1952年10月15日在黃敬市長的主持下，天津醫學院舉行了隆重的成立大會。朱憲彝眼含熱淚，感慨萬端：真是難以想象，竟然在如此短暫的時間內，就建成了一個相當規模的醫學院。如果沒有市領導的關懷、沒有各位專家和同仁的大力支持，光靠自己的力量無論如何也是萬萬做不到的。他第一次深切地感受到了黨組織、人民政府的力量和溫暖。
朱憲彝從自己前半生的實踐中深深體會到，要培養出素質強、醫術精、醫德好的醫學人才，必須擁有 一批優秀的基礎和臨床專業教師。他通過各種渠道謀求解決：普通基礎課，請南開大學生物係代為講授；聘請在津的幾十位老協和為天津醫學院校委會委員，負責臨床教學工作；想方設法從各地聘請學者、專家任基礎課教師。他還多方聯係，親自動員，通過衛生局從市內各醫院選派了十幾位優秀的臨床主治醫師、住院醫師到北京協和及上海、廣州等地醫學院進修。後來，這些同誌都成為天津醫學院的骨幹教師。
建校之初，天津醫學院共有教職員工33人，其中教師16人，基礎醫學教研組3個。朱憲彝親自登門拜訪一些醫學專家，聽取他們對搞好教學的建議，而後博采眾長安排教學計劃、課程和實驗室的設置以及圖書館的籌建等。由於人少事多，大至全院規劃、發展的構想，小到一個實驗室需要多少實驗台、各種規格的試管需配多少架子都要一一做出詳細計劃，再交由有關人員去購置。在短短兩年時間內，天津醫學院，從籌建、招生、開課到培養師資和教學方麵，都取得了顯著的成績。1952年朱憲彝被評為天津市勞動模範。
朱憲彝從事醫學教育幾十年，不斷探索研究醫學教育的規律，逐步形成一套提高醫學教育質量，實行醫學教育改革的構想。他主張把醫學院的自然基礎課程就到綜合性大學裏。他認為，醫學是研究生命科學的，這一學科的發展同數學、物理、化學、生物等自然科學有密切的關係。自然科學在醫學上廣泛應用的結果。產生了分子生物學、生物物理學、遺傳工程學、核醫學等新型學科 。組織學、胚胎學、細胞學、生理學、生物化學、微生物學、免疫學、藥理學、生命統計等，同數學、物理、化學、生物等緊密相關。高等醫學院校的學生，必須首先學好數學、物理、化學和生物這四門課，打下一個深厚牢固的自然科學基礎。再經過基礎醫學、臨床醫學的學習和最後的臨床實習，畢業以後才能勝任醫學理論和臨床研究工作，這樣才有利於提高教學質量，有利於醫學人才的培養。這四門自然科學課程，綜合大學的師資力量強，實驗設備條件好，遠在醫學院之上。所以，朱憲彝倡議高等醫學院校同綜合性大學掛鉤合辦，把這四門自然科學基礎課放到綜合大學去學。他的這一倡議，得到了天津市領導的支持。從 1980 年起，天津醫學院和南開大學掛鉤合辦8年製醫學教育試點班。 同時，又和天津大學共同創辦了一個5年製的生物醫學儀器專業試點班。
朱憲彝認為，辦好醫學院，首先要抓好師資隊伍的建設和整體規劃醫學院的教學人員、科研人員應有合理的技術結構和年齡結構，成龍配套，各得其所。對師資有嚴格的考核製度，有組織地聽課，定期答辯，及時考核晉升。他還主張，有些教師應以教學為主，兼做科研工作；醫學院各研究所的科研人員以研究為主， 同時也要兼任教學工作，二者不能截然分開。對於師資的培養要多渠道進行，對有前途的教師和研究生，要及時送到國外去進修，使之增長學識開闊眼界。朱憲彝的這些主張，在天津醫學院逐步得到實現，自1979年起，先後選送了170名優秀教師、研究生出國學習進行學術交流。學校各個教研室基本形成了教授、講 師和助教齊全的梯形隊伍。
朱憲彝認為：醫學教育要適應我國的國情，要兩條腿走路， 多層次地發展培養醫生的任務隻靠醫學院是遠遠不夠的，應把培養醫學人才和醫師分別開來。由高等醫學院校與一般醫療機構分工負責，把醫學教育搞活。高等醫學院校要把重點放在確保教學質量，培養高級人才上；培養臨床醫師的任務應由各級醫療和預防單位來完成。