仁宗皇帝雖然對這件事未必全信，但看到反對革新的勢力這麼強大，他開始動搖了，失去了改革的信心。一年前慷慨激昂、想勵精圖治的宋仁宗終於完全退縮，他下詔廢棄一切改革措施，解除了範仲淹參知政事的職務，將他貶至鄧州（今河南鄧縣），富弼、歐陽修等革新派人士都相繼被逐出朝廷。堅持了一年零四個月的慶曆新政終於失敗。
而改革失敗的直接原因則是以夏竦為首的保守派攻擊範仲淹、歐陽修等人互為朋黨。仁宗皇帝是很忌諱大臣之間結為朋黨的。當時歐陽修曾經上疏《朋黨論》，將朋黨分為“君子之黨”和“小人之朋”，並公然承認自己與範仲淹等人為“君子之黨”。這並沒有消除仁宗皇帝的戒心，反而招致保守派更加猛烈的攻擊。
慶曆新政失敗，保守派們正彈冠相慶的時候。包拯卻又上疏了一篇《請依舊考試奏蔭子弟》，大談範仲淹用考試選拔士大夫子弟的政策應該維持下去。這也讓將包拯視為“同道”的保守派們瞠目結舌。
包拯在慶曆新政中所表現的態度讓當時的朝廷大臣們很是不解。然而，他們不知道，在包拯的眼裏，沒有派係，隻有公道人心；沒有黨爭，隻有實事求是；沒有利益集團，隻有社稷江山。
而在慶曆朋黨之爭過後，朝廷大臣們做事都很小心謹慎，害怕與“朋黨”扯上關係。
皇祐二年（1050），任職知諫院的包拯就果斷上疏《論大臣形跡事》，尖銳地批評了這種風氣，並向仁宗皇帝舉了唐太宗與魏征、唐高宗與李安時期的所謂“朋黨”之爭，說明敢為之人常常因損害奸臣的利益而被汙為“朋黨”，而作為皇帝則要善於辨明，“知人用人”。
包拯的觀點其實與改革派當時自辯提出的《朋黨論》《近名論》等觀點是相近的，然而改革派提出的“君子以同道為朋”，是所謂的“君子之黨”，包拯則指出君子之間的相互稱譽提攜，是不能被稱為“朋黨”的。這種提法自然避免了保守派的“朋黨”指責，使朝臣們敢於做事，勇於改革。
之後，包拯還向仁宗皇帝交了一篇著名的奏章《七事》，向仁宗皇帝進奏要區別奸忠、不信朋黨、信用賢能、治奸妄之人、用人不疑、訪才用賢、起用貶逐之臣。而這些觀點赫然與“慶曆新政”如出一轍。
朝廷大臣們這下終於明白了：包拯，就是個實話實說、隻為公道、不涉黨爭的官場異類。