二十四年（1898），清廷再次調董福祥甘軍移防近畿，成為鎮壓戊戌維新運動的幫凶之一。戊戌政變之後，西太後複出“訓政”，由太後心腹大學士、直隸總督兼北洋大臣榮祿領導組建武衛新軍，用以支掌清王朝將傾的大廈。武衛新軍共編五軍：甘軍列為武衛後軍，董福祥任統領，駐防薊州，兼顧通州，拱衛京師。張俊任武衛全軍翼長。可見此時甘軍的地位不僅已是朝廷直屬的精銳之師，“心腹勁旅”，被“太後倚若長城”而且董福祥、張俊等高級將領已成為控製國家武裝力量的關鍵人物了。董福祥個人享受的榮譽已達到無以複加的地步，他享有在“紫禁城內騎馬”和“穿貂嗉褂”的特權和殊榮。他已鑽進了後黨核心圈內，成為中國近代史上最顯赫的人物之一。
二十六年（1900），在中國處於被列國瓜分、民族危亡的關頭，爆發了以農民為主體的義和團反帝愛國革命運動。這位不懂政治的一介武夫，隻知看“老佛爺”的眼色辦法，曾與義和團相配合，在廊房共同阻擊西摩爾帶領的八國聯軍，此戰“為庚子之役第一惡戰”；甘軍還大膽地殺死日本大使館書記官杉山彬；更有甚者，竟與團民結為“兄弟”，合作圍攻東交民巷的外國大使館。但是，八國聯軍終於打敗了中國的軍隊，於8月13日攻至北京城下。在這種非常時刻，京城內外神機、虎神和各地勤王之師“約六七萬人，皆已散滅無蹤”，唯董福祥率甘軍和部分義和團舍命與外國侵略軍頑強血戰。“在北京失陷前的一分鍾，董福祥的甘軍還在東直門、朝陽門一帶與聯軍肉搏，”直到京城完全失守後，甘軍才從彰義門撤出北京。接著董福祥充當隨扈大臣，率領甘軍並節製滿、漢各軍，保護光緒皇帝和茲禧太後“西狩”直至西安。“兩宮”於10月26日抵達西安，此時陪都防守和行宮的禁衛任務完全由董福祥的甘軍負責。與此同時，慶親王奕匡和新任直隸總督兼北洋大臣李鴻章同為全權大臣，正在北京和侵略軍進行議和談判，而董福祥則成為中外爭論的交點人物和談判中最棘手的問題：德國帶頭照會各國，主張先懲凶，後議和。洋人們認為“董福祥最為首要”，並被視為“禍首”，必須嚴加懲辦。清廷沒有辦法，將董革職。二十九年（1903），董福祥歸養於靈州金積堡“董府”。張俊先他於光緒二十六年（1900年）病逝，諡“壯勤”。光緒三十四正月初九，董福祥病逝於金積堡府邸，享年七十歲。清廷對這位威震中外的一品大員，並未將其事跡宣付國史館，也未按清律規格厚葬這位勳臣。9 月，歸葬於固原州南鄉十裏墩官山。同年，鄉人為其建立“董少保故裏碑”，立於南鄉官道供路人景仰。李雙良閑散安度晚年，直至中華民國十一年（1922 年），終老於家中，享年82歲。