鄧永清既是廠長也是校長。在辦好工廠的同時，他十分重視學校的發展，大力倡導“尊師、重教、愛生”和“學校以教學為主體，一切工作為教學服務”的辦學思想。他還把工廠嚴密計劃、分工合作、加強組織紀律性、嚴格督促檢查的工作作風帶到學校，並成為南京航空工業專科學校的優良傳統。
1956年4月，根據教育部的決定，學校升格為本科院校，改名為南京航空學院，同年9月8日，鄧永清被任命為南京航空學院副院長。1957年1月任學院黨委副書記。從1952年到1957年，南航為航空工業培養輸送了近1500名高級科技人才，緩解了當時航空工業建設對人才迫切需要的問題。
1957年7月，航空工藝與生產組織研究所在北京成立，鄧永清出任首任所長。為開創航空工藝研究，鄧永清與上級領導商議，認真謀劃，一方麵計劃派遣科技人員去蘇聯的航空工藝與生產組織研究院學習，另一方麵組織科技人員分赴航空工廠鍛煉，開闊眼界，讓科技人員從實踐中尋找任務，盡快開展研究工作。
在鄧永清的領導下，研究所的科技人員利用航空工業現有條件，協助解決一係列仿製生產中的工藝技術問題，並圍繞新機研製中提出的新工藝、新技術和生產關鍵開展課題研究。1958年，研究所有10個研究項目用於生產，到1959年完成研究項目28項。
這個時期，航空工業局下達《研製鋼筋混凝土的裝配型架立柱和底座》研究課題任務，由研究所飛機工藝室和標準化室共同負責，國營偉建機器廠（現中航工業哈飛）參加。課題組在分析型架的鑄鐵立柱和底座的強度、剛度及其承載性能的基礎上，設計製造了鋼筋混凝土立柱和底座，經強度試驗，證明可以滿足裝配型架的技術要求。1958年，偉建機器廠將鋼筋混凝土立柱和底座用於直5飛機的裝配型架，經生產試驗考驗，證明研製的這種立柱和底座能廣泛代替型架上原來使用的鑄鐵件和焊接件。該研究成果編成的技術指導文件，當時在各飛機製造廠和北京航空學院試製廠得到廣泛的推廣和應用，節省了大量金屬材料，能夠降低製造成本達80％。在鄧永清的多方協調下，研究所組織有關工廠的技術人員與所技術人員設計製定了機床虎鉗、卡盤、彈簧夾具、分度台、鑽模等33種航空工藝裝配標準，與此同時，還組織有關工廠的產品設計人員共同製定了第一批航空工業產品基礎標準76種，為逐步完善和統一全行業標準做出了重大貢獻。
按照“邊建設邊搞科研”的精神，根據上級單位要求，鄧永清組織編製了製造所五年規劃。在規劃初步設計中，提出了研究改進冷加工工藝、編製高效率工藝程序、設計專用設備儀器等，在研究方向上，主要對飛機、發動機、儀表附件生產方麵，綜合工業工藝和航空生產機械化、生產組織與經濟方麵，工藝裝備與工具標準化、規格化方麵，以及綜合研究、製造專業化設備設計和試驗工作等進行了具體安排。
1959年鄧永清調離第一機械工業部第9研究所（現中航工業製造所），任第三機械工業部教育局副局長，第六機械工業部教育局副局長、局長、副部長、黨組成員。1986年1月離休，1998年1月去世。