可是，剛剛出道的袁世凱這時並不知道，他因為急功揚名已經動了別人不能動的奶酪。權力是官員們的尊嚴，是官員們的生命。袁世凱一不小心切了一塊別人的蛋糕，侵犯了營官統帶們的敏感地帶。這些人銷假回營後，一時不好找袁世凱討回這筆賬，但他們卻在等待問罪的機會，這為以後他們在吳長慶麵前詆毀袁世凱埋下了禍根。
袁世凱在進軍朝鮮的過程中，突出地表現出了他的治軍才華。
當時，慶軍和其他淮軍一樣，在鎮壓撚軍之後，久習安逸，暮氣沉沉，軍紀敗壞。當奉命東征之日，官兵有借口請假者、開小差者，思想紊亂，行動拖拉。吳長慶對此甚為擔憂。當慶軍於8月22日晚集結於朝鮮的南陽港時，朝鮮國王派來的向導亦已到達。吳長慶命令一營為先鋒，立刻登陸。該營統帶竟借口士兵連日勞累、暈船，要延緩登陸，拖延不發。吳長慶大怒，立即將該營統帶撤職，根據張謇的推薦，任命袁世凱代統該營，以期在袁世凱的統領下迅速登陸，並給予令箭，如有不服從命令者，即行正法不貸。袁世凱對此十分興奮。他接受命令後，慷慨激昂，雷厲風行，與丁汝昌身先士卒，按時登了陸。他“赤足履沙石行裏許，迨登岸，兩足皆破裂”，丁汝昌笑著說：“紈絝少年亦能若是耶？”從此對袁另眼相看。
慶軍登陸後，弁兵紀律鬆散。他們散布民間，奸淫擄掠，使得民心惶惶。麵對此種形狀，袁世凱向吳長慶建議：“王師戡亂，紀律若斯，遺笑藩封，玷辱國體”，力主從嚴懲處，並且毛遂自薦，請準其負責維持整飭軍紀之任，得到吳長慶的同意，並許以便宜行事之權。
袁世凱宣布：凡各營官兵擅入民宅騷擾者斬無赦。他組織整飭行動隊，親自率領日夜巡查，把違法者7人立即正法，撤辦了管束士兵不嚴的官弁數人。經過他短期的整飭，軍紀大有好轉，將士懾服，秋毫不敢有犯，慶軍聲威重振。這樣的結果，連吳長慶也未想到，他忍不住連連誇獎他這位世侄說：“好孩子，好孩子！你真不愧為將門之後。”
慶軍的任務是平息兵變，而兵變的實際“首禍”是大院君李昰應，必須懲辦他方能了事。張樹聲根據馬建忠和吳長慶、丁汝昌等人的建議，決定采取速執李昰應，使國王“複權定亂”的方針，由吳長慶具體執行。8月25日，慶軍進駐漢城近郊。吳長慶根據金允植的建議，對於大院君“先以好言誘之，然後圖之”的辦法。經過周密的安排，26日，吳長慶、丁汝昌和馬建忠聯袂晉謁大院君，“以好言誘之”。大院君不知其中計謀，次日，前來慶軍駐地進行答拜。吳長慶事先命令袁世凱密為部署。及李昰應來營答拜，護從甚盛。袁世凱阻其護兵於門外，引導李昰應單獨入內，與吳長慶筆談。李昰應寒暄畢，覺有異。用筆交談道：“將軍將做雲夢之遊耶！長慶猶豫不忍發。世凱握刀在側曰：‘事已露，遲則生變’，即命人挾昰應入肩輿”，由丁汝昌挾持經馬山浦登輪秘密押解到天津。清政府將他幽禁保定。
入朝之前，袁世凱隻是一個普通的幕佐，但在鎮壓朝鮮兵變中，他迅速脫穎而出，鋒芒畢露，大顯身手，得到了中、朝人士的讚揚。由於他的傑出表現，吳長慶在向李鴻章彙報時，特意為袁世凱請獎。吳長慶說：袁世凱“治軍嚴肅，調度有方，爭先攻剿，尤為奮勇”。李鴻章據以入奏朝廷，稱他“治軍嚴肅，剿撫應機”，奉旨以同知分省任用，並賞戴花翎。這是李鴻章賞識提拔袁世凱的開始，也是袁世凱的聲名進入政界高層圈內的開始。
鑒於袁世凱日益顯露出來的治軍才華，朝鮮王室請他代為編練新軍。
壬午兵變平息以後，朝鮮政府感到禁軍“不可用”，決定編練一支新軍。1882年10月，朝王李熙派遣陳奏使趙寧夏來到天津麵見李鴻章，一麵感謝清政府幫助他們平息兵變，一麵請求辦理善後事宜，其中包括“整軍製”編練新軍一項。清政府同意這個請求，李鴻章令吳長慶負責辦理。吳長慶在朝鮮王室的要求下命令袁世凱負責編練朝鮮新軍。
大院君執政時代，采取朝鮮古代軍製，李熙親政後，希圖改用近代武器裝備，摒棄古代軍製。日本乃乘機而入，多方慫恿，贈以山炮、汽艇，派遣教官，教授日式操典，培訓軍官和士兵，為之編練了一支名叫“別支軍”的部隊，企圖通過這些步驟，逐步控製朝鮮軍隊，因而引發了壬午之變，而袁世凱應邀代為編練朝軍，明顯含有抵製日本之意。