麵對這些挑戰，蔣經國直接控製的“國防部總政戰部”發動了“向毒素思想總攻擊”的運作，《自由中國》的台柱胡適尤成為“攻擊”的大目標。……（編者略）胡適在圍剿聲中，感到回台灣比留在國外更重要，遂於1957年年底答應就任“中央研究院院長”。（參閱《胡適致趙元任函》，1957年7月28日）院長一職是由蔣介石圈選的，蔣任命胡為台灣最高學術機關的首長，未嚐沒有以“高官厚爵”籠絡之意，使胡多少有所顧忌，最後胡適果然未能以“去就”爭“自由”。
《自由中國》的命運也未因胡適於1958年4月回台長住後得到改善。特務們反而由“圍剿”進而迫害，而胡適竟要《自由中國》的執筆者多“容忍”，引起殷海光的不滿。雷震則在胡適回台以及美國輿論的鼓勵下，更向民主的方向邁進，進而要想組織反對黨了。至此，蔣介石不再顧民主的招牌，撕破臉皮，命特務製造匪諜案把雷震抓了起來。雷被捕後，胡適不肯主持組黨，其他的人在齊世英的影響下主張“穩健”，新黨遂胎死腹中。蔣介石達到“殺雞儆猴”的目的。
“雷案”發生時候，胡適正在美國，曾公開支持雷震。他回台灣後，蔣介石故意冷落他，農複會主任委員蔣夢麟比他晚回來，卻先見到蔣，而胡適卻得在“不談雷案”的約定下，才見到蔣。蔣平常與胡適見麵，通常是兩人密談式的，這次卻是秘書長、秘書、副官全在的官式談法，顯然是有象征意味、表示有距離了。但是見了麵，胡適仍然忍不住要談雷案，很誠懇地想說明雷案如何在國外產生“很不好的反響”，胡適在1960年11月18日的日記中說：
總統說：我對雷震能十分容忍，如果他的背後沒有匪諜，我絕不會辦他。我們的政府是一個反共救國的政府，雷震背後有匪諜，政府不能不辦他。我也曉得這案子會在國外發生不利的反響，但一個國家有它的自由、有它的自主權，我們不能不照法律辦。這是他在9月14日對美國西岸報人的談話，今日重說一遍。
這最後二十五個字，寫得極見內功！不慍不火，但把蔣對他的態度，畫龍點睛了。為了“雷案”，他顯然被蔣介石“見外”了！不過，胡適在蔣麵前一再“盼望此案能夠司法審判”，未免書呆！軍法或司法審判，在國民黨內定判決結果下，又有何不同？又有什麼好爭的啊？胡適對蔣介石苦口婆心，而蔣介石居然說：“胡先生同我向來是感情很好的。但是這一兩年來，胡先生好像隻相信雷儆寰，不相信我們政府。”胡適聽後，激動了起來，說是話說重了，在這天日記中，猶情見乎辭。胡適“願意用我道義力量來支持蔣介石先生的政府”始終不渝。他早於1948年12月，蔣政權危急時，力求美國支持蔣作戰，且在美國人麵前流了淚（見司徒雷登函載Rea＆Brewer ed.The Forgotten Ambassador，p.292），有點像秦廷之哭。如此擁蔣使他根本沒有多少旋轉餘地，卻有無限傷感。他對國民黨和黨外，都有霧裏看花的一派天真。中國政治中像他這種有地位的清客，最後是及身而絕了。最可憐的是，以他最後的苦口婆心，竟連一雷三毛都不能救，他的悲哀，也就可想而知。“雷案”發生後，胡適應該以不回台灣為抗議、以辭“中央研究院院長”之職為抗議，這樣多少會給蔣介石一些壓力。但是胡適回來仍做他的“院長”，甚至不便去探雷震的監，終於在蔣介石的權威下妥協了。胡適寫文章喜歡宣傳黃以周“實事求是，莫做調人”的立場，但他自己，卻始終未能免於“調人”之譏。