他事後說：“9月6日這一天，對我來說，象征著我按照自己的政綱運用了總統職權。”這份谘文的主要內容是要求國會通過立法，使所有公民，不分種族、宗教信仰和膚色，都能得到全麵就業的保證。1946年1月，杜魯門又在國情谘文中要求國會考慮全麵健康保險、由聯邦補助教育經費、擴大社會保障範圍等羅斯福“新政式”改革的內容。2月，杜魯門簽署了1946年就業法。根據該法，聯邦政府必須負責協調和利用自己的一切計劃、政策和資源，為那些能夠工作、願意工作和正在尋找工作的人提供有益的就業機會。該法還授權總統成立經濟顧問委員會，以製訂旨在防止經濟衰退、保持充分就業的財政金融政策。
為了克服行政機構惡性膨脹、職責重疊、管理混亂、辦事效率低下等問題，杜魯門於1945年5月和9月份，請求國會製訂改組政府機構的立法。他發布許多行政命令，撤銷許多戰時機構（如戰時生產局、國際運輸局、戰時勞工局），精簡政府工作人員。同時也采取了加強行政權力的措施。1946年8月，他簽署了原子能法，成立了以戴維·利連撒爾為主席的原子能委員會，以維護美國政府對原子能的壟斷權。1947年7日，國會通過了國家安全法，根據該法成立了國防部，將原來的陸、海、軍三部加以合並。還建立了代表三個軍種的參謀長聯席會議製度和三個重要的機構：中央情報局、國家安全委員會和國家安全資源局。
由於杜魯門“公平施政”改革政策的推行，加上戰後初期西歐各國的創傷需要醫治，對美國經濟的依賴加強；美國國內固定資本大規模更新；戰時被壓縮了的民用需求劇增；戰時美國政府以國防科研為主的巨額撥款推動了第三次科技革命發展，在許多重要尖端科學領域取得新的突破，戰後這些先進科研成果轉而廣泛應用於民用生產，大大推動了美國社會生產力的提高，刺激了經濟的發展。這就使美國比較平衡地實現了從戰時經濟到和平時期經濟的過渡，避免了一場看來正在臨近的經濟危機和大規模失業，出現了1946～1948年的經濟繁榮。
杜魯門的福利改革和民權立法，引起了保守派的仇視；1945年底他解除商業部長華萊士和內政部長伊克斯的職位，在政府重要崗位上安插自己的親信，又使新政派感到不滿；他對1946年煤礦和鐵路工人大罷工采取了鎮壓措施，又激怒了廣大的勞工。因而在1946年年底的國會中期選舉時，民主黨慘敗，共和黨自1928年以來首次在參、眾兩院占據了優勢。保守主義在美國重新回潮。國會幾次三番推翻杜魯門的否決，通過了反勞工的《塔夫脫—哈特萊法》，即1947年美國勞資關係法、減稅法和關於禁止總統連任3屆的第22條憲法修正案。
杜魯門在權衡利弊後決定“向左轉”，成為民權、住房改革和勞工權利的捍衛者，增添盡可能多的自由派色彩，以扭轉對民主黨不利的政治處境。1948年7月，在接受民主黨總統候選人提名時，杜魯門發表演說，把民主黨描繪成代表“普通老百姓”的黨，指責共和黨是為少數特權人士謀私利的黨。在隨後的旅行競選中，他抨擊本屆國會是“曆史上最糟的國會”，把共和黨的總統候選人托馬斯·杜威稱作“法西斯分子”，而把自己標榜為美國自由主義傳統的忠實繼承人。當《芝加哥論壇報》根據民意測驗刊出杜威當選的號外時，選舉結果卻表明杜魯門才是勝利者。杜魯門舉著這份號外的照片成了美國總統競選中的一個頗具喜劇性的場麵，令那些民意測驗專家和報紙專欄作家們不能不感到難堪。
1949年1月5日，杜魯門在提交國會的年度谘文中，正式提出“公平施政”的政策綱領。他綜合了過去各種改革建議，形成了一個更廣泛、更係統、更具體的計劃。他聲稱：“我國居民的每個階層和每個人都有權期望從我國政府得到公平施政，都有機會從我國日益增長的繁榮中獲得他們公平的一份。……除非我們對機會進行公平的分配，使我國的工、農業產品在廣泛的範圍內消費，否則我們就不能保持繁榮。我國政府已承擔履行這些責任的義務。”這份谘文標誌著“公平施政”綱領的正式形成和完善。從此，“公平施政”就像羅斯福新政一樣，成為杜魯門總統對內政策的標誌。
然而，對杜魯門來說要進一步推行“公平施政”綱領，卻不順利。雖然國會在1949年通過了建築廉價公共住房和清除貧民窟的法案，同意總統提出的將每小時最低工資提高為75美分，並在1950年通過了一項有關社會保險製度的改革法案，但由於國會保守勢力強大，在“公平施政”其他一些重要目標上，諸如製訂保障民權的法律，建立常設的公平就業實施委員會，廢除反動的《塔夫脫—哈特萊法》，實行國民健康保險，征收更高的公司稅，製訂新的反托拉斯法和扶助農業等方麵，杜魯門都遭到令人沮喪的失敗。正如美國學者巴頓·伯恩斯坦等人所說：“從某種觀點看來，杜魯門的國內施政綱領，即眾所周知的公平施政，可以說是失敗了。因為他擔任8年總統以後，隻取得為數不多的實質性的成就。”