民主共和黨的一統天下
1808年初，年輕的威廉·卡倫·布賴恩在波士頓發表了一首題為《禁運》的長詩，對傑斐遜極盡諷刺之能事，詩中有一段這樣寫道：是你，玷汙了每一位愛國者的名聲，是你，給人民帶來災難，給國家帶來不幸；滾，卑鄙的小人！快離開總統的寶座。
快揭開你的秘密，無論是清白的還是醜陋的。
哲學家，快去研究薩莉的美貌，
快去投向那黑奴的懷抱。
把印璽交給那些遠見卓識的人，
再不容許你主宰國家的命運！
對傑斐遜來說，即便沒有這些惡意的誹謗，他也早就打算退隱了。
8年忙碌的總統生涯已使他精疲力竭，他完全明白和體會到華盛頓當年的苦衷。他渴望回到蒙蒂塞洛的莊園過一種寧靜、閑適的隱士生活。
在離開白宮的前一天，傑斐遜告訴朋友說：“幾天之後，我就要回到我的家、我的書和我的莊園那裏去了，任何一個囚犯解除鐐銬時都沒有像我擺脫權力的桎梏時那樣心情舒暢。”
然而，要求總統留任的呼聲卻十分高漲。隨著美英矛盾的加劇，先後有9個州和1個準州的議會致函傑斐遜第二屆任期結束後不要退職。一位有影響的賓夕法尼亞共和黨人寫信勸說傑斐遜：“現在的事態和形勢明擺著，您絕對不能拒絕再一次連任總統……人民擁護您的聲音從來沒有現在強烈。”對此，傑斐遜語氣堅定地答複說，在適當的時候放棄他的職位同忠誠地履行這個職位一樣，都是他的義務。如果憲法和慣例沒有規定總統的任職期限，總統職位就成為終身的了。他表示：“我不願當無視傑出的前任所樹立的表率，而開創總統職務超過兩屆任期先例的人。”
在傑斐遜表明不再連任的態度後，麥迪遜成了下屆總統的預料中人。1808年1月，國會民主共和黨黨團會議上正式提名麥迪遜為總統候選人，喬治·克林頓為副總統候選人，這正符合傑斐遜的心願。
詹姆斯·麥迪遜，1751年生於弗吉尼亞州的康韋港。1771年畢業於著名的普林斯頓大學，兼有學者和政治家的氣質。他與傑斐遜誌同道合，友情甚篤。他參加起草的弗吉尼亞憲法曾得到傑斐遜的幫助，傑斐遜執筆的《獨立宣言》也吸收了弗吉尼亞憲法中麥迪遜所寫的《權利宣言》部分。1787年聯邦憲法草案出自麥迪遜的手筆。在建國初期，他們兩人在聯邦製問題上的意見雖曾有過分歧，但友誼始終未受影響。
1792年，兩人一同創立了民主共和黨。傑斐遜就任總統後，麥迪遜被任命為國務卿，在內政外交各個領域與傑斐遜密切合作，政績斐然。所以，傑斐遜推舉他繼任總統自是情理之中的事情。
在競選過程中，使麥迪遜易受攻擊的問題是《禁運法案》，該法的實行並未達到使英、法兩國尊重美國在海上中立貿易權利的目標，相反卻嚴重損害了美國的商業和航運業。聯邦黨人嚴厲抨擊國務卿麥迪遜把禁運作為建立國內製造業的手段，不惜犧牲東北部新英格蘭地區商人們的利益，認為這是極其愚蠢的行為，必須予以徹底糾正。由於共和黨的禁運政策有明顯的缺憾，使得聯邦黨的總統候選人查爾斯·平克尼似乎沒有硬傷，沒有更說不過去的不適合當總統的錯誤。
但是，競選的結果卻使聯邦黨人又一次栽了跟頭。這年11月4日至12月6日，全國17個州以各種不同的方式推選出選舉團成員。12月7日，由選舉人進行投票。結果，麥迪遜以122張選票的絕對優勢當選總統，聯邦黨的平克尼隻得了47張選票。這說明，共和黨仍然存在著使自己繼續執政的廣泛的群眾基礎。
“麥迪遜先生的戰爭”
1809年3月4日，麥迪遜在白宮宣誓就職。最初6個星期，他不斷受到人們的歡呼，被視為一個偉大的和平締造者。國會在撤銷傑斐遜的禁運時，針對英、法兩國，另行製定了一項《禁止通商法案》，預先許諾如果任一國家首先廢除它的損害美國商業的法令，美國即與之恢複貿易關係。麥迪遜特別希望首先與英國達成一項諒解，他同英國駐華盛頓公使戴維·厄斯金商定了一個條約：如果英王陛下的政府撤回其不利於美國海運業的那些諭令，美國則將恢複同英國的正常貿易關係，而對法國則繼續停止通商。但是，這項草約遭到了英國政府的蠻橫拒絕。