通過校務會提出以“求是”作為浙大校訓。這是溯源得之，浙大的前身叫“求是書院”，取自王陽明的“君子之學，唯求其是”，因此，“求是”校訓的第一層涵義就是繼承和發揚自己學校的優良傳統和作風。另一方麵“求是”的英文是FaithofTruth，和哈佛大學的校訓（拉丁文Veritas）“不約而同”，要洞察中國的現狀，發揚“求是”的精神，才能拯救和發展國家。竺可楨尖銳地批評一般知識分子往往隻顧利害，不顧是非，這完全與陽明先生的“致知”和本校校訓“求是”的精神相背謬的。