從此，董仲舒“令後學者有所統一”，他在學術界、思想界“為群儒首”的地位得到進一步確定。但他離開朝廷，自然不能充分施展抱負以更好地經世致用，隻能在江都一隅，用他的天人感應論治國。建元六年（公元前135年），二月遼東（治襄平，今遼寧遼陽市）高廟、四月長陵高園便殿，相繼遭到火災。當時他正家居。他是個書呆子，聞悉這場火災，沒有考慮政治後果，就用災異說推論陰陽，解釋這二次火災，寫成《災異記》。稿子還沒有來得及上奏，就被主父偃探聽到偷去送呈武帝。武帝於是召集諸儒，命他們審議。董仲舒的弟子呂步舒也在其中，他不知是老師所作，批評這稿子全是胡說。於是武帝就把董仲舒投入監獄，定成死罪。後來赦免了他。董仲舒從此再也不敢講災異，除了一度複出為膠西相，一直家居修學著書，直到壽終。
建元詔舉賢良方正，是漢代統治階級對政治指導思想新的尋求，也是各家學派爭奪官方學術、國家統治思想的地位的競爭。在這場競爭中，儒家取得了勝利。在專製政權下，理論必須要經過欽定，才能充分顯示並實現它的現實性。經武帝的欽定，原始的孔孟儒學和漢儒的今文學，正式從私家性質的子學上升為官方學術。這表明經過數十百年的經驗和摸索，封建統治階級終於選擇和確定以儒學為政治上的主導思想（還以道法為輔導）。儒家作為二千年中國封建社會主流思想的地位，從此便確立了下來。
至於董仲舒先放外任後又失寵，還差點丟命，決不可能事出無因。它反映和說明董仲舒的譴告鋒芒最終還是有損皇權的至高無上性、不可分割性與絕對性，董仲舒用“天意”給皇權賦以神聖性，又用“天意”損害它的神聖性；也說明皇權真正需要的是神聖的光圈，而並非緊箍咒，暗示了武帝真正欣賞的是《天人三策》中的王權“天”授。
除董仲舒外，策論精辟被武帝所賞識的還有會稽儒生嚴助。武帝見他精明幹練，提升為中大夫，留於朝廷侍從左右；川人公孫弘，時年已60歲，精於春秋公羊學說，也被征為博士。
武帝以為董仲舒的對策有道理。丞相衛綰心領了武帝的意圖，就奏言：所舉賢良中，有治申不害、商鞅、韓非、蘇秦、張儀的學術來擾亂國政的，統統罷黜不用。漢武帝批準了衛綰這個意見。
必須指出，衛綰舉出的罷黜對象，實際隻有法家（申不害、商鞅、韓非）和縱橫家（蘇秦、張儀）兩家，可以說，這正是董仲舒要罷黜的百家的主要對象。但事實上，董仲舒的主張是衛綰奏言的根據，二者的基本精神是一致的。董仲舒之反對法家，是為了禁止嚴刑苛法，代之以他所推明的孔孟的德治。他之所以反對縱橫家，是為了求社會和政治上的穩定。
但漢初，黃老思想占統治地位，在特定的曆史條件下，統治者的“無為”，使農民有了一個休養生息的條件，社會比較安定，生產恢複，漢王朝的封建統治得到了鞏固。可是到了文、景時期，王國勢力淩駕朝廷，商人豪強日甚一日地兼並農民，匈奴對漢無止盡地謾侮侵掠。所以說，黃老學說所提倡的“無為而治”已日漸不適合經濟、政治發展的需要。
竇太皇太後從立為皇後開始至今已有四十一個年頭。她是漢武帝的祖母，經曆了三個朝代，在宮中的地位是至高無上的。她是漢初七十餘年黃老無為而治政策的直接受益者，同時也是漢武帝時期黃老思想的首席代表。漢武帝“罷黜百家，獨尊儒術”，表明著漢代七十餘年來一直占統治地位的黃老思想被徹底逐出曆史舞台。這是竇太皇太後無法忍受的改革。
漢朝依仗“文景之治”強盛起來，而黃老無為思想的忠實信徒，眼看儒生奪去他們在朝廷中的地位，心裏如刀割一樣。他們聚到竇太皇太後麵前，怨聲四起。竇太皇太後時常幹預政治，每聞景帝要任用儒生，便從中阻撓，所以景帝在位十六年，始終不敢重用儒生。
竇太皇太後以病老為名於建元元年（公元前140年）六月，將衛綰罷相。實際上是給武帝一個警告。這是第一次儒老之爭，較量的結果是竇太皇太後阻礙了儒家在建元對策後的發展勢頭。
接著，武帝繼用儒者竇嬰、田蟲分、趙綰、王臧等為公卿。禦史大夫趙綰既用事，就發起立明堂的議論。武帝被鼓吹得興致很高，請這班儒者在長安城南立明堂以朝諸侯，草巡狩、封禪、改曆、服色事。他們又推薦老師申公來作指導。申公時年已八十餘，武帝對他非常尊重，秋天派使者束帛加璧，安車駟馬去迎接申公進京。武帝召見申公，問他天下治亂之事，豈料這位《魯詩》專家竟說出有黃老氣味的話來：“治理天下的人毋須多言，隻要身體力行去幹就行了。”這真有點大煞風景。武帝雖然討個沒趣，倒仍未失漢初尊賢之風，還是任命申公為中大夫，顧問明堂、巡狩、改曆、服色事。但是這時竇太後尚在，所以諸事均受到牽製，這樣，儒家也被惹惱。竇嬰、田蟲分、趙綰、王臧這個儒家集團借故檢舉諸竇宗室，除他們的宗籍。結果擴大了打擊麵，造成諸竇宗室上下不滿，每天到竇太後麵前詆毀綰、臧等人。這是武帝登位後儒家與黃老的第二次較量。