如此一來，湘軍水師便被截為內湖和外江兩股，不能相互接應，給湘軍水師造成了致命傷。太平軍趁機猛攻，九江守將林啟容與小池口大將羅大綱帶領數十隻小船入江，趁著昏暗的夜色，衝入湘軍船幫，進行火攻。湘軍水師船隻火焚水沉，潰不成軍，連曾國藩的帥船也被對方圍困俘獲。
曾國藩既憤又慚，無地自容，又投水自殺。但天不滅人，恰逢水師統領彭玉麟駕駛舢舨路過這裏，於是就救他上船，送上岸去。
曾國藩在岸上遙望浩浩水波，想到竭盡心血慘淡經營而成的水師，竟如此損於一旦，心如刀絞，痛不欲生，決意策馬赴敵而死，驚得羅澤南、劉蓉緊緊抓住馬韁不放，經過好一番拉扯勸解方才作罷。
有很多人認為，曾國藩也算不得完人，因為他受不了挫折，一遇挫折就想自殺，前後竟有五次自殺的經曆，可見其心理脆弱。而世之成大事者，莫不是心理強大、敢於直麵失敗和挫折之人。其實這是對曾國藩的一種誤解。
以當時當情來看，不論是靖港之敗還是九江之敗，其敗之慘，已無複加。靖港一戰，水師幾近全毀，而九江一敗，更是幾欲塗地！湘軍子弟盡亡，炮船俱損，曾國藩苦心經營、對之抱以很大期望的湘軍竟是如此不堪一擊，兵敗師毀怎能不使之痛心疾首？
對於像他這樣一位以天地為己任，時盼為朝廷分憂、為百姓造福的聖賢心思，看到自己出師不利，慘敗如此，又怎能不愧悔難當、無顏以生？同僚和官紳們的處處刁難、嫉妒，時人的挖苦、譏諷又怎能不使之羞愧難當？朝廷對他的猜忌、防範，又怎能不使之心寒不已？一係列的失敗和打擊，一係列的挫折和譏嘲，使他嚐盡世態炎涼，曆盡艱難辛苦，造成了巨大的心理落差，使他難以承受。
當鬱積在心頭的這些不順之事積聚到一定程度的時候，強烈到無法阻攔的絕望，必然使他產生輕生念頭。
但曾國藩畢竟不是普通人，他有著頑強的意誌，更有著執著的性格，他血液中那種不怕輸、不服輸的強悍，使他能很快走出失敗的陰影，擺脫自殺的消極，重拾信心，重燃激情，以“打脫牙和血吞”的無敵堅忍，終於擺脫了失敗，贏得了最終的勝利。
曾國藩後來回憶他的人生曆程時這樣說道：“吾初起兵，遇攻危，則有死心。自吾去祁門，而後乃知徒死無益，而苛生之可以圖後功也。”
可見他經曆過兩次大敗兩次自殺之後，終於明白“留得青山在，不怕沒柴燒”的道理，唯“苟生之可以圖後功”，故從此死誌已絕，而鬥誌重生。
因而，自此以後不管什麼樣的艱難困境，曾國藩都能以超人的意誌和無與倫比的堅忍，扛過去，最終成就的，就是立下天地大功的一“完人”！
4.祈門受困，堅守到最後一刻
1858年7月1日，曾國藩再度出山，相繼迎來了事業中最為輝煌的時期。1860年6月10日，鹹豐皇帝命曾國藩署理兩江總督，8月10日，實授兩江總督、欽差大臣，辦理江南軍務，所有大江南北各軍均歸節製。終於授予了他一個實實在在的官職。
在此前後，湘軍在對太平軍的戰事中逐漸取得了主動。然而就在這樣的大好形勢下，曾國藩又一次陷入了困局之中。
1860年7月28日，曾國藩留曾國荃等繼續圍困安慶，自己率湘軍萬餘人渡長江入皖南，把中軍大帳設在了祁門。九月下旬，太平天國發動了以救援安慶為目的的第二次西征，所采用的策略仍然是“圍魏救趙”：由陳玉成部在長江以北西進，李秀成等部在長江以南西進，兩軍並進，直指武漢，以迫使湘軍從安慶地區撤軍回救。九至十月間，南路部隊楊輔清、李世賢部相繼占領寧國府、徽州府城。十一月，忠王李秀成的主力部隊由江蘇進入皖南，兵鋒直指祁門地區，大劫難的陰影籠罩在祁門大營上空。
祈門是安徽的一個小縣城，處於崇山峻嶺之中，一條官道從縣城穿過，東連休寧、徽州，南連江西景德鎮，還與浙江聯係緊密，扼地勢要衝，當兵家之險地。
然而祈門雖然位置重要，卻遠非屯兵之地。因為祁門除了那條通往景德鎮和徽州的大道外，就隻剩下一條小道通向邊上的兩個小鎮，而城前的那條小河河水極淺，將它作運輸軍需之用是不可能的。水師無法停泊，隻好停靠在一百多公裏外的長江，運兵運糧都不方便。而且“環祁皆山也”，從軍事地理的角度看，湘軍大營駐紮於斯，特像甕中待捉的鱉。一旦太平軍把大道封鎖包圍，那麼總督衙門將會受滅頂之災，曾國藩就隻能等著被捉了。
因此，曾國藩身邊的諸多幕僚對他進駐祁門都大加阻止，一致勸他前往相隔不遠但更利於攻守、進退自如的東流。其得意弟子李鴻章更是直接建議：“祁門地形如在釜底，殆兵家之所謂絕地，不如及早移軍，庶幾進退裕如。”