5、地形卡區域：魔法卡中的“場地魔法”被放置在此區域（不論正麵表示還是背麵表示）。這張卡不被計算在魔法陷阱區域中的5張中。而且，整個場地內隻允許存在一張正麵表示的地形卡，新的地形卡發動的時候，原來的地形卡就自動破壞。
6、額外卡組區域：融合怪獸、同調怪獸、超量怪獸做為特別的怪物卡自行構成“額外卡組”而被擺放在此區域內而不放在DECK內。和卡組一樣，同名的卡最多隻允許放3張。額外卡組的卡片數為25張也不被計算在主要卡組的張數內。
7、除外區域：被除外的卡片放置的區域，是一個概念上的區域。除外區域的卡根據除外效果放置，可以互相確認（【時間膠囊】和【光之封劄劍】等效果由於是裏側除外，所以無法確認）
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
八、詳細規則
站立決鬥：決鬥前，先決定由誰先開始，一般用擲硬幣、猜拳的方法決定。雙方交換洗牌，再各自從自己的卡組抽出頭五張卡。抽卡的順序是從麵上第一張開始。
騎乘決鬥：駕駛摩托車進行的戰鬥，一般搶到車道第一條彎道的決鬥士可以先攻，戰鬥中必須使用騎乘係列的魔法卡，決鬥士開車的速度就是魔法卡的發動條件。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
九、決鬥中的各個階段：
1、抽卡階段（Draw－Phase）：從卡組抽出一張卡。
2、準備階段（Standby－Phase）：處理一些特殊魔法或效果怪物卡的效果。
3、主要階段1（Main－Phase1）：可以做的有：把手牌上的魔法、陷阱卡蓋放在場上（沒有數量限製）；把一張怪物卡擺放在場上；在手牌上使用魔法卡（沒有數量限製）；改變場上怪物卡的表示方式（有翻開效果的怪物卡可以在此時發動其效果，如【食人蟲】）。
4、戰鬥階段（Battle－Phase）：所有攻擊表示的怪物卡選擇攻擊對象或選擇放棄攻擊；部分效果怪物卡的效果會在此時發動（一般是寫有因戰鬥而送往墓地，如【地縛神】）。需要注意：戰鬥階段中不允許怪物以任何形式召喚上場。
5、主要階段2（Main－Phase2）：如果MainPhase(1)時沒有通常召喚怪物卡的話，現就可以通常召喚怪物卡。也可以使用魔法、陷阱、效果怪物卡的效果。如果怪物卡在本回合未曾改變表示方式，可以在此時改變。
6、結束（End/－Phase）：宣布結束本回合，此時點算手牌，多於6張的要把剩餘的放進墓地。（丟棄的卡可以自行選擇）。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
十、卡片種類
1、通常怪獸，卡片顏色主要為黃色，沒有效果，但能配合許多種類的魔法、陷阱卡。（例如：青眼白龍）
2、效果怪獸，卡片顏色主要為橙色，根據各種戰術擁有各種效果，可以說是現在戰鬥的主流。（例如：破壞龍·剛多拉）
3、融合怪獸，卡片顏色主要為紫色，一般以【融合】等魔法卡為基礎，隻要符合卡上記述的相應素材，就能從額外卡組特殊召喚，卡片參數一般比較好。（例如：究極龍騎士）
4、同調怪獸，卡片顏色主要為白色，一般如果場上的對應調整怪獸和調整以外的其他怪獸的等級，合計與同調怪獸的等級吻合，就可以特殊召喚。（例如【三國武士·神劍禁衛】——4星調整+【三眼怪】——3星效果怪獸=【三國·魏文帝·曹丕】——7星同調怪獸）
5、儀式怪獸，卡片顏色主要為藍色，一般如果手牌有儀式魔法卡和儀式怪獸卡，場上和手牌有大於等於待召喚儀式怪獸等級的其他怪獸，即可通過魔法卡從手牌特殊召喚。（例如：混沌戰士）
6、超量怪獸，卡片顏色主要為黑色，不過在本作並未出場，將在下一作正式登場。
7、通常魔法卡，卡片顏色為綠色，能夠即時發動，也有根據對應條件來發動的魔法卡，隻能在自己回合發動。
8、永續魔法卡，同7，但能夠維持在場上發動效果。
9、速攻魔法卡，同7，能夠在對方回合發動。
10、裝備魔法卡，同7,8，但要有對象才能發動，發動後有各種效果。
11、場地魔法卡，請參考七、決鬥盤位置介紹。
12、儀式魔法卡，同7，儀式怪獸召喚專用物。
13、通常陷阱卡，卡片顏色為粉色，必須先蓋放在場上，下回合才能發動，也有根據對應條件來發動的陷阱卡。
14、永續陷阱卡，同13，能夠維持在場上發動效果。
15、反擊陷阱卡，同13，但效果比13要更狠。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
十一、思念術：自創法術的一種，主要來源於自然界的元素於人類心靈的力量，不同的屬性對應適格人類不同的性格，例如正義感很強的人就適合學光屬性思念術，如果施術者的心靈越堅強，或者對應的性格越鮮明，法術力量就越強，反之，如果施術者的心靈很懦弱，或者對應的性格不鮮明，即使這個法術是12級法術也隻能爆發出5級的威力。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
十二、決鬥士升級係統。
1、由雷克斯·哥德溫指揮，亞久津良平開發，於幸運杯大賽前夜普及。
2、中央電腦係統根據市內各個決鬥士的個人資料和本身戰績，確定決鬥士等級與資格。
3、升級係統提供的動力有兩個——永動機（moment），也就是思念之力檢測裝置，能夠檢測每一位決鬥士的心靈堅強與懦弱程度。
4、規則沿襲初代決鬥都市，當一個決鬥士每打敗另一個決鬥士之後，勝利者除了能拿走失敗者擁有的稀有卡片外，還能通過勝利者的心靈素質來增加經驗以升級，根據實力獲得新的稱號。