受降儀式結束後，羅伯特·李眺望四周到處飄揚著星條旗的一片田野，內心湧上一股說不出的酸楚與悲哀。這位作戰勇猛、功勳卓著的南部同盟的司令已失去了往日的雄風。他一手握拳，緩慢地在他那隻戴著長手套的掌心裏擊了三下，然後躍上心愛的坐騎向遠處疾馳而去。
內戰終於以北部的徹底勝利而告結束。
罪惡的謀殺
在美國內戰結束前一個月，林肯第二次就任總統。他的就職演說貫穿著“南北和解”的思想。他說：“對任何人不懷惡意，對一切人抱寬容態度，堅持正義，因為上帝使我們懂得正義。讓我們繼續努力完成我們的正義事業，把國家的創傷包紮起來。關懷那些擔負起戰爭負擔的人，關懷他們的孤兒寡母。凡是可以在我們自己和所有國家之間帶來並保持正義的持久和平的一切事情，我們都要去做。”
在羅伯特·李投降後的第三天，林肯重申了對南部重建問題的意見和政策，其主導思想就是要對戰敗的南部采取寬大的政策。他認為應當忘掉叛亂，南部每一個州隻要有10％的白人舉行了忠誠宣誓並組織起了州政府，就可以立即重新被接納為聯邦成員而充分享有其權利。
然而失敗的南部奴隸主並沒有因林肯總統的寬大政策而痛定思過。相反，他們卻產生了強烈的複仇的念頭。1864年4月14日耶穌受難日那天，總統召開了他的最後一次內閣會議。會上決定取消對南部的封鎖，他敦促內閣部長們把精力轉移到和平建設上來。當晚，林肯攜夫人前往福特劇院觀看由勞拉·基恩主演的喜劇《我們的美國親戚》。
當戲劇演到一半時，南部蓄奴製的同情者、27歲的演員約翰·布思衝進林肯的包廂，用單發手槍向總統的後腦開了一槍。子彈經撞擊碎成兩半，一半留在大腦中間，另一半穿過大腦擊中右眼窩的骨頭。那天夜裏剛巧也在福特劇院看戲的查爾斯·利爾醫生檢查了總統的傷勢後，知道已無可救治，林肯被抬進附近的彼得森公寓，由於他身材太高，他被斜放在床上。翌日淩晨，林肯與世長辭。
林肯的逝世在國內外引起巨大的震驚和悲痛。許多政府閣員、國會議員、軍官以及各界群眾在4月19日白宮舉行的葬禮上淚流滿麵。
當載著林肯遺體的9節列車從一千英裏之外的華盛頓開向林肯的家鄉———伊利諾斯州的斯普林菲爾德時，千百萬人默默地站在鐵路邊目送靈車遠去。在這個篤信宗教的國度裏，總統在耶穌受難日這天遇害絕非巧合。這就賦予林肯以基督的形象。這一事件使著名的《合眾國的戰歌》的最後一句，賦予了新的涵義：“他為了人類的聖潔而犧牲，我們要為人的自由而獻身。”
沃爾特·惠特曼的詩句最真摯地表達了千百萬美國人哀傷的心情：
啊，船長，我的船長！苦難的航程已經完成，曆盡了驚濤駭浪，才贏得了今天勝利的歌聲；港口已經臨近，船頭鍾聲齊鳴，人們歡呼陣陣，千萬雙眼睛，凝望著巨艇，威武又沉穩。
可是，上帝，上帝！我的上帝！
我們的船長，掌舵人哪裏去了？
看，甲板上鮮血殷殷，
他，合上了雙眼，渾身已經冰冷。