但蘇步青卻沒想到，自己沒有走人，邵裴子卻先走人了。
邵裴子這位惜才如命的校長可真正稱得上是浙大嫡係。身為浙大前身求是書院的高材生，又曾擔任浙大前身浙江高等學校的校長，在蔣夢麟任浙大校長之時，又代理浙大校長，實際主管浙大校務。1928年，張紹忠到浙大任物理係主任，邵第一年就撥給2萬多元的巨款供購買儀器設備及書刊之用，此後每年都有萬元以上的設備費。蘇步青萌生去意之時，邵裴子正赴南京國民黨政府討取經費。聽說蘇步青要離開浙大的消息後，邵裴子親自上門挽留，並在幾天以後，親自為蘇步青籌到1200塊大洋，解決其燃眉之急。
然而1932年，邵裴子便被撤去職務，改由國民黨中央監察委員程天放擔任校長。一年不到，旋即由郭任遠出任校長。可以說一任比一任糟糕，也難怪浙大師生最初對竺可楨的到任予以旁觀之態。
1936年4月25日下午，正式接任浙大校長之後，竺可楨在浙大健身房發表了《大學教育之主要方針》的演講。要求學生“致力學問”，“以身許國”，強調運用自己思想的重要，大學所施的教育，本來不是供給傳授現成的知識，而重在開辟基本的途徑，提示獲得知識的方法，並且培養學生研究批判和反省的精神。講話中，竺可楨認為辦好一所大學，須有充分的圖書和儀器，以及一定水平的校舍，尤為重要的，是要延聘一批好教授，教授是大學的靈魂，假使大學有許多教授，以研究學問為畢生事業，以作育後進為無上職責，自然會養成良好的學風，不斷培養出博學篤行的學者。
這些講話誠懇樸實，與郭任遠之盛氣淩人殊為不同，使得浙大師生對竺可楨開始略有好感。
在與陳布雷見麵之後，竺可楨就在日記中寫道：“辦大學不能不有哲學中心思想，如以和平相號召……餘以為大學軍隊化之辦法在現時世界形勢之下確合乎潮流，但其失在於流入軍國主義，事事惟以實用為依歸，不特與中國古代四海之內皆兄弟之精神不合，即與英美各國大學精神在於重個人自由，亦完全不同。”因此竺可楨決定廢止軍事化的管理製度，學習西方先進的教育經驗，實施自由民主的辦校方針，主張學術自由、思想自由、教授治教。因為蔣介石已經作出了承諾，因而竺可楨的看法竟得以實施。
撤銷了由郭任遠自兼處長的“軍事管理處”，竺可楨另建立訓育委員會，對學生之處分，須訓育委員會集體討論通過，為學校實施民主管理創造條件，這個機構，在全國乃浙大首創，後一直延續至1949年全國解放。竺可楨又成立校務委員會和各專門委員會為最高權力機構，凡重要規章製度，經費預算、聘任、晉升、招生、課程設置等重大問題，概由校務委員會和專門委員會審議決定。而校務委員和各專門委員會主任則遴選作風正派、在學校中有威望的教授擔任。
“教授治校”，第一步在首先覓得一群誌同道合之教授，竺可楨開始在國內外千方百計網羅人才。凡有真才實學的學者，竺可楨都要想辦法請來學校執教。對於在海外留學歸來有才華的學子，不問是國內哪個學校畢業，竺可楨都委以重任，如年僅28歲的談家楨，26歲的吳征鎧都被聘為教授。
而在哈佛大學、東南大學和中央氣象所同學共事的許多同事和學生，均被竺可楨大力邀請至浙大辦學。
出任校長初，竺可楨便多次去上海紅十字會醫院特護病房中看望多年的摯友，哈佛大學研究院同學、科學社同人、東南大學同事胡剛複，敦請他一起辦學，竺可楨表示胡剛複不去則決不接受任命。胡剛複在參加中國科學社年會之後，就得了傷寒重症，不省人事整整一個月，在醫院剛剛神誌清醒過來。胡剛複見盛情難卻，又得知國民黨保證不以黨務幹預辦學後，才決定接受聘請，任浙江大學文理學院院長職務，以全力共同把浙江大學辦好。
因與胡適辯難“新文學”馳名一時的“學衡派”首領、哈佛大學人文主義大師白壁德的得意門生、“桐城派”嫡傳、東南大學外國語係係主任梅光迪先生與竺可楨在哈佛同學，在東南大學同事，又共同創辦中國科學社，也被竺可楨邀請到浙大擔任外文係主任，後擔任文學院院長。
農學院院長由東南大學的學生和同事吳福楨擔任，史地係主任則由東南大學的學生和同事張其昀擔任。
由於竺可楨的親戚在國民黨位居要職，大批東南大學的師生又到浙大擔任院長、係主任，使得蘇步青認為，竺可楨肯定辦不好浙大。事後才明白，竺可楨對原浙大師生乃是有所取舍。