後來嚴嵩逐漸失寵勢倒，其子被處斬，府邸被封，財產被查抄，《清明上河圖》第三次被收入皇宮。
明隆慶年間，因皇宮失火，《清明上河圖》被成國公朱希忠得到，後輾轉易主，以後又被一內臣竊得，藏於禦溝石縫之內。畫藏禦溝之時，恰逢天降暴雨，溝內水漲，淹及石縫，待到雨停水退，畫已被浸泡得不成樣子，這幅名畫就這樣受損失傳了。
不過這時在民間還流傳有另一幅張擇端的《清明上河圖》真跡。那是北宋滅亡，張擇端南渡以後，因思念故園，又重新繪製的一幅《清明上河圖》。到了清朝乾隆年間，這幅《清明上河圖》真跡被湖廣總督畢沅買到。後畢沅因獲罪被處死，家產被抄沒入宮，這幅《清明上河圖》被收入皇宮。
至今在故宮博物館收藏
辛亥革命後，清朝最後一位皇帝溥儀被逐出紫禁城，溥儀離開皇宮時帶出的大批文物珍寶中就有《清明上河圖》真跡。
溥儀在偽滿州國當了“執政”之後，又將此畫帶到長春，存在偽皇宮東院圖書樓中。1945年日本投降後，此畫流落民間。1946年長春解放，解放軍的一位幹部通過地方幹部收集到了這幅《清明上河圖》真跡。現這幅張擇端南渡後重新繪製的真跡收藏在北京故宮博物館。
以假亂真的贗品
由於《清明上河圖》是一幅傳世名畫，曆代名畫家競相臨摹，出現了不少摹本，其中不乏有臨摹水平較高的，贗品達到了亂真的程度，很難辨別其真偽。
關於《清明上河圖》的真偽，自明清以來就有傳聞。清代的兩本小冊子《識小錄》和《消夏閑記》，都提到一位叫湯勤的裱褙匠識破《清明上河圖》贗品的故事。《識小錄》寫湯勤裝裱一幅《清明上河圖》時，發現圖中有四個人在擲骰子，其中兩顆骰子是六點，還有一顆在旋轉，這個擲骰子的人張著嘴叫“六”狀，希望也出現一個六點。湯勤認為，開封人呼“六”字是用撮口音，而畫中人都是張著嘴叫“六”字，這是福建人的口音形狀，他由此懷疑這圖是偽作。《消夏閑記》中記載，湯勤在裝裱該畫時，發現畫中有隻小麻雀的兩隻小腳爪是踏在兩片瓦角上的，他認為原作者絕不會出現這種現象，這肯定是臨摹者的敗筆。但湯勤這個人，名不見經傳，所以也有人懷疑這些說法是否真有道理。其實，真偽與否隻是收藏者一種慰藉，無論是真品，還是贗品，後人都能從中領略到當時汴梁京都的繁榮和整個宋朝時期社會的繁榮景象。