孔子既努力輔佐魯哀公，同時也力圖對季氏的權力加以限製。孔子對於魯國君權旁落、季氏專政是一直看不慣的。在《論語》裏，他直接對季康子進行教訓、敲擊、譏諷的就有十四則。孔子有時也在魯君麵前責備季氏。一次，孔子對魯哀公說：“現在全國都聽季氏的話，國內沒有人敢議論是非，所以魯國越來越糟糕。”
有一天，季康子問孔子，說盜賊多怎麼辦？孔子幹脆回答：“那是因為你自己貪得無厭，否則就是賞給人家，人家也不稀罕！”
季康子又想以多殺人的政策來安定社會秩序，孔子說：“你執政，難道還要殺人麼？你堅決往好處做，人民就可安居樂業。上邊的人好比風，下邊的人好比草，風吹在草上，草會順風倒的。”
公元前481年（魯哀公十四年），齊國相田常殺死了國君齊簡公。這在孔子看來，以臣弑君是大逆不道。他認為，自己現在雖未在魯任職，但過去曾為魯國大夫，對這種大事須表明態度。於是他拜見魯哀公，要求出兵伐齊。魯哀公說，齊強魯弱，我們還是不出兵為好。孔子說，田常弑君，有一半齊民反對他，以魯國之眾加上齊的一半國人，是可以取勝的。魯哀公讓孔子去找執政的季氏，同樣沒有結果。
季康子在對內對外問題上的政見，與孔子是不同的。孔子麵對這種局麵，便決定不再直接過問政治了。
有人看出孔子不像往日那樣積極從事政治活動了，就問他；“你為什麼不從政呢？”孔子說：“隻要能發生政治影響，這也就是政治嗬。難道一定要做官才算從政嗎？”基於這種認識，孔子把晚年的全部精力用在了整理古代文獻和教育事業上。
（二）整理文獻
我國是一個曆史悠久的偉大的文明古國，從夏代至春秋時期的一兩千年中，文物典籍甚多。但由於後來戰亂頻繁，這些珍貴典籍有的失落，有的已殘缺不全，有的散落在民間，還有的為大貴族所控製，不能流傳。整理中國古代文化典籍，便是孔子終生的願望。
孔子從青少年時代到訪問列國期間，都注意了考察、搜集古代曆史文化的傳說、實物和有關文獻，所掌管的情況涉及古代的社會、政治、經濟、軍事、外交、文化教育以及人類的生產、生活方式、處世方法等許多方麵。具體說，有從堯舜到春秋中期的情況、統治階級的官書、廟堂文獻、禮儀設施，民間和統治階級的詩歌、音樂，貴族占卜的工具、書簡等等。孔子對他所掌握的大量的資料，進行了鑒別、分類、分析、綜合，終於整理出了《詩》、《書》、《禮》、《樂》、《易》、《春秋》（即《六經》）六本定型的教材。第一次係統清理了中國古代文化典籍，成為中華民族古代文化承上啟下的集大成者。
孔子整理《六經》，首先是以“仁”的思想作為總的原則，即把以“仁”為核心，以“禮”為形式的原則思想體現在文獻中，企圖通過傳播典籍的形式傳道施教。在孔子整理的《六經》中，處處貫串著“仁”的內容，如“寬以居之，仁以行之”，“仁者見之謂之仁”，“仁者安仁”，“仁者，義之本也”。其次，孔子修詩書，盡量擺脫宗教巫術的束縛，刪掉原來那些神怪荒誕的內容，使之成為培養人、完善人、修己達人的義理之書，以教導人們不靠天命鬼神，要按“大道”（規律）辦事。再者，孔子自認為是堅持了“述而不作”的原則，即主要是闡述而不創造。在這種原則的指導下，他所整理的典籍，在很大程度上保留了原有文獻的內容及風格。實際上，並非“述而不作”，而是寓作於述之中，是綜舊典而開新風。孔子大大發展了古代帝王們的觀點，他突出地表現了原文獻中關於“仁”、“義”、“中庸”的觀念，力求以古人語言來體現自己的思想，借曆史來申述自己的政見。另外，孔子整理古代文獻所持的態度是“信而好古”（把曆史的真實性和自己對古代文化的熱忱結合起來），“蓋有不知而作之者”，“我無是也”（我不是那種不調查、不掌握材料、沒有把情況徹底搞清楚就作的人），“多見而識之”，“多聞擇其善者而從之”（通過多方麵的實地觀看而求得知識，並多找有關的人詢問，聽聽人們是怎麼說的，然後選擇那些言之有理的，堅持那些有根據的說法）。
孔子就是以上述原則整理曆史文獻的。
（1）編《詩》、《書》。
《詩》在孔子之前就已經出現了。詩原本是人們的口頭文學，出現文字後便被記錄了下來，有的還配上音樂、舞蹈以娛樂。到了周代，統治者為了豐富自己的精神生活，任命了專管宮廷舞樂的太師，組織了專門的舞樂隊。這些專門人員的出現，也推動了歌辭不斷被完善、被淘汰，或者被創新。歌辭集而成冊，即是《詩》。《詩》不僅在文化上有很高的價值，而且也反映貴族的思想、政治、生活狀況，表現地方風土人情，反映民眾的生產勞動和情緒，甚至成為政治、外交上酬答的辭令，和表示個人情感的婉語。但由於各諸侯國口語不同和戰事頻繁，在傳授、抄錄中有不少錯訛，有些甚至零落不全。這不僅影響教學，而且不利於對古代文化的正確繼承。有心的孔子隨時留意搜集各種抄本、殘篇，所收集的總數大概就是司馬遷所說的“三千餘篇”。孔子對這些詩篇進行了精心的校勘核對，刪掉了重複的篇章，並按樂曲的正確音調進行了篇章上的調整，最後“正而存三百篇（實指305篇）”。孔子重視詩教，把《詩》列為“六繪”之一的教學課本。經孔子提倡，《詩》才成為《六經》之一而留傳下來，並被公認為我國古典文學發展史上一部劃時代的著作。