為了戒絕這種王學末流，而使書院完全回歸到當年朱、張的軌道上來，吳道行不僅自己登壇講學，而且到處聘請大儒登壇。
是年臘月，湖廣學道高世泰，在祭拜了南嶽之後，尋幽縱履，來到嶽麓山，應了吳道行之約，登壇大講了程、朱正學。這高世泰乃當年東林學派巨子高攀龍之子，當年高攀龍與被魏忠賢迫害而罷居故裏的顧憲成一起，創辦了一個書院，喚做東林書院。這東林書院所傳授的乃正統的程、朱理學，主張經世致用，反對王學空談，同時議論國事，對魏忠賢極為不恭，這豈不是自找麻煩，自討苦吃了。魏忠賢意欲置顧憲成於死地，苦於找不到更好的理由，今有此一節，魏忠賢抓了把柄，講顧憲成結黨謾罵朝廷，不恭不敬，有欺君之罪，顧憲成被腰斬了，高攀龍被迫跳河自盡，東林書院自然就片瓦不存。
再說這魏忠賢，乃何問隸寧人，初名進京，號完吾。他本是個目不識丁、嗜賭成性的二流子，娶妻馮氏，生一女。
在一次賭博中輸得精光，走投無路，一氣之下逃進了皇室，並改名換姓號李進忠。萬曆十七年（公元1589年），開始在司禮秉筆太監孫進門下，管理甲字庫。以後又巴結王安門手下的太監魏朝。跟了魏朝所姓，改名魏進忠後賜名魏忠賢。不久做了熹宗生母王才人的典膳。魏忠賢與魏朝結為兄弟，時宮中稱“大魏”、“二魏”。
熹宗朱由校自幼生母就去世了，年僅十八歲的客氏就成了其乳母。客氏本是定興人侯二的妻子，客氏對朱由校頗為用心，百般殷勤，細心照顧，甚至把朱由校梳頭掉下來的頭發，剪掉的指甲，都精心收藏。朱由校的膳食，也必須她親自調治。入宮兩年後，侯二就死了，身居禁宮的客氏耐不住寂寞，私下與魏朝結為相好。魏朝常外出辦事，難以陪客氏度夜，客氏便又與魏忠賢勾搭。熹宗接位後不久的一個晚上，魏朝與魏忠賢為爭客氏，在乾清宮暖閣打了起來，吵鬧聲傳到熹宗禦所，熹宗命將二人傳到榻前，弄清原由之後，就麵對客氏說：“朕由你自己選擇。”
客氏見熹宗開了金口，於是說：“奴家喜歡魏大人忠賢。
熹宗怒對魏朝斥道：“朕命你滾。”
從此，客氏與魏忠賢成了正式夫妻。魏朝被貶鳳陽，魏忠賢又派密使將其殺害。客氏與魏忠賢用盡心機，一味地去獲取熹宗的寵愛。不久，客氏得封奉聖夫人，魏忠賢得遷司禮監秉筆太監。天啟二年（公元1622年），熹宗親賜“忠賢”為其名字。
王安對魏忠賢擠走魏朝不滿，並多加責備。魏忠賢與客氏對王安大為痛恨，於是唆使給事霍維華彈劾王安專權。王安被降作淨軍發去南海了，看守牆鋪。魏忠賢又派太監劉朝任南海提督，借機殺害王安。魏忠賢身邊的兩個障礙被清除了，於是逐漸侵蝕朝政，不斷攫取權力。客氏也從中推波助瀾，不久，京城就流傳著一首歌謠：“委鬼當朝立，茄花遍地紅。”委鬼合起來是個魏字，茄音近客，茄花即指客氏。越傳越神，又有：“八千女鬼亂朝政”之謠。“八幹女鬼”合起來也是一個魏字。
熹宗是一個貪玩的皇帝，他不好讀書，喜歡油漆木工，常常自做些家具木器，有時還玩機巧把戲，每當熹宗玩得高興時，魏忠賢就拿出一批奏章請他審批，惹得熹宗大為煩惱，熹宗便隨口說：“我都知道了，你拿下去，好好處理吧。”
於是魏忠賢就通過代皇帝批答奏章，把大權緊緊抓在手裏。
魏忠賢在內廷一手遮天，在外廷氣焰日益囂張，逐漸形成了一批死黨——閹黨。當時著名的有五虎、五彪、十狗、四十孫之輩。“五虎”指文臣崔吳秀、吳享夫、李夔龍、田吉、倪文煥；“五彪”指武臣田爾耕、許顯純、崔應元、楊寰、孫雲鶴；“十狗”指周應慶、曹欽程等人。當時，從朝廷內閣、六閣臣、四方總督、巡撫等無不是魏閹死黨之天下。閹黨對魏忠賢盡吹牛拍馬之能事，有人稱他為“九千歲”，事無巨細，皆派人請示魏忠賢。
魏忠賢權勢惡性膨脹，遂更加肆無忌憚口含天憲，作威作福，控製特務組織，肆無忌憚地作惡。民間對他稍有訾議，就會被殺，甚至剝皮割舌，被他殺的人不可勝數。