同治十年（1871）12 月至光緒元年（1875）1 月，董福祥繼續追隨老湘軍，在劉錦棠的指揮下，先後參加對河州（今甘肅臨夏回族自治州）、西寧、肅州（今甘肅酒泉）等地撒拉、回族穆斯林群眾反清運動大力征剿，又積功先“以遊擊留於陝西盡先補用並賞給二品頂戴、二品封典花翎”。同時，“張俊並賞花翎，賞給果勇巴圖魯名號。李雙良以遊擊留陝西盡先補用，並賞參將銜。雙良賞戴花翎。”不久，董又被“擢升為參將”、“薦保提督”，其“董字三營”已擴軍為馬步九營，成為一支戰鬥力極強的勁旅。
光緒二年（1875），為了斬斷英、俄帝國主義勢力和阿古柏侵略者伸向新疆的魔爪，清廷任命左宗棠為欽差大臣、督辦新疆軍務，指揮大軍西征。劉錦棠統領老湘軍馬步二十四營為西征大軍主力，“董字三營”充當老湘軍的先鋒部隊。此時董福祥和張俊、李雙良都已被提升為副將，他們各率所部，行進在西征大軍的最前列。新疆北路光複後，董福祥“賞記名總兵，並授阿爾杭阿巴圖魯名號。副統領張俊，亦賞記名總兵和正二品封典。”因左宗棠奏請，又加董福祥提督銜，並賞穿黃馬褂。
三年（1877）春，清軍開展征服南疆的軍事行動，左宗棠命劉錦棠一部攻打南疆鎖鑰達板城，張曜、徐占彪兩部合攻吐魯番，然後三路會合奪取托克遜。當時，董福祥部副手、總兵張俊已著手另行組建“定遠三營”。董、張二部仍歸劉錦棠統一指揮，繼續擔當先鋒隊的任務。四年（1878年）一月，正式宣告結束阿古柏在新疆長達十三年的反動統治，粉碎了英、俄帝國主義妄圖分裂我國領土的陰謀。董福祥在整個西征戰鬥中，“戰無堅陣，攻無完城，和闐之複，專軍攻取，厥功尤偉”，“由是董軍名震西域”。為此，清廷加封他雲騎尉世職。張俊亦賞穿黃馬褂，李雙良等部將都得到升賞。董福祥率部由和闐移駐喀什噶爾，總統南疆西四城（喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐）各軍。為保衛祖國主權和領土的完整做出了貢獻。董福祥、張俊、李雙良被賞頭品頂戴，李雙良賞加總兵官銜。董福祥從此在新疆渡過長達十六年的守衛國門的戍邊生涯。十年（1884 年），新疆建立行省，於南疆重防阿克蘇設立軍鎮，任命董福祥為首任鎮守總兵官。十六年（1890），升任喀什噶爾提督（原烏魯木齊提督移駐，實為新疆提督），統率全疆兵馬，成為西陲國門的最高軍事指揮官。董福祥終於登上了清廷武將大員的高階，並為造就一支西北武裝——甘軍，打下了基礎。張俊也以提督銜被任命為甘肅西寧鎮總兵官。李雙良辭職，回到寧夏靈武王洪堡（今靈武崇興）建府居住。
二十年（1894），清廷為慈禧太後大辦六旬慶典，光緒皇帝頒諭旨，欽點各省文武大員 41 人進京，作為全國軍地的代表參加賀壽大典活動，董福祥赫然榮列其中。在京時，董被賞加尚書銜，命他回甘肅省招幕舊部馬步十八大營，移駐通州（今北京通縣），擔任京津防務。就在這期間，甘肅爆發了“河湟事變”，西北回民大有再燃反清烈火之勢。由於中日甲午戰爭大局尚未全部了結，大量東調陝甘兵仍留駐內地，甘肅防務十分空虛，陝甘總督楊昌浚電奏朝廷：“請飭董福祥率全部星夜回甘”。清廷任命董以喀什噶爾提督身份督辦甘肅軍務。董福祥於二十一年（1895）9 月離京開赴甘肅，采用“以回製回”和“以撫為主，剿撫兼施”的策略，旬月之間河州地區反清運動就被迅速討平。為了穩定陝甘局勢，清廷改任董福祥為甘肅提督，由張俊接任新疆喀什噶爾提督。第二年3月，董福祥又用兩月時間，再次平定了青海，震撼西北的河湟事變，全部告平。因此，清廷加封他太子少保銜，並賞賜騎都尉世職。董福祥終於爬進了清朝統集團最高核心圈子的邊緣，逐漸成為“兩宮”信賴而權傾一時的朝廷重臣和柱石。