經過漫長的旅途，小智他們今天來到了抹茶市。
“皮卡~”，因為迷路，所以是走過了一段比較波折的路，大家這是坐在公園的椅子上，皮卡丘顯得很累的叫著。
“知道了啦，皮卡丘，馬上就帶你去神奇寶貝中心”，而小智則是討饒的對皮卡丘說道，小霞則是和波加曼、可達鴨在一旁喝冷飲，非常的愜意。
“發生什麼事了啊”，到達神奇寶貝中心後，就看到喬伊小姐正在接著左一個電話右一個電話，非常的忙，而吉利蛋也在到處急匆匆的跑，小剛非常不解的說道。
“是這樣的，從早上就接到好多的投訴電話，說傳送的神奇寶貝沒有傳送過去”，喬伊小姐解釋說。
“這不可能，這套傳送裝備是我親自製作的，不管硬件還是電腦程序都是沒問題的”，而這時一旁帶著老花鏡的一個看起來像科學家的大叔突然說道。
“啊——，這是——，可能——”，這時大叔看著電腦屏幕中的紅點驚訝的說道。
“秋葉原博士，發現什麼了嗎？”喬伊小姐聽了大叔的話立刻問道。
“啊，沒什麼~”，博士有點不自然的說。
“可能是由電腦病毒引起的吧”，小剛這時在一旁猜測說。
“不可能，傳送裝置使用的最先進的技術，絕不可能進入病毒的”，而博士這時大聲的喊道。
“但是，事實上……”，而喬伊小姐在一旁則說道。
“不可能的，不可能的——”，不過博士這時大叫著跑出去了。
“好了，就是這裏了，這裏就是秋原博士的研究所”，因為被喬伊小姐拜托來看一看秋原博士怎麼了，所以按照喬伊小姐給的指示，小智他們來到了一所房子前，看著這所有點舊的房子，小智說道。
“小智，等一等，先把3D龍放出來”，就在小智和小剛想進入房子的時候，小霞這時說道。
“哦，好”，小智雖然不解，為什麼小霞要自己放出3D龍，不過還是立刻就把3D龍放了出來。
“好了，收起來吧”，在把一個道具給3D龍戴上後，小霞又再次說道。
“小霞，你給3D龍戴的什麼？”小智一邊收回3D龍，一邊問道，而小剛在一旁也是很好奇。
“是升級卡片，效果嗎，待會兒就知道了”，小霞一邊笑著一邊說道。
“隨意進入人家的房子不好吧”，小智、小霞和小剛隨後進入了秋原博士的研究所，小剛這時說道。
“不要在意了嘛”，而小智則是嘻哈的回答說。
“啊~，這是……”，這時突然在他們眼前出現了一個大大的秋原博士的頭，小剛吃驚的喊道。
“你們看，這隻是一個機器，把逼真的影像投射到空中罷了”，而小霞則是指著這個頭像說道，隨後小智和小剛才鬆了一口氣。
“被你識破了嗎？”那個頭像尷尬的說道，“你們幾個似乎很聰明嗎，很好，跟我來”，隨後小智他們就在秋原博士的邀請下向裏走去。
“進去裏麵吧，沒問題的”，隨後到了一些機器旁，秋原博士讓小智他們進入一個大大的玻璃罩內，而小智他們則是連想也沒想的進入了，隨後就把門關閉了。
“這是怎麼回事，你想把我們關起來嗎？”這時小智才慌亂的一邊錘著玻璃罩，一邊立刻問道，然後就在秋原博士的解釋下，小智他們知道了自己進入了一個神奇寶貝傳送的機器裏，而且也知道了神奇寶貝傳送出錯的原因，原來是火箭隊偷走了博士製造的神奇寶貝3D龍零號，而後進入了網絡中進行盜竊，並且被委托進入網絡去把火箭隊抓起來。
“好了，我們趕緊啟程吧”，知道了原因，小智這個熱血的人立刻就同意了博士的話，然後說道，小霞和小剛隻好跟著同意了，然後三人及皮卡丘和波加曼就被傳送進了網絡世界，當然小霞已經把可達鴨收回去了。
“這是哪兒？”小智一邊下落著，一邊問道。
“網絡世界，我們已經進入網絡世界了”，而小霞在一旁則是回答說，而且內心也有點不太確定，畢竟這也是很令人匪夷所思的事件。
“現在不是聊天的時候”，而這時小剛則是急匆匆的說道，而小智也才反應過來他們在下落。