1938年1月，日軍動用8個師、5個旅約30萬人參加徐州會戰，中國軍隊由第五戰區司令長官李宗仁指揮，先後調集64個師另3個旅約60萬人，以主力集中於徐州以北地區，抗擊北線日軍南犯，一部兵力部署於津浦鐵路南段，阻止南線日軍北進，以確保徐州。
1938年張自忠回到五十九軍任軍長，他打電話給馮玉祥，力邀張克俠前去相助。張克俠立即將此事報告黨中央，黨組織批準他前往張自忠部，2月25日葉劍英代表黨組織在董必武的住處為張克俠送行。此後張克俠便奔赴抗日前線，參加張自忠部的抗日行動。3月，張克俠到達山東滕縣，就任五十九軍參謀長。這個月中旬，在張克俠的策劃下，五十九軍與日軍板垣師團激戰近十日，殲敵過半，極大地鼓舞了全國軍民抗日的信心。
再說何基灃的情況。離開軍隊養傷期間，何基灃一直在探索思考救國之路，最終他從共產黨身上看到了民族的希望。當時經中共地下黨員李薩南介紹，何基灃了解了一些八路軍和解放區的真實情況，他看了美國記者斯諾寫的《西行漫記》，產生了到陝北“共區”親自去看看的念頭。他會見了西北軍故友，接觸到共產黨人，到延安去看一看的念頭就更加強烈。
在武漢經過故友的介紹，他會見了西北軍故舊、共產黨人賴亞力，通過賴亞力在武漢八路軍辦事處見到了周恩來。周恩來是何何基灃在南開中學時的同學，經周恩來介紹，何基灃於1938年2月秘密到達延安。當晚毛澤東來看望何基灃，高度讚揚他抗日的功績。何基灃向毛澤東詳述了喜峰口、盧溝橋、大名府等各次戰役，還應毛澤東的邀請在抗大作了一次報告。何基灃在延安的一個多月裏，還有劉少奇、朱德等中共中央領導人與他交談，使何基灃深受教益。
何基灃感到自己終於找到了救國救民的真理。離開延安前，他交了一份要求加入中國共產黨的申請書，其中寫道：“我是國民黨軍隊裏的舊軍人。過去，我總認為隻要文官不愛錢，武官不怕死，人人廉潔奉公，我們的國家就會富強起來。現在懂得，沒有共產黨中國無望。我懇求收下我這個新戰士。”黨中央當時決定，讓他回到國民黨軍隊去工作，他服從黨的決定立即返回部隊。臨行前，劉少奇告訴他：“不久會有一個黨員來找你，向你傳達黨的決定。”
此後不久，何基灃隨七十七軍參加了徐州會戰。
徐州會戰曆時五個月，中國軍隊廣大官兵英勇奮戰，首先在南線將日軍阻止在淮河南岸，打破其與北線日軍會合的企圖；繼而在北線將東路日軍擊敗於臨沂地區，又將西路日軍之右翼阻止在嘉祥地區，粉碎了日軍在台兒莊會師的計劃。1938年5月，徐州會戰結束，何基灃所在的七十七軍隨後移駐湖北穀城。
1939年1月，何基灃終於等來了黨組織的聯絡人。中共鄂豫邊區特委向他轉達中共中央的意思，吸收何基灃為中共黨員。出乎他意料的是，傳達組織決定的同誌，竟是與他朝夕相處的副官朱大鵬。朱大鵬用手指醮著茶水在桌麵畫了一麵黨旗，讓何基灃麵對這麵特殊的黨旗宣誓。從此，何基灃成為一名特別黨員。和當初張克俠入黨一樣，考慮到革命事業的需要，何基灃也是作為“特別黨員”，加入中共後組織上要求他長期隱蔽，積蓄力量。
何基灃入黨後，仍回到國民黨第七十七軍任副軍長。他在黨的領導下，將這支舊軍隊逐步引導到抗日救國的進步道路上來。
何基灃被委任為國民黨七十七軍副軍長後，上任伊始就對軍隊進行大力整飭。首先從七十七軍軍訓團開始整頓，先後調入共產黨員40多人，使學員們從思想、訓練到生活上向延安看齊，軍訓團的麵貌為之一新，成為七十七軍革命活動的聚焦點。
不久，他又創建了一支精幹的隊伍——“七?七工作團”，名義上是為了紀念“盧溝橋事變”而組建的七十七軍下屬單位，實質上接受新四軍桐柏山留守的特委領導，大部分幹部都是共產黨員。“工作團”和新四軍彭雪楓部直接聯係，給新四軍送去大量槍支彈藥。工作團也在很短的時間由70人發展到600多人，成為共產黨鄂豫邊挺進縱隊的第三團。在與日寇作戰時，他們戴新四軍徽章；與國民黨部隊周旋則利用“七?七工作團”的名義。
1939年夏，何基灃又組建了179師搜索隊，隊員大多數是地方黨組織輸送的黨員和骨幹，既培植了革命力量，又起到掩護共產黨高級領導和地下黨員的作用，使之成為黨的一個據點。
這年冬天，在與黨組織的聯絡中，何基灃得知在山中與日軍迂回作戰的李先念、彭雪楓部隊迫切需要解決武器和過冬軍衣問題，他果斷地決定179師全師遲發一個月的薪餉，立刻向黨組織送去1萬元經費以解燃眉之急。
正當何基灃命令部隊準備過年時，取款者之一的項洺光在半路被李宗仁的憲兵隊抓住，在嚴刑拷打之下叛變了。179師地下黨組織完全暴露，危險之極。打入第五戰區的地下工作者得知這一情況在緊急通緝令下達之前火速將情報送出，何基灃立刻采取措施，將179師已暴露身份的共產黨員全部安全撤離，使之化險為夷。而此時的何基灃雖因叛徒對他的情況知之不多而未遭逮捕，但已成為通共通敵的重大嫌疑分子。
1940年3月，蔣介石以調何基灃到重慶中央訓練團受訓為名，開始了對他的審查。
一到重慶，何基灃就被嚴密地監視起來。他一方麵拜訪在重慶的老上級、老朋友，爭取輿論同情；一方麵利用國民黨上層派係的矛盾，為自己尋求更穩妥更可靠的保證。馮玉祥聽說何基灃來重慶後，主動把他接到自己家中。何基灃把遭審查的情況如實相告，馮玉祥認為“豈有此理！”
何基灃還去訪了西北軍的老友肖振瀛，這位大同洋行董事長兼長江沉船打撈公司經理，與何應欽關係密切，曾和何基灃拜過把子。雖然在政治上兩人沒有默契，但畢竟都是西北軍，做過兄弟，肖振瀛毫不隱瞞地暗示何基灃：“見佛燒香，見鬼燒紙。”
何基灃聽從肖振瀛的建議，加緊了對外的活動。他見馮玉祥、拜於右任、找範長江、找何應欽的秘書謝培元，真是有廟就入，見菩薩就拜。
張勵生、陳誠、何應欽等國民黨高級將官，對何基灃進行了幾次“會審”，何基灃麵對他們的審查，沉著自若，據理反駁，不卑不亢。陳誠是何基灃在保定軍官學校的同窗，時任國民黨參謀總長，他直言不諱地告訴何基灃：“有人把你告了，說你給共產黨送去了300支槍，1萬元錢，說你的部隊裏有共產黨，你也是共產黨”。何基灃機智應對，從抗日救國這一大道理上一一給予反駁：“國共合作抗日，新四軍也是抗日隊伍，我們要是見死不救，抗日的力量不就受損了嗎？”
何基灃的努力不久有了效果，新聞媒體開始關注此事。一時間，何基灃之案沸沸揚揚。在範長江等進步新聞人士的幫助下，新聞媒體也開始聲援何基灃，報刊不僅出現“向血戰盧溝橋的英雄們致敬，向馮治安何基灃等抗日名將致敬！”、“時至今日，喜峰口抗日英雄何在？趙登禹將軍戰死南苑，何基灃將軍被囚重慶”這類醒目的標題和語句，還刊出何基灃等抗日名將的大幅照片。新聞輿論的傾向性不言而喻！
不久“受訓”結束，半年的時間對何基灃始終沒有查出個所以然，最終以“任勞有餘，任怨不足”作為審查結論。