1938年5月4日，西南聯大在昆明恢複上課，從此開始了中國高等教育史上一段極不尋常的經曆。直到抗日戰爭勝利後的1946年春天，這三所學校才奉命各遷回本校複課，8年的不平凡經曆由此結束。西南聯大是中國高等教育史上在特殊曆史條件下的特殊產物。由於戰爭的影響，它和各地幾乎失去了聯係，但卻聚集了當時中國一大批最優秀的學者、教授、專家。這些人當中有聞名遐邇的吳有訓、陳省身、華羅庚、吳大猷、周培源、張文裕等著名的科學家，也有朱自清、聞一多、胡適、馮友蘭、錢鍾書等一代大文豪。各係教授一般都有10餘人，而物理係竟多達18人，外文係的教授則超過20人。由此可以說，西南聯大的教師陣容是十分強大的。由於三所大學各有所長，這時就產生互相補充的效果，因而西南聯大的教學，特別是物理係的教學就保持了當時很高的水平，大多數課程都由學有專長的教師講授，課程內容也較為充實。
李政道正是慕西南聯大物理係的師資陣容之名而來的。
李政道認為，能在師資陣容這麼強大的環境裏學習研究，他的數學和物理方麵的天賦會得到充分的訓練、培養和發掘，如果這一理想能實現，那就會為他日後的科學研究打下牢固的基礎。西南聯大的生活條件和教學設備同浙江大學一樣是非常差的。學校不得不分散在昆明市附近的一些小地方，如大普集、黃土坡、陳家營等地方。學校的校舍很簡陋，就連學校的大門也是由兩根石塊壘起來的石柱組成，上麵釘上一塊木板，寫著“國立西南聯合大學”八個大字。沒有教室，沒有桌椅，房屋都是臨時搭起來的。宿舍裏放著20張上下鋪的雙層床，20人擠在一起生活。飯菜不僅油水少，而且吃不飽。衛生條件就更差，不少人身上生了臭蟲。為了躲避日本飛機的轟炸，老師和學生還要時不時地鑽到防空洞裏。西南聯大的學生生活清苦，聯大的教授們生活也不比學生好多少。教授們也是穿著粗布長衫，吃著粗茶淡飯。由於戰事緊張，物價飛漲，就是一些名教授也不得不找第二職業，以維持生計。由於西南聯大內遷倉促，不僅大部分儀器設備淪入敵手，就是圖書資料運來的也很少。在這樣艱苦的條件下，學生隻能靠聽講記筆記學習。盡管環境惡劣，但三校的校風卻被堅持和發揚光大，學校仍保持著嚴格的考試和各項檢查製度。
李政道從小不僅喜歡讀書學習，而且很有責任心，從小就樹立了牢固的報效祖國的雄心壯誌。他雖然在大後方的西南聯大學習，但卻對在前線為祖國效命的英勇殺敵的將士非常讚賞和仰慕。他總是按西南聯大“剛毅堅卓”的校訓來鞭策自己，時刻嚴格要求自己，一定要把學習搞好，以掌握更多的知識為國效力。他總是和幾位要好的同學在傍晚時漫步在田間小路上，談論國家大事和優秀的傳統文化，尤其是喜歡吟唱西南聯大的校歌。校歌總是給他以力量和激勵。聯大校歌是一首豪邁剛勁的《滿江紅》，是由著名學者馮友蘭、朱自清、羅常培、羅庸、聞一多五人合作填寫的，由張清常譜曲：萬裏長征，辭卻了五朝宮闕。暫駐足，衡山湘水，又成離別。絕繳移栽楨幹質，九州遍灑黎元血。盡笳吹，弦誦在山城，情彌切。千秋恥，終當雪。中興業，需人傑。便一成三戶，壯懷難折。多難殷憂新國運，動心忍性希前哲。待驅除仇寇複神京，還燕碣。西南聯大雖然教學條件很差，但李政道還是大開眼界，了解了許多從未了解過的物理學發展史和物理學前沿問題。