路易斯安那的購買掃除了美國西進運動的障礙，使美國的領土擴大了一倍，密西西比河這一“眾河之父”完全成了美國的內河。這十分有利於美國經濟的發展。長期以來引起許多麻煩的航行權、存棧權等問題也就迎刃而解。此外，路易斯安那的範圍極不明確，這給美國隨意解釋其邊界，進一步向西擴張提供了方便。美國外交史學家比米斯認為，路易斯安那的獲得，“對於美國的重要性是怎樣估計也不會高的。……它使這個共和國的領土增加了一倍，……它給予這個國家世界上最豐富的糧食、燃料和動力倉庫之一。……路易斯安那變成了美國向佛羅裏達、得克薩斯、新墨西哥、加利福尼亞、俄勒岡和阿拉斯加擴展的走廊。”
傑斐遜購入路易斯安那後，便派出由他的秘書梅裏韋瑟·劉易斯上尉和威廉·克拉克中尉領導的科學探險隊，到西部進行科學考察。探險工作始於1804年5月，結束於1807年10日，行程達9000多英裏。它的活動自始至終得到了總統的親自指導。探險隊搜集了這塊不為世人所知的領土的大批第一手的資料，劉易斯等人把他們探險的經曆及成就寫成報告，數年後出版，成為美國文學寶庫中的珍品。他們的事跡和傳奇經曆使美國人津津樂道，激勵著美國人的奮鬥精神和冒險精神。
伯爾案件
如上所述，傑斐遜在4年任期內政績顯赫，尤其在外交方麵獲得巨大成功。但這並沒有使聯邦黨人停止對他的攻擊。馬薩諸塞州參議員蒂莫西·皮克林及其追隨者深信存在著一個使民主共和黨人永遠當權的“傑斐遜陰謀。”他們策劃要讓新英格蘭脫離聯邦，走上分裂國家的危險之路。
在那些新英格蘭教士和聯邦黨領袖看來，傑斐遜的勝利就是民主製的勝利。他們斷定民主製會導致恐怖主義、無神論和獨裁統治。皮克林煽動說：“難道我們必須袖手等待這種結果嗎？我們當初革命的原則明白指出挽救之道———實行分離。”在1803年底以前，馬薩諸塞州的“埃塞克斯幫會”和康涅狄格州的“河神”就已開始策劃一個“北部邦聯”，用皮克林的話來說，它將“免除南部貴族民主派的那種腐敗及其腐化影響和壓迫”，它是一個以新英格為中心的邦聯。
部分聯邦黨人的這一圖謀，得到了英國駐美公使的支持，但漢密爾頓卻不屑與其為伍。密謀者們便轉向了副總統艾倫·伯爾。
伯爾曾在1800年選舉中，使紐約州投了傑斐遜的票；若無該州選票，傑斐遜是不會當選的。伯爾這次當上了副總統，但是他始終認為自己不被傑斐遜重用；而且當1804的傑斐遜競選連任時竟把他從共和黨的副總統候選人名單上抹掉了。伯爾於是決定，要同民主共和黨的正式候選人爭奪紐約州州長的職位。聯邦黨人把傑斐遜與伯爾的失和視作天賜良機，他們積極支持伯爾競選州長。作為回報，伯爾答應事成之後使紐約州加入“北部邦聯”，並自任邦聯的總統。但大部分聯邦黨人領袖反對這一計劃，他們深知，分裂國家是不得人心的。果然，伯爾遭到了挫敗，聯邦黨人的圖謀隨即告敗。這一密謀當時取得成功的機會多麼渺茫，可由1804年總統選舉予以證明。在這次選舉中，傑斐遜囊括了除康涅狄格和特拉華之外的所有各州的選舉人票。傑斐遜所得票數與平克尼相比，為162票對14票。
年方48歲的伯爾，已徹底毀棄了自己的政治前程，他把自己的失敗歸咎於漢密爾頓的作梗。1804年6月，伯爾向漢密爾頓寫了一封措辭十分強硬的信，要求他的對手“立即無條件地承認或否認”報界所傳說的對他品格的誹謗。漢密爾頓則一口回絕，並答複說：“我相信，你多想一想，對這件事就會與我有同樣的看法。否則，我隻能對實際情勢表示遺憾，並隻得承受後果。”