嘉祐四年（1059），仁宗欲任張方平為三司使，包拯隨即彈劾張方平“身舉大計，乘勢賤買所監臨的富民邸舍，無廉恥，不可處大任”。仁宗遂罷張方平，改任宋祈（宰相宋癢之弟），包拯又彈劾宋祈“在蜀燕時飲酒過度”，終使宋祈尚未到任，又被罷黜。仁宗找不到合適的人選，便幹脆任命包拯為樞密直學士，權三司使。包拯沒有細想，竟然接受下來，引起了朝廷非議。此事受到了大文學家、政治家歐陽修的彈劾。這也是包拯為官之後第一次受到彈劾，也是唯一一次受到的彈劾，而彈劾他的還是曾經推薦他出任江寧知州的歐陽修。
歐陽修在《論包拯除三司使上書》中，並非認為包拯不能勝任三司職務，而是認為包拯先否定了張方平，再否定了宋祈，自己卻不思回避，有“蹊田奪牛”、“整冠納履”之嫌。歐陽修在《上書》中指責仁宗皇帝說，“朝廷貪拯之才，而不為拯惜名節”；批評包拯不避嫌疑，“逐其人而代其位，雖初無是心，然見得不能思議，此皆不足怪。若乃嫌疑之跡，常人皆知可避，而拯豈獨不思哉”。歐陽修雖然理直氣壯地指責仁宗、批評包拯，卻對包拯的為人為政充分肯定。在《上書》中，他也直言包拯“少有孝行，聞於鄉裏，晚有直節，著於朝廷”。“知拯才能資望，雖別加進用，人豈為嫌？其不可為者，唯三司使耳。”他認為論包拯的才德，出任更高的官職，人們都無異議，唯獨三司使這個位置坐不得。仁宗選不到合適的人選，而且禦旨已下，不好更改。
包拯自覺確實欠缺思考，便回到家裏，閉門謝客，等候仁宗裁決。直到一年之後，仁宗督促到任，包拯才到三司履職。
有專家評論說，將包拯與歐陽修比較，在理論分析方麵，前者不及後者，而在求真務實方麵，則後者不及前者。這是十分中肯的評價。包拯處事實在，不拐彎抹角，條分縷析。想得不夠周到是有的，可說包拯打擊別人，為自己謀牟利，凡了解包拯者，包括歐陽修，都不會下這樣的結論。嘉祐五年（1060），包拯在權三司使任上，授命與右諫議大夫呂居簡、戶部副使吳中複等負責“詳定均稅”。十一月，根據包拯奏請，仁宗錄範祥孫範景為郊社齋郎。包拯在三司任上，還改革“科率”、“和市”，政績卓著，人人稱道。
包拯離開端州進入京師之後，出任監察禦使，嚴劾貪官汙吏，諫議朝廷闕失，成為鐵骨諫官。他曾經作為大使，出使遼國（契丹），也曾經掛帥領兵，駐守邊疆；還曾經出任計相執掌財權，躋身二府掌執國命。嘉祐六年（1061）四月二十七日，包拯升任樞密副使，相當於副宰相的職務，妻子董氏封為永康郡夫人。
嘉祐七年（1062）五月，包拯在樞密院視事時突然病發，五月二十五日卒於開封邸舍，為官三十六年，享年六十四歲。仁宗皇帝親自至邸舍吊唁，諡號孝肅，贈禮部尚書，宣告停視朝一日。“京師吏民，莫不傷感，歎息之聲，聞於衢路。”
包拯一生錚錚鐵骨，耿介威嚴，整頓吏治，革除弊政，竭忠死義，為國為民，成為千古傳頌的後世楷模。包拯去世之後，廬州太守張環為包拯寫了頌詞，足以總括其一生功績：
龍圖包公，生平若何。肺肝冰雪，胸次山河。報國盡忠，臨政無阿。杲杲清名，萬古不磨。