多爾袞以攝政王的身份，全力處理國家的政治經濟事務。同時，他還不得不陷於各種各樣錯綜複雜的矛盾鬥爭中。由於明末黨爭激烈，清初又大量引用舊人，因此明末黨爭積弊在清初政局中反映出來，並與滿洲貴族內部矛盾糾纏在一起。從順治二年（1645）開始，以彈劾馮銓案形成了南北黨爭的中心內容。是年七月，浙江道禦史吳達上疏彈劾閹黨餘孽，矛頭直指馮銓及其黨羽孫之獬等，緊接著，給事中許作梅、莊憲祖等亦紛紛上疏支持吳達。高層官員中如洪承疇、金之俊等均是南方人，大概不會支持馮銓。多爾袞考慮到馮銓這些人死心塌地效忠於滿洲貴族，如果處罰了他們，朝中南方官員得勢，於清朝統治可能發生不利影響。所以過了十天，多爾袞仍未表態。但出於對穩定整個形勢的考慮，他終於決定支持馮銓一派，在朝中公開申斥了龔鼎孳，僅將李森先革職，而對其他人並未深究。從根本上說，多爾袞並未壓製某一派、支持某一派。同時，也將馮銓一派的孫之獬革職，永不敘用。多爾袞隻是通過雙方的鬥爭更好地利用他們，借此達到他以漢治漢的目的。雖然漢人的黨爭會影響到政局，但對多爾袞利害關係更大的是八旗內部的勾心鬥角。由於皇太極死後爭位的餘波未息，豪格顯然是多爾袞最需嚴加防範的政敵。還在順治元年四月，豪格就對何洛會、楊善、俄莫克圖等人發泄對多爾袞的不滿。後來還屢次說多爾袞不是有福之人，沒有幾天的壽命。多爾袞自然對他懷恨在心，先後派他征山東、攻四川，盡管取得大捷，但並沒有給予應得的獎賞，反而找借口處罰了正黃旗幹將鼇拜等，最終幽禁了豪格。沒有多久，豪格便死於獄中。這樣，主要政敵正黃旗勢力群龍無首，譚泰、拜尹圖、鞏阿岱、錫翰、冷僧機又被多爾袞拉了過去，剩下幾個強硬分子圖賴、索尼、鼇拜等，都遭到了殘酷打擊。
多爾袞也不遺餘力地分化中間派。豪格死後，所領正藍旗已轉給多鐸，旗中宗室博洛也已被多爾袞拉了過去，封為端重親王，成為攝政末期理事三王之一。正紅旗中代善家族已經衰落，滿達海和勒克德渾被多爾袞所籠絡，且長年在外打仗，至攝政末期才參預議政。一旦犯了小錯，還要受到多爾袞的懲罰。鑲紅旗是不同勢力的混合體，一方麵是代善係統的羅洛渾、喀爾楚渾等，但年輕而逝，構不成威脅。另一方麵是皇太極係統的碩塞和褚英的後代，前者已被多爾袞籠絡，後者多是一勇之夫，尼堪也因投靠多爾袞而受到提拔。鑲藍旗的濟爾哈朗倒是個潛在的威脅，也被多爾袞幾次打擊，連輔政王的職位都被多鐸取代了。
多爾袞真正依賴的後盾還是自己兄弟的兩白旗，在擴充勢力方麵他也是下了些功夫的。在入關前後的戰爭中，他多次讓阿濟格和多鐸充任主帥，就是讓他們功勳卓著，地位難以動搖。多鐸是個文武全才，很受多爾袞重用，順治四年七月任輔政王，成為多爾袞的左膀右臂。但多鐸並不像人們想象的那樣緊跟多爾袞，有時還頗受多爾袞的斥責，特別是順治六年多鐸死於出痘，使多爾袞一派的力量不甚穩固。阿濟格是一勇之夫，脾氣暴躁，容易壞事，多爾袞不敢十分重用。然而，盡管他們互相之間有齟齬，有矛盾，在對付外來勢力時卻是團結一致的。就這樣，多爾袞一方麵分化中間派，一方麵狠狠打擊異己，使他在錯綜複雜的矛盾中始終立於不敗之地，而且逐漸闖出了一條通向巔峰之路。
順治元年十月，多爾袞被封為叔父攝政王後，俸祿、冠服、宮室之製均超過一般親王。據說他的府第“翬飛鳥革，虎踞龍蟠，不惟淩空掛鬥，與帝座相同，而金碧輝煌，雕鏤奇異，尤有過之者”。順治二年五月，根據趙開心的建議，多爾袞稱“皇叔父攝政王”，重新規定了各項儀注，如跪拜等等，幾同於皇帝。順治四年，他又根據群臣的意見，元旦朝賀時不再對福臨跪拜。到順治五年十一月，又“加皇叔父攝政王為皇父攝政王，凡進呈本章旨意，俱書皇父攝政王”。至此，他的權勢地位已達到無以複加的程度。多爾袞大權在握，“凡一切政事及批票本章，不奉上命，概稱詔旨。擅作威福，任意黜陟。凡伊喜悅之人，不應官者濫升，不合伊者濫降，以至僭妄悖理之處，不可枚舉。不令諸王、貝勒、貝子、公等入朝辦事，竟以朝廷自居，令其日候府前”。