1902年初，羅斯福指示總檢察長菲蘭德·諾克斯對北方證券公司提出反托拉斯訴訟，使華爾街為之震驚。這個公司是希爾———摩根名下和哈裏曼名下各條鐵路的一個組合，其中包括北太平洋鐵路、大北鐵路、芝加哥———伯林頓昆西鐵路等係統。該公司的代理人摩根和漢納試圖勸阻總統，但他們的幹預沒有效果。1903年4月，明尼蘇達地方法院判決解散這家公司，該公司不服，又上訴到最高法院。翌年，最高法院以5比4票表決維護了地方判決，從而支持了政府一方，並宣布該院過去對“奈特案件”的判決無效。這樣一來，就使哈裏曼原曾提議繼續進行下去、直到把全國每一條重要的鐵路都置於他的控製之下的一大合並過程停頓下來了。這次裁決把共和黨保守派和華爾街的金融巨頭們氣得暴跳如雷，而廣大的中下層群眾則拍手稱快。正如羅斯福所說，此案“意義之重大是無法估量的”。它向全國表明，工業大亨不能逍遙法外，這大大提高了總統的聲望。人們紛紛稱讚羅斯福是“托拉斯的破壞者”、“投向托拉斯的巨型炮彈”。
到1904年大選來臨時，共和黨人都鼓掌歡呼提名羅斯福競選連任；民主黨重新采用克利夫蘭任職期間那強調對於憲法應作限製性解釋的綱領，推選奧爾頓·帕克法官為總統候選人，此人觀點保守，並與紐約富豪關係密切。羅斯福贏得了普選票中56．4％的壓倒多數票，並獲得336張選舉人票，而民主黨人帕克僅獲得140張選舉人票。1905年3月4日，羅斯福終於成為“憑自己的能耐上台的總統。”
在羅斯福第二屆任期的頭兩年裏，大企業進一步失去了信譽。由於黑幕揭發者 們對美孚石油公司、牛肉托拉斯和鐵路繼續進行攻擊，還有1905年對紐約保險業的調查，揭露出許多令人震驚的真相。
因此國內要求對托拉斯改革的呼聲更為強烈。羅斯福在1905年初指出：“工業製度的偉大發展意味著，必然要增加政府對商務企業施行的監督。”通過頒布立法，羅斯福總統擴大了聯邦政府在經濟領域的幹預權。其中，最為典型的就是對鐵路經營的監督和調控。
19世紀末以來，鐵路控製權的集中不斷增長，到1904年6個主要鐵路係統（即範德比爾特、摩根———貝爾蒙特、哈裏曼、賓夕法尼亞、古爾德、希爾這6個係統）代表著一個將近800條鐵路、資產總值超過90億美元的組合，控製了全國鐵路裏程的75％。鐵路運費急劇上漲，而鐵路工人的工資和為顧客服務的質量並沒有相應的提高和改進，早已為1887《州際商務法》所禁止的運費回扣、差別對待等現象不僅沒有收斂，反而愈演愈烈，這使廣大的中小企業和西部中小農場主苦不堪言。
在1903年，羅斯福敦促國會通過一項優先處理反托拉斯訴訟的法令。同年，針對鐵路部門的回扣現象，國會通過了《埃爾金斯法》，禁止鐵路公司征收與所公布運費有任何不同的費用，並規定運貨人獲取回扣與鐵路同受懲罰。
1904年羅斯福宣稱，對鐵路的調控是“首要的問題。”眾議院迅速通過一項法令，授權州際商務委員會擬定運費率。但在參議院，該法遭到共和黨保守派（“老衛士派”）的反對。羅斯福發表了一係列激烈的演說，爭取到輿論的支持，並戰勝了對手。1906年稍經修改以後，《赫伯恩法》在國會終於獲得通過。該法授權州際商務委員會可根據貨主的申訴，廢除現行運費率，另行規定新的標準，但須由最高法院複審。該法標誌著政府在調控鐵路方麵的一個實質性進展。截至1911年州際商務委員會使將近20萬種收費比率降低了50％。