由於父親去世後生計困難，班固隻好從京城遷回扶風安陵老家居住。從京城官宦之家一下子降到鄉裏平民的地位，這對上進心很強的班固是一沉重打擊。但他毫不氣餒，立誌繼承父親未競之業的決心並沒有改變。班固認為，父親已經撰成《史記後傳》的部分，內容還不夠詳備，布局也尚待改進；沒有撰成的部分，需要重新續寫。於是他在父親已成《史記後傳》的基礎上，利用家藏的豐富圖書，正式開始了撰寫《漢書》的生涯。
永平五年（62年），正當班固全力以赴地撰寫《漢書》的時候，有人告發班固“私修國史”，於是，班固被捕關進了京兆監獄，書稿也被官府查抄。當時，不僅“私修國史”是被嚴格禁止的，甚至“國史”一般也不能為個人所擁有。漢元帝時東平王劉宇上書求賜《太史公書》被拒絕之事，即可證明。
班固雖是外戚後代、儒學世家子弟，但他本身卻連個官階很低的郎官都不是，卻如此大膽，敢於私修國史，豈不是觸犯了朝廷大禁！前不久，扶風郡有一個叫蘇朗的人被人告發偽造圖讖，被捕入獄後，很快就被處死。麵對這種形勢，班家老小十分緊張，害怕班固凶多吉少。班固的弟弟班超為了營救哥哥，立即騎上快馬從扶風安陵老家急馳京城洛陽，他要向漢明帝上書申訴，為哥哥雪除冤枉。
班固被告“私修國史”，身陷囹圄，不知將被如何處置，更為老母和家人的安全擔心。但他明白自己根本沒有什麼罪。他立誌著史，不僅是為了繼承父親的遺誌，而且也是要遠接從司馬遷、劉向、揚雄以來修史的傳統，更是為了宣揚“漢德”。西漢一代210餘年，有過赫赫功業，也有過許多弊政，其中治亂興衰，使人慨歎，給人啟發，寫出一部“漢史”，正是當今學者的責任。何況王莽滅亡至今已40年了，再不及時撰成史書，後人所能獲得的史料豈不更少！所以他才拿起筆來，立誌完成父親未競之業。不料遭人誣告，如果此番不明不白地被處死，那麼父子兩代人的心血豈不盡付東流！為此，班固憂憤交加，心痛欲裂。
班超策馬穿華陰、過潼關，趕到洛陽上書為班固申冤，引起漢明帝對這一案件的重視，特旨召見班超核實情況。班超將父兄兩代人幾十年修史的辛勞以及宣揚“漢德”的意向全部告訴了漢明帝。這時，扶風郡守也把在班固家中查抄的書稿送至京師。明帝讀了書稿，對班固的才華感到驚異，稱讚他所寫的書稿確是一部奇作，下令立即釋放，並加以勸慰。明帝讚賞班固的誌向，器重他的才能，立即召他到京都皇家校書部供職，拜為“蘭台令史”。