後金汗還以召見、賞賚、賜宴等形式，撫慰科爾沁封建王公，萬曆四十三年（1615）九月，科爾沁貝勒明安第四子桑噶爾齋台吉到建州，送馬三十匹，叩頭謁見。努爾哈赤賜給甲十副，並厚賞緞、布。同年十月，明安貝勒長子伊格都齊台吉又至建州，送馬四十匹，叩頭謁見。努爾哈赤賜給甲十五副，並厚賞緞、布。
次年十二月，明安貝勒次子哈坦巴圖魯台吉帶馬匹至建州叩謁；又次年，明安貝勒第五子巴特瑪台吉帶僚友五十人，送馬五十匹，到建州叩謁。他們全部受到努爾哈赤的賞賜。萬曆四十五年，即天命二年（1617）正月，科爾沁明安貝勒到建州“朝貢”，努爾哈赤對其嶽翁，郊迎百裏，行馬上抱見禮，設野宴為其洗塵。
待其入城後，“每日小宴，越一日大宴”，留住一月。當明安返回時，他又送行三
十裏，騎兵列隊，夾道歡送，厚贈禮物，物別隆重。明安後隸滿洲正黃旗。其次子多爾濟為額駙，後授內大臣，預議政；幼子朗素後官至領侍衛內大臣；孫鄂齊爾後管鑾儀衛事，授領侍衛內大臣；長子昂洪，後授為領侍內大臣，封為三等男。
科爾沁部的布顏代貝勒，天命七年（1622）同明安率所屬歸後金，娶公主，為額駙，後隸滿洲鑲紅旗，以軍功晉任固山額真。布當亦隨明安投後金，後授二等參將世職，隸滿洲正藍旗，晉三等男。
天啟二年就是天命七年（1622）二月，明安帶領兀爾宰圖、鎖諾木等十六貝勒及喀爾喀等部台吉，“各率所屬軍民，三千餘戶，並驅其畜產”，歸附後金。此後別立“蒙古一旗”，奠定了爾後蒙古八旗的基礎。與此同時，由於蒙古科爾沁部歸附後金最早，博爾濟錦氏與愛新覺羅氏世為懿親。清太祖、太宗、世祖和聖祖先後有四後、十三妃出自科爾沁等部。蒙古科爾沁部博爾濟錦氏影響清初五朝四帝的政治，其中以皇太極孝莊文皇後博爾濟錦氏最為突出。
由清太祖努爾哈赤奠定的對蒙古科爾沁部的政策，後來得到了完全的成功。
所以，漠南蒙古科爾沁部成為後金的政治同盟以及軍事支柱，也成為清朝的聯袂懿親和軍政屏藩。努爾哈赤采用分化撫綏與武力征討兩手政策，在蒙古科爾沁部取得很大成功。
後金汗在與科爾沁部姻盟的同時，又與內喀爾喀部會盟。
漠南蒙古內喀爾喀部，就是五鄂拓克喀爾喀部，喀爾喀部為達延汗第五子阿爾楚博羅特之後，因其子虎喇哈赤有子五人，故稱喀爾喀五部。於是，喀爾喀分裂為五個鄂拓克，就是五部。它主要駐牧在西喇木倫河和老哈河一帶，東界海西女真葉赫部，西接察哈爾部，南近廣寧，北為科爾沁部。除喀爾喀部，其外有明朝、察哈爾和後金；其內五部之間，時而互相聯合，時而彼此傾軋，爭掠頻繁，內訌不休，因而大大削弱了自身。努爾哈赤利用其內外之困與彼此之間的矛盾，進行分化瓦解，逐步爭取，用來達到自己的目的。
內喀爾喀巴嶽特部達爾漢貝勒子恩格德爾，率先降順建州。先是，萬曆二十二年（1594），內喀爾喀部貝勒老薩同科爾沁貝勒明安最早遣使通聘努爾哈赤。
萬曆三十三年（1605），恩格德爾向努爾哈赤朝聘獻馬。萬曆三十四年十二月（1607年 1 月），恩格德爾又率喀爾喀五部之使，“進駝馬來謁，尊太祖為昆都侖汗（即華言恭敬之意），從此蒙古相往不絕”。努爾哈赤為進一步籠絡恩格德爾，萬曆四
十五年就是天命二年（1617），把舒爾哈齊第四女嫁給他做妻子，稱巴嶽特格格。
恩格德爾成為後金的“額駙”。他受到後金汗的特殊禮遇。天啟四年就是天命九年（1624）正旦，恩格德爾與巴嶽特格格來朝，努爾哈赤禦八角殿，其朝拜順序，《滿文老檔》載：“大貝勒先叩頭，第二恩格德爾額駙率眾蒙古貝勒叩頭，第三阿敏貝勒、第四莽古爾泰貝勒、第五四貝勒、第六阿濟格阿哥、第七多鐸阿哥、第八阿巴泰阿哥……恩格德爾朝覲後，要求亦公主留居建州。後金汗允其所請，並與之盟誓。”後金汗對恩格德爾台吉等，除聯姻、賜券、盟誓和宴賞外，還賜給莊田和奴仆，使他們成都為後金的封建主。
恩格德爾及其弟莽果爾代擔任總兵官，後隸滿洲正黃旗。恩格德爾子額爾克戴青，最初是任侍衛，順治時列議政大臣，管鑾儀衛，擢領侍衛內大臣，爵至一等公。
但是，內喀爾喀諸部對後金的政治態度並不完全相同。努爾哈赤對蒙古喀爾喀五個鄂拓克，既利用他們內部的矛盾，又利用他們同察哈爾及其同明朝的矛盾，區別對待，逐漸瓦解。後金瓦解內喀爾喀的一個重要方略是，對其逃入或歸附者宴迎、賞賚、安置、封官、結親。他們來到建州後，經濟生活、政治權力和社會地位，比以前都有明顯的提高。這就吸引更多的蒙古人逃歸或投附後金。《滿文老檔》中這類記載比比皆是。
努爾哈赤對歸、附的內喀爾喀台吉更為禮遇。天命六年（1621）十一月，內喀爾喀古爾布什和莽果爾台吉率所屬六百戶，驅逐牲畜投附後金。《清太祖高皇帝實錄》對這件事作了詳細記載：上禦殿，二台吉朝見畢，大宴之。各賜：貂裘三，猞猁猻裘二，虎裘二，貉裘二，狐裘一，貂鑲朝衣五，鑲獺裘二，鑲青鼠裘三，蟒衣九，蟒緞六，緞三十五，布五百，金以兩計者十，銀以兩計者五百，雕鞍一，沙魚皮鞍七，玲瓏撒袋一，撒袋兼弓矢者八，甲胄十，僮仆、牛馬、房舍、田畝及一切器具等物畢備。上以女妻台吉古爾布什，賜名青卓禮克圖。給以滿洲牛錄一，凡三百人，並蒙古牛錄一，授為總兵。又以族弟濟白裏杜濟獲女，妻台吉莽果爾，亦授為總兵。
上引文字說明，努爾哈赤不惜愛女、金銀、官爵、財物、房田和奴仆，以瓦解內喀爾喀部。
然而，內喀爾喀部有的貝勒在明朝與後金之間，對明朝既挾賞又靠攏，對後
金既恃強又仇視。內喀爾喀紮魯特部貝勒介賽，不理睬後金對內喀爾喀諸部初奏效驗的瓦解，繼續與後金抗衡。介賽為虎喇哈赤次子兀班之孫，駐牧於開原西北新安關外。在內喀爾喀五部中，介賽騎兵眾，牲畜多，是最為強盛的一支。
介賽自恃兵強馬壯，曾與明朝“三次立誓”，曾奪取後金汗已給聘禮的葉赫金台石貝勒之女，又襲擊建州村屯，囚係後金使臣。萬曆四十七年就是天命四年（1619）七月，後金汗統兵奪取鐵嶺時，介賽、巴克等領兵萬人，埋伏在城外高粱地裏，配合明軍同八旗軍作戰。努爾哈赤命眾貝勒大臣，率兵奮擊介賽軍，介賽兵大敗而學逃，八旗軍追至遼河。是役，擒獲介賽及其二個兒子、二個弟弟、三個女婿、諸貝勒、諸將二十餘人，兵二百人。後金獲大勝。但努爾哈赤沒有殺死介賽，而把他囚在城樓內，作為人質，以爭取同該部結盟。兩年後，喀爾喀部以牲畜萬頭贖介賽，並送其二子一女為質。後金汗與介賽盟誓，設宴賜賞，命諸貝勒送介賽至十裏之外，並以其所質之女與大貝勒代善為妻，結為姻盟。
通過對喀爾喀諸部的籠絡、瓦解、戰爭、結姻等，最終促使喀爾喀五部在政策上發生了重大變化：由聯合明朝抗禦後金，轉變為聯合後金對抗明朝。這集中地表現為後金與喀爾喀五部的會盟。天命四年（1619）十一月，努爾哈赤命大臣額克星格、綽護爾、雅希禪、庫爾纏以及希福五人，攜帶誓詞，與喀爾喀五部貝勒的使臣，會於岡幹色得裏黑孤樹處，對天刑白馬，對地宰黑牛，對天地盟誓後金與喀爾喀五部誓詞，色彩神秘，但它清楚地表示，努爾哈赤的策略是滿蒙聯合，共同抗明。他們戰和同步——“如征明，願合議而征；如講和，願合議而和”。
盡管後來這個聯盟有過反複，但所列內喀爾喀五部二十七位貝勒、台吉的長名單，確是努爾哈赤對漠南蒙古政策的一個勝利。然而，漠南蒙古的察哈爾部，卻仍聯合明朝抗禦後金。所以，後金汗對漠南蒙古的注意力轉向察哈爾部。
漠南蒙古的察哈爾部，就是插漢、察漢、擦汗兒、擦漢腦兒等。察哈爾為蒙古語“邊”的音譯；明嘉靖時達賚遜庫登汗，受俺答汗的逼迫，徙牧於遼東邊外，以地近邊而得部名。先是，元太祖成吉思汗的第十五世孫巴圖蒙克被推舉為大元可汗，就是達延汗。達延汗統一東部蒙古各部，迫使瓦剌西遷，以漠南、漠北地區為左右翼六萬戶分封子弟，並設帳於察哈爾部。從此察哈爾部領主世襲蒙古汗位，號稱蒙古各部的共主。後來蒙古可汗實際上成了察哈爾部的汗。達延汗子圖魯博羅特，圖魯博羅特子博迪阿喇克，博迪阿喇克子達賚遜庫登，達賚遜庫登子
圖們，圖們子布延，布延子莽和克，莽和克子林丹。林丹（1592～1634），名庫圖克圖，明人稱作虎墩兔。萬曆三十二年（1600），察哈爾部林丹汗立。他駐帳廣寧以北，繼承其七世祖達延汗的遺忘，力圖繼承大元可汗的事業，稱雄蒙古。
時明朝、後金和察哈爾部，都在力圖統一遼東地區。但後金勢力的擴張威脅著察哈爾部，察哈爾部的強大又妨礙後金撫綏漠南蒙古；而在明朝看來，察哈爾部與後金相對比，主要威脅來自後金。因此，在明朝、後金和察哈爾部的鼎足矛盾中，明廷與後金的矛盾是主要的。後金為著對抗明朝，必須先征撫察哈爾部；明朝為了對付後金，便利用林丹汗與努爾哈赤的矛盾，同察哈爾部聯合抵禦後金的進攻。明朝聯合林丹汗，共同抵禦後金，其條件是增加對林丹汗的歲幣，並把原由明朝直接給予漠南東部蒙古諸部的歲幣，轉交給林丹汗控製。明廷每年給林丹汗銀四千兩，後增至四萬兩。
後金汗與林丹汗的關係變化，可分為初期、中期和後期三個階段。初期，努爾哈赤進入遼沈地區之前，忙於統一女真諸部，無暇顧及察哈爾部。那時，察哈爾部實力雄厚。其勢力範圍，“東起遼東，西至洮河，皆受此虜約束”，擁有八大部、二十四營，號稱四十萬蒙古。林丹汗“帳房千餘”，牧地遼闊，牲畜孳盛，部眾繁衍，兵強馬壯，依恃明朝，對後金態度驕橫。萬曆四十八年，就是天命五年（1620）正月，後金汗遣使賚書報察哈爾部林丹汗。
這封筆鋒犀利的齎書，努爾哈赤試圖祭起元順帝的亡靈，並且曆數其兵敗之辱，以激發林丹汗的隱憤，拆散察哈爾部與明朝的聯盟；並通過炫耀八旗軍威，拉攏察哈爾部倒向後金一邊，一起對抗明朝。但是，林丹汗與努爾哈赤在遼東地區現實利益的矛盾，塗抹了孛兒隻斤氏與朱姓貴族曆史矛盾的舊賬。林丹汗以囚械其來使，對努爾哈赤齎書作出回答。
中期，就是努爾哈赤進入遼沈地區，下沈陽、占遼陽、陷廣寧。後金勢力逐漸擴大，明朝力漸不支。明朝重要官員如薊遼總督王在晉、總督王象乾、關外道袁崇煥等，都先後奏請加緊對蒙古撫款，並與之結盟，以抗擊後金。明朝麵對東部後金與西部蒙古，其東西策略即東對後金、西對蒙古的策略，後來袁崇煥概括為：“外戰東夷，內撫西虜”。袁崇煥在給天啟帝的上疏中，詳細分析了明朝、後金、蒙古的三方關係，並且提出明廷應采取之對策：“我方有事於東，不得不修好西虜，即未必可用，然不為我害，即以我用矣。歲費金錢數十萬，其亦不虛擲
乎！西款不壞，我得一意防奴。在此期間，總督王象乾曾令王喇嘛、遊擊張定，往致三十六家。天啟二年即天命七年（1622）四月，明與喀喇沁結盟。尋祖大壽致察哈爾首領之一拱兔，朱梅致敖漢部首領都令，不久與敖漢等部結盟。林丹汗“見各部內附，亦孤而求款”，同年八月，明朝與察哈爾部結盟。八月，王在晉令山海道閻鳴泰、關外道袁崇煥同撫夷官李增等出關，與林丹汗的使臣貴英哈盟誓，盟詞曰：“願助兵滅奴，並力恢複天朝疆土。若奴兵到，憨兵不到，斷革舊賞；倘奴酋通路，背盟陰合，罹顯罰。”袁崇煥致書林丹汗，曉之以大義；吊唁汗母憂，通之以殷勤；貽書其喇嘛，用之以影響——“保得邊疆無事，便是本性圓明”。這就加強和延續了明朝與蒙古的聰明。
但是，林丹汗作繭自縛。他掠土地，劫牛羊，窮奢極欲，暴虐無道，“焦休悖慢，耳目不忍睹聞”。他自恃英強馬壯，橫行漠南，破喀喇沁，滅土默特。然而，其內部分崩離析。史載察哈爾部屬五路頭目的妻子，被林丹汗重臣貴英哈強占，受害頭目含憤投巴林部首領粆花，“粆花不能養，投奴酋。奴酋用之守廣寧”。
察哈爾的敖漢部、奈曼部國對林丹汗十分不滿，其使者往來於後金；林丹汗之孫紮爾布台吉、色楞台吉逃往科爾沁，又從科爾沁至後金，向努爾哈赤叩首行禮。
林丹汗為抵禦努爾哈赤對其附近部落的瓦解，從天啟六年就是天命十一年（1626）起，先後討伐與後金結為姻盟的科爾沁部等。科爾沁等部在後金等援助下，打退了林丹汗的軍事進攻。
後期，就是後金的後期，那時，孫承宗、正象乾、袁崇煥或去宦，或去世，明“撫西虜”之策未能繼續。此間明朝、後金和蒙古之間的關係發生了變化。明朝與蒙古不穩固的同盟，被後金打開了缺口。林丹汗更加孤立。努爾哈赤就向蒙古發動軍事攻勢。天命十一年（1626）四月，後金汗努爾哈赤督平大軍，八路並進，攻擊巴林部。後金軍前鋒越過西喇木倫河，“獲畜產無算，驅之不盡，乃還”。
是為後金軍事進攻蒙古之始。沒過多久，敖漢部首領都令、色令與奈曼部首領黃把都兒“折人於奴”。努爾哈赤歿後，其子皇太極繼續征撫漠南蒙古。天啟七年就是天聰元年（1627），喀喇沁部與後金會盟，雙方“刑白馬烏牛，誓告天地”。
林丹汗已四麵楚歌。於是，後金汗皇太極先後四征林丹汗。
努爾哈赤之子皇太極對林丹汗的四次軍事進攻，在後金、明朝與蒙古關係史上，都可說是重大的曆史事件。崇禎元年就是天聰二年（1628）二月，皇太極率
精騎進攻察哈爾部，先到敖木倫地方，擊其所屬多羅特部落，俘獲一萬一千二百餘人。同年九月，皇太極再率精騎攻擊察哈爾軍，兵至興安嶺，十月返回沈陽。
天聰六年（1632），皇太極統領滿洲八旗和投順後金的科爾沁、內喀爾喀、敖漢、奈曼和喀喇沁等部蒙古騎兵，大舉進攻察哈爾部。後金軍渡西喇木倫河，越興安嶺，又渡大兒湖之古裏河，又進至都勒河。林丹汗聞訊而潰，“連夜西逃”；皇太極回師東返，旋歸沈陽。天聰八年（1633），林丹汗敗遁後，眾叛親離，走投無路，“殺人以食，自相屠戮”，後竄至青海大草灘，患痘症而死。次年，後金軍繼續追擊察哈爾部餘眾，俘獲林丹汗之子額哲，並獲“製誥之寶”。後金先後四征察哈爾部，察哈爾部被後金吞並。隨著林丹汗的逃跑死亡，漠南蒙古西部的鄂爾多斯部、土默特部等也相繼降附後金。
察哈爾部被後金征服，明朝失去北麵屏障，邊事越發不能收拾。《明史？韃靼傳》載：“明未亡，而插先斃，諸部皆入於大清。圖計愈困，邊事愈棘，朝議愈紛，明亦遂不可為矣！”在征撫漠南蒙古過程中，努爾哈赤的一個大手段是：
不但利用蒙古諸部封建主之間的矛盾，而且利用該部各個封建王公之間的內訌，采取不同策略，加以區別對待，從而一個王公一個王公地、一部一部地降服。漠南蒙古降順後金，進“九白之貢”，表示臣服。後金征服漠南蒙古，漸漸組成蒙古八旗，打通從西北進入中原的道路，改變後金與明朝的力量對比，占領更為廣闊的地域，擁有更為雄厚的兵員，在戰場上取得比較優勢的地位。
伴隨著統一女真各部和征撫漠南蒙古事業的發展，努爾哈赤開始著手主持製定無圈點老滿文，為滿族文化發展、為滿族共同體的形成，做了一件在滿族發展史上具有劃時代意義的創舉。