邇者嚴嵩罷相，世蕃極刑，一時差快人意。然嵩罷之後，猶嵩未相之前而已，世非甚清明也，不及漢文帝遠甚。蓋天下之人不直陛下久矣。古者人君有過，賴臣工匡弼。今乃修齋建醮，相率進香，仙桃天藥，同辭表賀。建宮築室，則將作竭力經營；購香市寶，則度支差求四出。陛下誤舉之，而諸臣誤順之，無一人肯為陛下正言者，諛之甚也。然愧心餒氣，退有後言，欺君之罪何如！
夫天下者，陛下之家，人未有不顧其家者，內外臣工皆所以奠陛下之家而磐石之者也。一意修真，是陛下之心惑。過於苛斷，是陛下之情偏。而謂陛下不顧其家，人情乎？諸臣徇私廢公，得一官多以欺敗，多以不事事敗，實有不足當陛下意者。其不然者，君心臣心偶不相值也，而遂謂陛下厭薄臣工，是以拒諫。執一二之不當，疑千百之皆然，陷陛下於過舉，而恬不知怪，諸臣之罪大矣。《記》曰“上人疑則百姓惑，下難知則君長勞”，此之謂也。
且陛下之誤多矣，其大端在於齋醮。齋醮所以求長生也。自古聖賢垂訓，修身立命曰“順受其正”矣，未聞有所謂長生之說。堯、舜、禹、湯、文、武，聖之盛也，未能久世，下之亦未見方外士自漢、唐、宋至今存者。陛下受術於陶仲文，以師稱之。仲文則既死矣，彼不長生，而陛下何獨求之？至於仙桃天藥，怪妄尤甚。昔宋真宗得天書於乾祐山，孫奭曰：“天何言哉？豈有書也！”桃必采而後得，藥必製而後成。今無故獲此二物，是有足而行耶？曰天賜者，有手執而付之耶？此左右奸人，造為妄誕以欺陛下，而陛下誤信之，以為實然，過矣。
陛下將謂懸刑賞以督責臣下，則分理有人，天下無不可治，而修真為無害已乎？太甲曰：“有言逆於汝心，必求諸道；有言遜於汝誌，必求諸非道。”用人而必欲其唯言莫違，此陛下之計左也。既觀嚴嵩，有一不順陛下者乎？昔為同心，今為戮首矣。梁材守道守官，陛下以為逆者也，曆任有聲，官戶部者至今首稱之。然諸臣寧為嵩之順，不為材之逆，得非有以窺陛下之微，而潛為趨避乎？即陛下亦何利於是。
陛下誠知齋齋無益，一旦翻然悔悟，日禦正朝，與宰相、侍從、言官講求天下利害，洗數十年之積誤，置身於堯、舜、禹、湯、文、武之間，使諸臣亦得自洗數十年阿君之恥，置其身於皋、夔、伊、傅之列，天下何憂不治，萬事何憂不理。此在陛下一振作間而已。釋此不為，而切切於輕舉度世，敝精勞神，以求之於係風捕影、茫然不可知之域，臣見勞苦終身，而終於無所成也。今大臣持祿而好諛，小臣畏罪而結舌，臣不勝憤恨。是以冒死，願盡區區，惟陛下垂聽焉。
帝得疏，大怒，抵之地，顧左右曰：“趣執之，無使得遁！”宦官黃錦在側曰：“此人素有癡名。聞其上疏時，自知觸忤當死，市一棺，訣妻子，待罪於朝，僮仆亦奔散無留者，是不遁也。”帝默然。少頃複取讀之，日再三，為感動太息，留中者數月。嚐曰：“此人可方比幹，第朕非紂耳。”會帝有疾，煩懣不樂，召閣臣徐階議內禪，因曰：“海瑞言俱是。朕今病久，安能視事。”又曰：“朕不自謹惜，致此疾困。使朕能出禦便殿，豈受此人詬詈耶？”遂逮瑞下詔獄，究主使者。尋移刑部，論死。獄上，仍留中。戶部司務何以尚者，揣帝無殺瑞意，疏請釋之。帝怒，命錦衣衛杖之百，錮詔獄，晝夜搒訊。越二月，帝崩，穆宗立，兩人並獲釋。
帝初崩，外庭多未知。提牢主事聞狀，以瑞且見用，設酒饌款之。瑞自疑當赴西市，恣飲啖，不顧。主事因附耳語：“宮車適晏駕，先生今即出大用矣。”瑞曰：“信然乎？”即大慟，盡嘔出所飲食，隕絕於地，終夜哭不絕聲。既釋，複故官。俄改兵部。擢尚寶丞，調大理。
隆慶元年，徐階為禦史劉康所劾，瑞言：“階事先帝，無能救於神仙土木之誤，畏威保位，誠亦有之。然自執政以來，憂勤國事，休休有容，有足多者。康乃甘心鷹犬，捕噬善類，其罪又浮於高拱。”人韙其言。
曆兩京左、右通政。三年夏，以右僉都禦史巡撫應天十府。屬吏憚其威，墨者多自免去。有勢家硃丹其門，聞瑞至，黝之。中人監織造者，為減輿從。瑞銳意興革，請浚吳淞、白茆，通流入海，民賴其利。素疾大戶兼並，力摧豪強，撫窮弱。貧民田入於富室者，率奪還之。徐階罷相裏居，按問其家無少貸。下令飆發淩厲，所司惴惴奉行，豪有力者至竄他郡以避。而奸民多乘機告訐，故家大姓時有被誣負屈者。又裁節郵傳冗費。士大夫出其境率不得供頓，由是怨頗興。都給事中舒化論瑞，滯不達政體，宜以南京清秩處之，帝猶優詔獎瑞。已而給事中戴鳳翔劾瑞庇奸民，魚肉搢紳，沽名亂政，遂改督南京糧儲。瑞撫吳甫半歲。小民聞當去，號泣載道，家繪像祀之。將履新任，會高拱掌吏部，素銜瑞，並其職於南京戶部，瑞遂謝病歸。
萬曆初，張居正當國，亦不樂瑞，令巡按禦史廉察之。禦史至山中視，瑞設雞黍相對食，居舍蕭然，禦史歎息去。居正憚瑞峭直，中外交薦，卒不召。十二年冬，居正已卒，吏部擬用左通政。帝雅重瑞名，畀以前職。明年正月，召為南京右僉都禦史，道改南京吏部右侍郎，瑞年已七十二矣。疏言衰老垂死，願比古人屍諫之義，大略謂：“陛下勵精圖治，而治化不臻者，貪吏之刑輕也。諸臣莫能言其故，反借待士有禮之說，交口而文其非。夫待士有禮，而民則何辜哉？”因舉太祖法剝皮囊草及洪武三十年定律枉法八十貫論絞，謂今當用此懲貪。其他規切時政，語極剴切。獨勸帝虐刑，時議以為非。禦史梅鶤祚劾之。帝雖以瑞言為過，然察其忠誠，為奪鶤祚俸。
帝屢欲召用瑞，執政陰沮之，乃以為南京右都禦史。諸司素偷惰，瑞以身矯之。有禦史偶陳戲樂，欲遵太祖法予之杖。百司惴恐，多患苦之。提學禦史房寰恐見糾擿，欲先發，給事中鍾宇淳複慫恿，寰再上疏醜詆。瑞亦屢疏乞休，慰留不允。十五年，卒官。
瑞無子。卒時，僉都禦史王用汲入視，葛幃敝籝，有寒士所不堪者。因泣下，醵金為斂。小民罷市。喪出江上，白衣冠送者夾岸，酹而哭者百裏不絕。贈太子太保，諡忠介。
瑞生平為學，以剛為主，因自號剛峰，天下稱剛峰先生。嚐言：“欲天下治安，必行井田。不得已而限田，又不得已而均稅，尚可存古人遺意。”故自為縣以至巡撫，所至力行清丈，頒一條鞭法。意主於利民，而行事不能無偏雲。