為了防止通貨膨脹，肯尼迪政府確定了自願的工資———物價指標，希望勞資雙方能夠接受它。1962年3月31日，肯尼迪和勞工部長阿瑟·戈德堡說服煉鋼工人以鋼鐵行業不提高鋼鐵產品價格的設想為條件，同意了一個不增加工資的合同。總統在給資方代表和工會總部的同一份電話聲明中，稱讚這項協議是“負責的”，“有著高度的政治家風度”，“顯然不會造成通貨膨脹……為繼續保持價格穩定提供了堅實的基礎。然而，總統高興地過早了。僅一個多月，4月10日下午美國鋼鐵公司總經理羅傑·布勞交給總統一份該公司油印的向報界發表的聲明，宣布提高鋼鐵價格3．5％，即每噸鋼鐵漲價6美元。其他鋼鐵生產商紛紛仿效。第二天，狂怒的總統出現在電視上，譴責“一小撮鋼鐵大王對個人權力和利潤的追逐超過了他們的公共責任感。”肯尼迪私下裏對他的白宮助理說：“我的父親一直對我說，鋼鐵界的人都是畜生，但是直到現在我才認識到他這句話是多麼正確。”
為了迫使那些公司收回成命，總統動有了聯邦政府權力、反托拉斯法訴訟、財政部對繳稅的調查以及國防部不向漲價的公司購買鋼鐵等手段。幾天後，鋼鐵公司被迫停止了漲價行為。
這一時期經濟雖然有所回升，失業率卻居高不下。肯尼迪認識到，要實現充分就業，就有必要采取新的措施，他在經濟顧問委員會主席沃爾特·赫勒的指導下，接受了“新經濟學”的減稅主張，以鼓勵消費和刺激企業投資，從而推動經濟快速增長。盡管肯尼迪在世時，長期減稅法案尚未在國會通過，但他的這一決定標誌著戰後美國政府從補償性財政政策開始走向長期赤字財政，其意義十分重大。
在肯尼迪執政時期，黑人爭取平等的民權運動如火如荼。1961年黑人因抵製一條公共汽車線路的種族歧視而發生騷亂，肯尼迪總統向發生騷亂的亞拉巴馬州派出了幾百名聯邦執法警察以製止暴力事件。
這年年底，在司法部的敦促下，州際商業委員會命令各公共汽車公司對州際公共汽車廢除種族隔離製度。
1962年9月，美國空軍的一位黑人退役軍人詹姆斯·梅雷迪思，被他本州的密西西比州立大學拒絕接納入學。梅雷迪思向聯邦巡回法院控告該校實行種族歧視。司法部聞訊後，支持梅雷迪思的要求。但是，該州州長親自出麵幹預並動用州警阻攔梅雷迪思入學。9月30日，肯尼迪總統命令5，000名聯邦執法官護送梅雷迪斯進入該校校園。當晚一大群種族主義暴徒對聯邦執法官發動襲擊，製造騷亂。肯尼迪遂調來聯邦軍隊。直到兩人被打死，70人被擊傷後暴亂才告平息。梅雷迪思在聯邦軍隊刺刀的保護下終於注冊入學。
行政部門的這些行動，使“肯尼迪兄弟”的名字在種族主義猖獗的南部地區成了詛咒詞語，針對黑人的暴力有增無已。而民權運動的領袖們卻還嚴厲批評肯尼迪總統的行動不夠有力。1963年8月，小馬丁·路德·金領導大約20萬爭取民權的黑人和白人進行了一次前往華盛頓的“自由進軍”，要求國會通過肯尼迪所提出的民權法案。在向全國發表的電視講話中，肯尼迪說道：“自從林肯總統解放黑奴到現在，100年已經過去了。但是黑人的兒子、孫子卻仍然沒有完全的自由。他們還沒有從不公正的束縛中解放出來，還沒有擺脫社會和經濟的壓迫。
我們這個國家，盡管她有無限光明的前途，有無可比擬的成就，但是如果人民沒有得到全麵的自由，那就算不得一個完全自由的國家。”
肯尼迪不是不清楚他同情黑人的立場對他自己的政治前途的影響，私下裏他擔心這場種族爭端會讓他在1964年落選，但他又對一位黑人領袖表示自己決不回頭。他相信，美國人民遲早會大膽麵對真理，亞伯拉罕·林肯的傳統會被繼承和發揚光大。
肯尼迪早在接受總統候選人提名時，就曾明確表示，新邊疆包括“未知的科學與空間領域”。在他上台後不久，即委托副總統約翰遜領導宇航事業。1961年4月，蘇聯宇航員加加林在人類曆史上首次進行了太空飛行。為了與蘇聯在空間領域展開競爭，並取得競爭的優勢，肯尼迪政府加緊製訂、實施其太空計劃。5月5日，美國宇航員謝潑德中校乘坐水星3號衛星順利進行了太空飛行，成為美國的第一個太空人。