1958年朱憲彝在天津醫學院附屬醫院內科建立了臨床內分泌研究室。他把地方性甲狀腺腫大和克汀病的防治列為天津醫學院的重點科研項目。他派專人到承德進行了實地考察，並確定以此為基地，進行係統研究工作。1961年朱憲彝組織天津醫學院的有關基礎與臨床科室的數十名科技人員來到承德，他親自在病區選擇觀察點，一家一戶地逐人進行調查，並責成專人常駐病區，配合當地衛生防疫機構，管理碘鹽投放並觀察療效。此項工作一直持續了5年之久。這項研究所提供的現場調查和實驗室研究報告表明，承德市郊是比較嚴重的地方性甲狀腺腫大和克汀病流行區。孕婦由於缺碘，不僅會表現出甲狀腺腫大的征象，更為嚴重的是，所生的嬰兒會患克汀病，表現為呆、傻、聾、啞 等重殘疾。在給予科學的碘鹽治療後，甲狀腺腫大患者症狀有明顯的改善，發病率也大幅度下降。1964 年朱憲彝在承德組織召開了現場會，邀請內分泌學家劉士豪教授、張忠邦教授、兒科專家範權教授、動物內分泌學家張致一教授及有關心理學工作者、流行病學工作者共同考察、討論，大家充分肯定這 一全麵係統的經驗，為全國防治地方性甲狀腺腫大和克汀病提供了寶貴的經驗，並為開展同類研究工作提供了樣板。由朱憲彝教授及其助手撰寫的專著《有關地方性甲狀腺腫大和克汀病的幾個問題》，成 為這一領域科技工作者的必讀文獻。
即使在“文革”期間，朱憲彝也沒間斷對地方性甲狀腺腫大和克汀病的研究工作，唯恐由於不能堅持科學地補充碘鹽而造成地方性甲狀腺腫大和克汀病新的大麵積流行。他曾對過分強調手術切除地方性甲狀腺腫大的意義表示過擔憂，他認為會忽視最基本的預防 他還注意到，有些地方誤把甲狀腺腫大和克汀病的基本病因歸於遺傳缺陷，他擔心這種說法會把甲狀腺腫大和克汀病的治療工作引入歧途。因此，在20世紀70年代初，朱憲彝重新組織起有基礎、臨床20餘學科的科技工作者參加的內分泌研究隊伍，繼續進行甲狀腺腫大和克汀病的研究攻關。他們除了對承德、天津市郊、河北、山東等地進行現場研究外，還集中力量，在下丘腦一甲狀腺軸係的內分泌激素的放射免疫測定技術上攻關，陸續成功地建立了三碘甲狀腺原氨酸、促甲狀腺激等一係列放免疫測定方法。這些成果被廣泛應用於全國地方性甲狀腺腫大和克汀病的防治研究中，提高了對甲狀腺疾病的診斷水平與研究能力，趕上了世界同類研究水平。在 1978年召開的全國科學大會和全國衛生科技大會上，朱憲彝均受到表彰，所獲得的科研成果，分別受到國家科委、衛生部和天津市的獎勵。天津醫學院成為全國地方性甲狀腺腫大和克汀病防治研究的牽頭單位，朱憲彝則出任中共中央北方防治地方病領導小組地甲腫組的組長。
朱憲彝教授參與製訂了食鹽加碘條例起草、主持地方性甲狀腺腫大和克汀病診療標準的製定。國家對地方病防治工作如此重視，使他更感到自己責任的重大，他撰寫了大量有關防治地方病的論文和科普文章。他認為，我們社會主義國家的政治製度和領導體製，完全有能力把地方病的防治工作做得更好，為在全世界消滅甲狀腺腫大和克汀病提供成功的範例。
1977 年春，朱憲彝在陝西秦嶺山區調研時，了解了西南一帶發現了新的病區，他決定親自走一遭。第二年，他以75歲高齡，主動向衛生部請纓，考察四川、雲南、貴州、廣西、安徽等 5省的地方性甲狀腺腫大和克汀病流行情況。在這次考察中，朱憲彝不顧年老體弱，深入到西昌鹽原縣彝族自治區、本裏縣蒙族自治區、貴州黔南苗族自治區等，這些地區海拔有 二三千公尺 。朱憲彝坐著汽車沿著山間公路盤旋上下，有時還要步行每到一個山寨，他都深入患者的木屋、竹棚親自診治。他常說：“病人行動不便，我們不能為了調查，而給他們增加痛苦。”朱憲彝一手執杖，一肩挎包，為解除少數民族兄弟的痛苦跋山涉水，不辭辛苦。每到一處，他都要反複宣講甲狀腺腫大和克汀病的發病原因和防治方法，他說：“這種病死不了人，所以就引不起人們的重視，可是一大批癡、呆、聾、啞甚至癱瘓的病人，確實是家庭和社會的負擔，影響國家建設，這難道不是一件大事嗎？隻要堅持食鹽加碘， 三五年就能收到很大的成效，能做到的為什麼不抓緊做呢？”朱憲彝每到省會和縣城，都要給醫務人員做學術報告，解答各種問題。每天晚上他都堅持寫完工作日記才休息。