聯邦黨身為執政黨，在競選過程中自然占了許多便宜，他們不斷地給自己臉上貼金，將合眾國的繁榮景象都歸於“流芳百世的華盛頓首創的政府及其德高望重的繼任者堅定不移地奉行政府的各項賢明準則。”
對此，民主共和黨人則毫不示弱，他們再三提醒選民，傑斐遜是《獨立宣言》的起草人，稱得上是美國的“民主之魂。”弗吉尼亞州的民主共和黨委員會在其向選民發表的正式演說詞中說：“作為自由之友來看，我們認為傑斐遜是首屈一指的，而且在維護自由方麵也隻有他才能提供好的經驗。”民主共和黨試圖使人們相信，聯邦黨人的目的是要使全國屈從於北部的豪門政治，並最後屈從於充當喬治三世附庸的某個小帝王。它的喉舌———費城的《曙光報》聲稱，由聯邦黨人當總統就會出現戰爭，而若由傑斐遜當選總統就意味著和平。因此，“和平之友將投傑斐遜的票，而戰爭之友則會投亞當斯或平克尼的票。”
在賓夕法尼亞州的德裔移民中間，還曾盛傳過一則流言蜚語，是關於約翰·亞當斯的個人道德問題的：亞當斯總統派他的心腹從英國弄回來兩個情婦，一個是法國人，一個是德國人，後來卻把那個德國女人打發走了。據說，這是造成後來亞當斯失去賓夕法尼亞州選票的一個重要原因。民主共和黨人還別出心裁，首次為美國曆史上的總統競選發動作詞譜曲，成立了“傑斐遜和自由”的活動團體，他們高唱著讚美傑斐遜的歌曲：“歡樂鼓舞吧，哥倫比亞的兒子們！歡樂鼓舞吧，永遠不向暴君屈服和乞求！隻有心髒、靈魂和聲音溶合在一起，為了傑斐遜，為了自由！”
總起來看，這次總統競選的氣氛十分緊張，直到最後一州選定的總統選舉人報上來，才能確定選舉結果。從4月初至12月初，全國上下都在注視著從一個州到另一個州的選舉結果揭曉。在此期間，傑斐遜的一言一行都格外謹慎，唯恐私下裏寫的信會被捅到報紙上，授人以柄，從而影響到自己的前程。
到11月底，仍有3個州的情況不甚明朗。在賓夕法尼亞，民主共和黨控製的眾議院同聯邦黨的參議院在用何種方法挑選總統投票人的問題上爭執不休；在羅得艾蘭，又過了幾天，傳來了聯邦黨獲勝的消息。
這就意味著亞當斯得58票，傑斐遜得57票。如果賓夕法尼亞不投票，南卡羅來納的8張選票將最終決定大選結果。而南卡羅來納州由於查爾斯·平克尼的積極活動，是最有可能支持聯邦黨的。所以，許多聯邦黨人有理由對大選結果感到樂觀。
12月2日，南卡羅來納州議會選出了該州的總統選舉人。而此時的賓夕法尼亞州議會兩院也達成了妥協：州的選票分為兩撥，8票投給傑斐遜，7票投給亞當斯。決定聯邦黨和民主共和黨孰勝孰負的關鍵是南卡羅來納州，其結果出人意料，該州8名總統選舉人均投了共和黨的傑斐遜和伯爾的票。從全國來看，共和黨得到的選舉人票占有多數。
然而，聯邦黨人還沒有完全失去信心，各州的選舉結果陸續公布，這仍給他們帶來一線希望。由於沒有一個人膽敢放棄他的第二人選票，致使民主共和黨的傑斐遜和伯爾不分上下，各得73票而同居首位；聯邦黨的亞當斯和平克尼分別得65票和64票。1801年，以州為單位進行表決的眾議院，得在傑斐遜和伯爾兩人之間選擇，因為總統候選人必須獲得過半數州的票才算當選。
聯邦黨人看到了用支持伯爾的辦法來挫敗他們敵人的機會，便寧願選一個柔順無恥而腐敗的政客，而不要一個“危險的激進主義者（指傑斐遜）。由於兩黨勢均力敵，以致眾議院在1801年2月17日前接連舉行了35次無記名投票，但一直沒有打破僵持局麵。因為後來若幹聯邦黨議員投了空白票，使伯爾一直保持的6州票減為4州，傑斐遜增加2州票，總票數過了半數，從而使他獲得了大選的成功。這時離亞當斯任期屆滿的3月4日，隻有兩周的時間了。
1801年3月4日中午，當選總統傑斐遜在波托馬克河畔的哥倫比亞特區舉行了簡樸而又莊重的就職典禮。新首都華盛頓市當時僅僅有6，000人口。
美國國會在1790年做出決定，把首都從費城遷到哥倫比亞特區。
當時由華盛頓總統選定的地址，就在波托馬克河上遊距離蒙特維爾莊園數英裏的一個人煙稀少的地方。這座以華盛頓的名字命名的新首都由一位法國工程師設計，國會大廈和白宮的位置是傑斐遜所建議的。