馬化騰對於下屬的“短視”也無可奈何。
2006年，跟Google合作搜索引擎的騰訊，除了派兩位CTO去Google公司學習他們的一些管理模式之外，馬化騰自己也曾去Google公司參觀。馬化騰在接受《21世紀商業評論》采訪時說道：
很佩服Google在研發方麵的建設和創新，美國其他公司也沒有做得這麼極致，它在管理，特別是研發管理方麵的扁平化，更接近精英文化，而且是靠個人的管理實現的，這種類似大學、實驗室似的管理思路，對創新很有好處。
在中國憑空照搬Google的研發機製不太現實，大家都在這麼多有競爭性的業務裏麵搏殺，不可能有這麼理想的研發環境。而且要普遍實現這種精英文化的管理，人的素質也很難跟得上。其實，不止是你們看到的業務，另外一些前瞻性的業務，比如P2P流媒體，我們也在做，還有很多其他領域我們也很感興趣，隻要用戶有需求的，技術能夠實現的，我們都很願意投入技術去嚐試。
我們創始人管理團隊，因為都是技術型的，是把技術研發當理想看的，所以都對創新中心這樣的事感到很興奮。
就在這一年的7月，一個名為創新中心的機構誕生了，這是騰訊公司有史以來第一次由一個專門的部門去負責創新業務。創新中心是由騰訊深圳研發中心分離出來的，其最高管理團隊被稱為管理委員會，由包括CTO、創新中心主任在內的5人組成。“騰訊創新中心”的正式成立，標誌著騰訊已經建立了一整套能夠自我更新、自我發展的創新機製。在之前的一個月，騰訊用戶研究與體驗設計中心（以下簡稱設計中心CDC）也成立了。自成立之初，設計中心就被要求具備更多的職能：用戶研究+體驗設計。
創新中心的職責，是搜集整理公司各個業務部門以及外部用戶提供的創意，經過篩選後在公司內部的創新平台上提出，經由員工投票之後，再由管理委員會從中選擇可行的項目，最後讓員工評價。項目在進入創新中心後，會由一個創意演變成一個可行的產品，直到成熟可供商用後，這個項目就會整體轉移到其他一線的業務平台。
至此，騰訊已經形成一套粗具規模的研發體係，研發預算也隨之水漲船高。2006年，騰訊的研發費用達到2.97億元人民幣，超過公司營收的10%，比2005年的1.63億元增加了82%。來自微軟、Google，Yahoo、eBay，以及國內一些優秀公司的研發人員被充實到騰訊的各個研發崗位上。
騰訊創新中心，是整個公司裏一個特殊的部門。從邁入辦公室的那一刻起，首先就給人一種不一樣的感覺。一位實習生說，來到這裏仿佛進入了“一座童話般的QQ城堡”。橙色，在這裏受到推崇。創新中心的使命是跟蹤互聯網的發展隨時推出新產品，這些產品不一定能為公司帶來收入的增長，但是它應該具有一定的技術價值或產品價值。
成立騰訊研究院
2007年10月，騰訊宣布經過了一年多的籌備，投資過億元的騰訊研究院正式掛牌成立。目前微軟、Google等國際互聯網企業，聯想等國內IT行業的龍頭企業都已建立了自己的研究院，騰訊研究院則是第一家由國內互聯網企業自主建立的研究院機構。
騰訊研究院數據顯示，截至2008年10月，騰訊申請專利數已達到1897項，其中獲得的專利授權總數已達到154項。騰訊已經建立起完善的創新機製和專利管理流程，尤其是投資過億組建的騰訊研究院將幫助騰訊強化技術優勢，並在未來三到五年內形成與國際企業抗衡的能力。