後金汗在初步臣服薩哈爾察部的時候，而且又征服黑龍江下遊地區的使犬部和使鹿部。
使犬部，漢文音譯作陰答琿塔庫拉拉。使犬部的居住範圍，大概在烏蘇裏江下遊地區、鬆花江與黑龍江會流處以下沿混同江兩岸，和使鹿部相接。它主要分為三部：奇雅喀喇部、赫哲喀喇部以及額登喀喇部。奇雅喀喇部，其地在烏蘇裏江口以南一帶。赫哲喀喇部，居史料記載：“自寧古塔東北行千五百裏，居鬆花江、混同江兩岸者曰赫哲喀喇；又東北行四五百裏，居烏蘇裏、鬆花、混同三江彙流左右者，亦曰赫哲喀喇”。額登喀喇部，其地在赫哲喀喇之東北，混同江兩岸。
居住在黑龍江下遊一帶的使犬部，包括達斡爾人、赫哲人、鄂倫春人、鄂溫克人等。他們畜犬，而且數量非常，一戶能畜養幾十隻、幾百隻。使犬部因此得名。犬的主要食物是魚，也食野兔、田鼠等。犬被用來狩獵、拉船和拖爬犁。夏季逆水而進，用犬拉纖行船；冬季，冰雪狩獵，用犬拖曳爬犁。以犬拉纖時，用四隻或六隻犬，犬脖子上戴著套圈，套圈係著皮條，皮條的另一端係在船上，犬拖著船在逆水中航行。犬拉爬犁也是同樣的。獵人要行獵時，把食品、獵具等裝在爬犁上，爬犁前部拴上皮條，皮條的另一端係在犬的頸套上。在數條拉爬犁的犬中，有一條“轅犬”被套在最前麵作為先導，其他犬相隨而行。犬會伶俐而協
同地聽著主人的吆喝聲，按照禦手的意思奔馳或停止。因此，狗在使犬部的部民中有著特殊的地位。他們的習俗是不吃狗肉、不穿狗皮，甚至把狗當作圖騰的象征而加以崇拜。
使犬部人的主要經濟來源是狩獵和捕魚。狩獵除捕捉野豬、駝鹿、猞猁猻等之外，也獵捕水獺。水獺喜棲息在多魚的河裏。它膽小，狡猾，伶俐，月夜常常叼著魚在河中嬉遊。水獺排糞時要鑽出水麵，而且一般到固定的地點去。獵人順著水獺這一習性，在它排糞時經過河灘的路上安放夾子。水獺從中往返，被獵人捕獲，獵人捕到水獺後。把皮剝落風幹，裝在用樺樹皮製作的箱子裏，以備交換或貢獻用。但他們主要依靠捕魚為生。黑龍江魚產豐富，其中有鮭魚、鱘魚、鯰魚、鯉魚、鰉魚、狗魚和大馬哈魚等，為他們提供了豐富的資源。他們既用魚叉捕魚，也用魚網捕魚。魚的、用處非常多，魚肉用作食物，魚骨製作器物，魚油能夠點燈，魚皮能縫製衣服。他們用各色的魚皮，經過鞣製變軟，縫合成色彩鮮豔的魚皮衣。因其以魚皮為衣，所以使犬部也叫魚皮部。
後金汗在征討薩哈連部的同時，又征撫使犬部。萬曆四十四年，就是天命元年（1616），努爾哈赤發兵征取使犬部。《清太祖高皇帝實錄》載：“招服使犬路、諾洛路、石拉忻路路長四十人。”後金軍水陸並進，深入千裏以外，兵鋒所指，“莫不惘伏”。
使鹿部的居住範圍，《盛京吉林黑龍江等處標注戰績輿圖》載：其部在使犬部之北和東，混同江下遊以東濱海，包括庫頁島全部。使鹿部主要有費雅喀部、奇勒爾部等，也包括吉烈迷。費雅喀部在額登喀喇東北七八百裏，就是在混同江以東。奇勒爾部居住地在黑龍江口附近。
在征撫使犬部的同時，努爾哈赤並沒有忘記在黑龍江口和庫頁島一帶使鹿部的部民。薩哈林就是薩哈連的音轉。庫頁島的麵積有七萬六千五百平方公裏，為台灣麵積的二倍多。它地形狹長，南北長九百五十公裏。這裏森林茂密，魚產豐富，盛產鯡魚、鱈魚、鮭魚、鱸魚和海蟹等。庫頁島氣候比較寒冷，但南部港口為不凍港。島上居住的吉烈迷和苦夷人等，“以鹿為家畜”，所以又稱為使鹿部。
總之，努爾哈赤對黑龍江女真用兵長達十年之久，漸漸地替代了明廷對這一地區的管轄。
努爾哈赤對東海女真和黑龍江女真多年用兵，版圖其土地，籍錄其部民，從
而在烏蘇裏江和黑龍江中下遊廣大地域，迅速而有效地取代了明朝的統治。努爾哈赤統一“野人”女真——東海女真和黑龍江女真的成功，是因為他采取了“且征且撫”、征撫兼施的政策。
明興元亡以後，元主自北平出塞，逃回蒙古草原。但故元勢力仍有“引弓之士，不下百萬眾”。元主退回漠北地區，習稱北元。北元蒙古貴族仍然維持其舊日統治，實行封建割據。他們不甘心於自己的失敗，不時地犯擾內地，試圖重新入居中原，圖謀恢複元朝。明朝為解除蒙古在北方的威脅，曾多次出兵朔漠，企圖消滅北元勢力。明初，徐達四次北伐，朱棣七次親征，曾取開平，占應昌，敗王保保，降納哈出。明朝擊敗北元勢力，他們漸漸地分別與明朝建立了臣屬關係。
但是，北元勢力盡管被擊敗，而沒有被消滅。這同明太祖對故元勢力的政策不無關係。當明太祖派右丞相徐達攻元大都時，徐達問道：“元都克，而其主北走，將窮追之乎？”明太祖答曰：元起朔方，世祖始有中夏。乘氣運之盛，理自當興。彼氣運既去，理固當衰。其成其敗，俱係於天。若縱其北歸，天命厭絕，彼自澌盡，不必窮兵追之。但其出塞之後，即固守疆圉，防其侵擾耳。但是，蒙古貴族勢力並未因其氣運衰敗，而自澌自盡。相反，蒙古貴族勢力在不斷地騷擾北陲，破牆而入，內犯中原，困圍京師。尤以正統之後明代北患益甚。
嚴格說來，明中後期，蒙古衰微，滿洲崛興，所以北境之擾，重在滿洲，不在蒙古。但明朝前期，蒙古騎犯，很是嚴重。
遼東地區蒙古勢力與日俱增，為患酷烈。洪武時，故元太尉納合出“擁二十萬眾據金山，數窺伺遼”，後降藍玉。永樂時，阿魯台為瓦刺所敗，“乃率其屬東走兀良哈，駐牧遼塞”；朱棣以親征阿魯台，死於榆木川。成化時，蒙古韃靼部長孛來，“誘兀良哈九萬騎入遼河”，縱騎擄掠。至嘉、隆以後，即努爾哈赤青少年時期，遼東蒙古勢力枝蘖紛繁，先後淩替，相互交錯，舉其大者，主要有土蠻部，土蠻為打來孫長子，其弟為委正，其長子為卜言台周，次子為介賽，侄為黃台吉，族弟為土墨台豬等。時土蠻（稱小王子）最強，手中有強兵十餘萬，屢躪遼東，“大人小人，歲為邊患”。速把亥部，速把亥為虎喇哈赤次子，其季弟為炒花，其妹夫為花大。速把亥在嘉靖時徙至遼陽北，連結土蠻等，累略遼塞：“嘉、隆以來，虜患何歲亡之？甚至殺大將軍如艾草菅。甚哉！速把亥之為禍首也。”
黑石炭部，黑石炭為孛隻第五子，與速把亥等聯騎，剽掠遼左。瞿九思在《萬曆
武功錄？黑石炭列傳》後評述曰：黑石炭“貽我遼左數十年大患，介胄至生蟣”。
董孤狸部，董狐狸即董忽力，為革蘭台第五子，其弟為兀魯思罕、長禿，駐牧寧前外邊，牧馬遼河，屢犯薊門。阿牙台皮部，阿牙台皮長子媛兔、次子拱兔，萬曆初年“兩兔尤桀驁甚”。另外，有虎墩兔、青把都、哈卜慎、長昂等諸部。
當時在遼東地區，同明朝相對抗的政治勢力，主要有蒙古和女真。而對遼東擄掠最厲害的，則為蒙古諸部貴族的鐵騎。在努爾哈赤起兵前十年，就是從萬曆元年至十年，蒙古土蠻、速把亥等部貴族對遼東地區的擾犯，編年縷列如下：萬曆元年（1573），正月黑石炭、速把亥攻遼陽，四月土蠻犯鐵嶺，十月董狐狸之弟兀魯思罕攻寺兒山台，十二月董狐狸之弟長禿犯邊。同年，明廷升賞遼東獲功陣亡官兵一千一百四十名，並修築城堡邊牆。
萬曆二年（1574），土蠻、速把亥等犯遼東，金、複、蓋三衛被“殺掠數萬，村堡蕩然”。
萬曆三年（1575），正月土蠻、速把亥十萬騎奔往遼陽，十一月土蠻、速把亥、炒花等以二萬騎突錦義。
萬曆四年（1576），二月土蠻、黑石炭、速把亥五萬騎鐵馬馳往遼河，十月速把亥、炒花、委正等三萬騎犯威遠堡。
萬曆五年（1577），土蠻等部無月不犯，二月飲馬舊遼陽，五月二十萬眾走淩河。
萬曆六年（1578），正月黑石炭大舉窺塞，十二月速把亥等三萬餘騎直犯東昌堡。
萬曆七年（1579），十月土蠻等四萬騎犯前屯。
萬曆八年（1580），土蠻等“二十餘萬，空巢而來，略廣寧”。
萬曆九年（1581），正月大虜二萬餘騎犯遼東，十月土蠻等十餘萬進攻廣寧。
萬曆十年（1582），四月速把亥犯義州。
以上史實表明，遼東地區蒙古貴族勢力連年攻掠，形勢嚴重。然而，萬曆初年，張居正為相，“居正用李成梁鎮遼，戚繼光鎮薊門”。李成梁在任遼事二十二年間，率騎迎擊蒙古兵，力戰卻敵，斬殺五千一百八十八級。蒙古騎兵屢受重創，土蠻、速把亥等又相繼死去，其餘部分支眾多，各相雄長。明廷采取分其枝，納其款，順者市賞，犯邊攻剿的方針，遼東蒙古勢力或受挫，或分化，漸漸地走向
衰落，這個曆史的趨勢一直延續下來。
到十六世紀末，遼東地區明朝軍隊同蒙古騎兵鬥爭的結果，曆史在朝著他們各自願望相反的方向發展。雖然，蒙古貴族興兵屢犯，嚴重地削弱明朝遼軍的力量；與此同時，李成梁“前後大捷共計十次，斬首五六千級”，又沉重地打擊了蒙古諸部等。但是，他們相互爭鬥的結果，特別是李成梁的成功，恰為努爾哈赤做了“嫁衣裳”。因為土蠻和李成梁廝殺的結局，不但雙方都退出了角鬥場，而且為努爾哈赤登上曆史舞台鋪平了道路。
明代後期，蒙古已漸漸形成三大部：生活在蒙古草原西部直至準噶爾盆地一帶的漠西厄魯特蒙古，生活在貝加爾湖迤南、河套迤北的漠北喀爾喀蒙古，以及生活在蒙古草原東部、大漠以南的漠南蒙古。同明朝漢族聚居地帶鄰近的漠南蒙古，西北有遊牧於黃河河套地區的鄂爾多斯，正北有駐牧在崇山西偏關邊外的歸化城土默特，東北則是薊遼邊外的喀喇沁、察哈爾、內喀爾喀和科爾沁等部。漠南蒙古東西諸部，介於明朝與後金之問，其中有的部同後金接壤，所以後金最早同東部漠南蒙古諸部發生政治聯係。
漠南蒙占自明初以來，已經遭受二百餘年戰亂之苦。明朝政府與故元勢力之間，蒙古各部與各部之間，長期無休止的戰爭，造成了漠南蒙古社會經濟的破壞和部民生活的貧困，使很多貧苦牧民陷於“爨無炊”、“衣無帛”的悲慘境地。蒙古族部民要求結束戰亂割據局麵，渴望得到安定統一。但是，明朝後期極為腐敗，無力重新統一蒙古地區；蒙古各部貴族長期內訌，也無法實現其內部統一。所以，努爾哈赤征撫漠南蒙古，既利用了蒙古人民渴求統一的願望，又利用了蒙古貴族不滿明朝的心態，也利用了蒙古王公分裂割據的條件。時蒙古封建王公正在進行分裂爭鬥，從一己利益出發，時而聯合一些封建王公去反對另一些封建主；時而翻雲覆雨，昨天的盟友變成了今天的敵人，昨天的敵人又變成了今天的盟友。努爾哈赤利用漠南蒙古同明廷的結盟與矛盾、各部之間的分裂與內訌，對於各部封建王公，有的分化瓦解，有的武力討征，或者征撫並用，先後逐一征服東部漠南蒙古。
後金興起，努爾哈赤之所以決定征撫漠南蒙古，這是因為：首先，漠南蒙古同海西女真關係密切，比如葉赫貝勒“金台什孫女為虎墩兔婦”，蒙古內喀爾喀介賽貝勒奪娶努爾哈赤“已聘葉赫錦泰希貝勒之女”，征撫漠南蒙古有助於女真
內部的統一。其次，漠南蒙古位於後金的右翼，隻有征撫漠南蒙古，才可以解除進入遼沈地區的後顧之憂。再次，漠南蒙古的林丹汁等，與明朝締結了共同抵禦後金的盟約，“飲刀歃血，立有盟詞”：“願助兵滅奴，並力恢複天朝疆土。若奴兵到，憨兵不到，斷革舊賞；倘奴酋通路，背盟陰合，罹顯罰。”隻有拆散這個聯盟，才能南犯明朝。其次，征服漠南蒙古，能夠打通進入長城的走廊，最後一個原因是，後金為占領明統，深感兵力不足，需要征撫蒙古，擴充八旗兵源。努爾哈赤曾說：“蒙古與滿洲，語言雖各異，而衣飾風習，無不相同，兄弟之國。”
努爾哈赤征服漠南蒙古，由科爾沁部開始。
漠南蒙古的科爾沁部，駐牧於嫩江流域。它東鄰烏拉，東南近葉赫，西南界紮魯特，南接內喀爾喀，北臨嫩江上遊地區。明洪熙間，為厄魯特所破，東避嫩江，以同族有阿魯科爾沁，因號嫩江科爾沁以自別。其紮賚特、杜爾伯特、郭爾羅斯三部，皆科爾沁一部所分，兄弟同牧，皆屬插漢部。插漢部即察哈爾部，二部久不睦，有不共之仇。科爾沁部為同察哈爾部爭雄，就與勢力較強的葉赫、烏拉結盟。萬曆二十一年（1593），科爾沁部明安貝勒等率蒙古兵萬騎，同葉赫、哈達、烏拉、輝發、錫伯、卦爾察、朱舍裏、訥殷共九部之師，直指建州。攻赫濟格不下，陳兵古勒山。九部兵大敗，明安貝勒騎裸馬尷尬地逃回。翌年，北科爾沁部蒙古貝勒明安、喀爾喀五部貝勒老薩，始遣使通好。科爾沁部初次遣使建州。此後，蒙古各部長遣使往來不絕。
科爾沁部盡管在古勒山之役遭到失敗後，遣使建州和好，但實際上並不認輸。
萬曆三十六年（1608）三月，建州兵往攻烏拉部的宜罕阿麟城，“科爾沁蒙古翁阿岱貝勒與烏拉布占泰合兵”，科爾沁軍遙望建州兵強馬壯，自知力不能敵，就撤兵請盟，聯姻結好。努爾哈赤從總的鬥爭利益出發，不念科爾沁兩次動兵的舊惡。他說：“俗話說：‘一朝為惡而有餘，終身為善而不足’。”建州同意與科爾沁棄舊怨，結姻盟。萬曆四十年（1612），努爾哈赤聞科爾沁貝勒的女兒博爾濟錦氏“頗有豐姿，遣使俗娶之。明安貝勒遂絕先許之婿，送其女來”。努爾哈赤以禮親迎，大宴成婚。明安貝勒是蒙古封建王公中第一個與建州聯姻者，對後世影響很深。其後，萬曆四十三年（1615）正月，努爾哈赤又娶科爾沁孔果爾貝勒女博爾濟錦氏為妻。
恩格斯曾說過：對封建王公說來，“結婚是一種政治的行為，是一種借新的
聯姻來擴大自己勢力的機會；起決定作用的是家世的利益，而決不是個人的意願”。建州女真貴族同科爾沁蒙古王公聯姻，就是一個很好的例證。努爾哈赤不但娶科爾沁兩貝勒的女兒為妻，他的兒子也相繼納蒙古王公的女兒做妻子。僅萬曆四十二年（1614），努爾哈赤的四個兒子，就是次子代善娶紮魯特部鍾嫩貝勒女為妻，第五子莽古爾泰娶紮魯特部納齊貝勒妹為妻，第八子皇太極娶科爾沁部莽古思貝勒女為妻，第十子德格類娶紮魯特部額爾濟格貝勒女為妻。然後，第十二子阿濟格娶科爾沁部孔果爾女為妻，第十四子多爾袞娶桑阿爾寨台吉女為妻。
努爾哈赤在位時，同科爾沁姻聯十次，其中娶人九次、嫁出一次；其子皇太極繼續實行上述聯姻政策，皇太極在位時，同科爾沁聯姻十八次，其中娶人十次、嫁出八次。蒙古科爾沁部等與後金政權，通過聯姻，鞏固同盟，用來加強自己的勢力，來對抗察哈爾部。
察哈爾部林丹汗為統一漠南蒙古，行使大汗權力，為防止後金擴張，先後討伐與後金締盟的科爾沁等部。然而這種做法，更加促使科爾沁投附後金。科爾沁部翁果岱子粵巴台吉，於天啟五年即天命十年（1625）八月遣使送信至建州，報告察哈爾部在“草枯前將夾擊科爾沁”，請求後金汗努爾哈赤出兵援助。沒過多久，林丹汗派兵直指科爾沁，圍攻粵巴台吉的駐地格勒珠爾根城。粵巴向後金先急，努爾哈赤派其子莽古爾泰率精騎五千前往援救。時林丹汗“圍鄂巴城已數日，攻之不下。聞滿洲援兵至，倉皇夜遁，遺駝馬無算，圍逆解”。後粵巴台吉親自跪見努爾哈赤，努爾哈赤將舒爾哈齊第四子圖倫之女嫁給粵巴做妻子。接著，努爾哈赤與粵巴刑白馬黑牛，祭告天地，盟誓結好。