二戰中，英國加強了對埃及的控製。埃及雖然名義上是個獨立國家，英國派往埃及的高級官員也改稱了“大使”，但當蘭普森任大使時，他仍以埃及的實際統治者自居，動不動就對法魯克國王發號施令，甚至以“最後通牒”相要挾。國王和“大使”的矛盾尖銳起來。1942年2月，為了讓華夫脫黨的納哈斯當首相，蘭普森發動了“阿卜丁宮政變”，強迫法魯克國王接受了他的要求。此事在埃及引起軒然大波。納賽爾在蘇丹得到消息後，說：“我幾乎連肺都氣炸了……至於陸軍，也感到極大震驚。在此以前，軍官們還隻談怎樣去尋歡作樂，而今他們卻在談論著為了自己的榮譽而犧牲生命。……這一事實教育了他們，使他們懂得有一種必須保衛的東西。這就是尊嚴。”1942年，納賽爾升為上尉。9月，他回到埃及後發現，軍隊中的民族主義運動正在由於英國的高壓政策而憤怒地醞釀著，但缺少正確的領導和明確的鬥爭方向，不久，納賽爾被任命為軍事學校的教官，他開始同一些誌同道合的青年軍官建立聯係，秘密從事革命活動。這一運動後來被稱為“自由軍官運動”。
納賽爾組織“自由軍官運動”的出發點最初嚴格地限製在驅逐英國人這一點上。據他後來自己的說法，他的最初目標非但不是推翻國王，反而是試圖給法魯克壯膽，並通過在軍隊中建立起一股具有戰鬥性的反英力量，來加強法魯克對英國進一步侵犯埃及主權的抵抗。當然這並不意味著納賽爾個人對法魯克有什麼好感。但是，盡管法魯克本人是土耳其人，他畢竟是埃及國家的象征。隻要他也同意把埃及從英國手中解放出來，軍隊就有義務支持他。另外，這樣做，也有助於團結頗有實力的保王分子，他們也是反對英國的。
但是，1948年5月的阿以第一次中東戰爭使納賽爾的思想發生了革命性的轉變。在戰鬥中，納賽爾腹部中彈，他在醫院裏沒呆多久，就重返戰場。在法盧賈戰役中，納賽爾組織他的旅發動了一次猛烈的反攻，打破了以軍的包圍，避免了全軍覆沒的危險，並堅守到次年2月停戰協定簽定。納賽爾被當作戰鬥英雄受到了埃及人的歡迎，但他卻高興不起來。戰場上的情況糟透了。開羅指揮部的命令漏洞百出，步兵經常在沒有坦克掩護，甚至事先沒作偵察的情況下向堅固的敵軍陣地發動猛衝。後勤保障極差，部隊從未吃過一頓熱飯，許多傷員得不到有效治療。開羅電台總是播放一些欺騙民眾的勝利消息。更可笑的是，普通士兵竟不知為什麼打仗，還以為是在進行“拉比基軍事演習”。納賽爾開始認識到：自由軍官組織必須獻身於推翻或至少徹底改革埃及政府的整個體製，因為是這個反動政府“陰險地把我們推入了一場毫無準備的戰爭，把我們的生命變成了貪婪、陰謀和利欲熏心的玩物，並把我們赤手空拳地推到炮火下麵去”。由於此次戰爭是阿拉伯五國聯合對以作戰，針對五國配合不利的情況，納賽爾認識到，阿拉伯人隻有團結一致，才可能保衛自己，才可能在這個對它們有威脅的世界上生存下去。
到了1952年初，埃及政局已到了混亂的邊緣。1月25日，英軍借口打擊遊擊隊的勢力，要求解除被懷疑幫助過遊擊隊員的所有埃及警察的武裝，並向伊斯梅利亞的警察營房發動了進攻，雙方發生激戰，第二天，開羅爆發了由警察和學生為主力的示威遊行，後發展成為暴力事件，市中心與英國和其他歐洲國家有關的建築物遭到襲擊。“黑色星期六”事件使納賽爾驚喜地發現溫馴的埃及人終於懂得了用武力反抗來維護自己的利益。自由軍官組織認為起義的時機已經成熟。納賽爾負責起草了政變計劃和關於起義目的的六點宣言，內容包括：消滅殖民主義、取消封建製度、根除壟斷和帝國主義的剝削、建立社會主義、加強軍隊建設和建立穩定的民主生活。由於自由軍官組織的成員大多是三十幾歲的人，缺少感召力，他們選擇了納吉布將軍充當名義上的領袖。納賽爾則退居副主席兼參謀長。
“山雨欲來風滿樓”，一場改變命運的大變革馬上就會降臨到這塊古老的土地上。