《書》又稱《尚書》，是中上古虞、夏、商、周四代曆史文獻的一部選集，今傳共五十九篇（包括“序”），其中僅有二十九篇被確認是先秦留下來的著作，稱《今文尚書》。班固在《漢書·藝文誌》中說：“《書》之所起遠矣，至孔子纂焉。”在孔子之前，已有《夏書》、《商書》、《周書》，它們是與政治直接有關的古代文獻，孔子把這些零散的古文獻篇章資料，編成一本比較係統的書，並用之於教學。
（2）定《禮》、《樂》。
禮，本是人們日常生活中的一些風俗習慣，至殷代才逐步完善，主要作為祭祀儀式。到了西周初年，據說是周公在殷禮的基礎上，又根據本民族的風俗習慣進行了改造，成為周禮（即“周公之禮”、“古周禮”）。周禮已不單純是祭祀儀式，而是從宗教領域擴展到了政治領域。到了孔子時，周禮的一些內容已經失散了。孔子自幼尚禮，後來又到處參觀訪問、搜集資料，對禮進行了廣泛深入的研究，並把禮作為教學的重要內容，從而把周禮推到了一個更高的階段。孔子的禮，主要有三種含義：一是作為曆史發展標誌的禮，這與現存的《禮記》有關；二是作為治國之禮，這與現存的《周禮》有關；三是作為行為規範的禮，這與現存的《儀禮》有關。那麼《禮記》、《周禮》、《儀禮》是否都經孔子刪定過？據目前的資料仍不足以認定，最多也隻可以認為，孔子對《儀禮》進行過整理。
樂，在古代是與詩緊密結合的，有詩必有樂。孔子有相當高的文藝修養，他會彈琴、擊磐，善於唱歌，而且是一位音樂理論家。他精通樂理，對音樂的形式和內容都進行過深入地研究。特別是他認為，音樂在教育上，在個人品德修養上都有巨大的作用，是達到仁的最高境界的必由之路。他說：“詩有助於振奮精神，禮有助於立身處世，樂有助於完美情操。”孔子晚年回魯國後，對原有的樂整理、加工為《樂經》，並把《樂經》作為“六藝”的教材之一。孔子自己說：“吾自衛反魯，然後樂正，《雅》、《頌》各得其所。”可惜的是，經孔子刪定、整理過的《樂經》已經亡佚。
（3）序《易傳》、修《春秋》。
《易》是講事物變化的書。在古代，人們受當時科學技術狀況的限製，對於事物的變化捉摸不定。人們為了趨吉避凶，便依靠神靈，根據神的啟示來判斷吉凶，決定行止。而傳達神靈啟示的手段便是占卜。在孔子以前，記錄所謂占卜經驗方麵的書有三種：《連山》、《歸藏》和《周易》。到孔子時，其他兩本亡佚，而隻剩下《周易》了。根據傳統的說法是：孔子作十翼。所謂“十翼”，從現存的《周易》而言，它是由六十四卦構成，每卦有六爻，共三百八十四爻，每卦和每爻又都有經文。對經文的解釋、說明、發揮叫做傳文，統稱《易傳》。《易傳》共有七種十篇，即：象（兩篇）、《彖》（兩篇）、《係辭》（兩篇）、《文言》、《說卦》、《序卦》、《雜卦》，合稱“十翼”。孔子晚年對《周易》進行鑽研，並且進行過講授。為講授方便，孔子便對《周易》進行了整理，加入了自己的一些體會和說明。正如《史記·孔子世家》中所說的：孔子晚而喜《易》、序《彖》、《係》、《象》、《說卦》、《文言》。讀《易》，韋編三絕。曰：“假我數年，若是，我於《易》則彬彬矣。”