1940年左右。朱憲彝和劉士豪在美國巴爾的摩 醫學》雜誌上發表的論文《鈣磷代謝研究對腎性骨營養不良發病機理的意義及Al10和鐵劑的治療作用》，被推崇為代謝性骨病研究的基石，這也是他倆合作的最高成就。在這項研究中朱憲彝和劉士豪對腎性骨營養不良症進行了深入的探討，在對維生素 D 缺乏症的兩種不同臨床類型認真比較的基礎上，他們發現了對維生素 D反應性降低是腎性骨營養不良區別於軟骨病的顯著特點，並敏銳地察覺到腎髒缺陷和維生素D存在著某種重要的聯係，而這正是腎性骨營養不良的發病機理中的主要因素。盡管限於當時的曆史條件，還不可能對發病機理的各個細節做出完全正確的解釋，但他們所提出的假說確有先見之明。20多年後，美國的迪魯卡（Deluca）教授，循著朱憲彝和劉士豪教授證實的“腸鈣吸收減少與腎鈣有關”的思路。又做了進一步研究，結果發現肝髒羥化後再經腎髒變成活性物質，因而造成維生素D缺乏的症狀。形成腎性骨營養不良；而 Al10不需在腎髒進行羥化便能發揮作用，因此，能治療腎性骨營養不良症，這是在鈣磷平衡理論基礎上的重要發現 由朱憲彝和劉士豪共同命名的“腎性骨營養不良”之說，至今仍為國際學術界所沿用。
朱憲彝除對軟骨病和佝僂病、腎性骨營養不良進行了深入的研究外，對嚴重的纖維性骨炎、成骨發育不全及正常人的鈣磷代謝等一係列骨病都曾進行過探討，先後在國內外發表科研論文 30 多篇。這些論著至今仍廣為專家學者所推崇和引用，以至在朱憲彝逝世後，美國著名骨代謝專家帕菲特（Parfitt .A.M）發表長篇紀念文章時說 ：“三四十年代，全世界關於鈣磷代謝的研究大部分出自於北平協和醫學院。”在這篇題為《朱憲彝一一中國維生素D缺乏和軟骨病臨床研究的先驅》的紀念文章中，他還說：“他的逝世標誌著代謝性骨病理論發展的一個重要曆史時期的終結。他們的成就至今仍對我們有重大的教益和深遠的指導作用。用現代維生素D代謝的理論已經可以解釋當時所做的研究工作。但還有一些問題至今尚不能滿意地闡明。”英國的專家學者則稱朱憲彝的論著是“經典文獻”。
1982 年加拿大著名骨代謝專家雅沃爾斯基到天津來拜訪朱憲彝，將自己的新作呈上，並恭敬地在扉頁上寫道：“送給朱教授——當代鈣磷代謝知識之父。”
由於朱憲彝在鈣磷代謝研究上的卓越成就，他贏得了國內外骨代謝專家的推崇和擁戴。然而，他則始終謙虛地表示：鈣磷代謝的研究成果，是科學家們精誠合作的結晶。他尤為感念劉士豪教授在事業上給予他的諄諄教誨，常常稱頌其所做的傑出貢獻。他認為，自己與劉士豪教授的友誼與合作，堪稱科學家的典範。1974年，劉士豪教授去世了，朱憲彝內心頗為感傷，在他主 編的《內科講座（8）》的扉頁上特別題寫了“紀念中國內科代謝疾病和內分泌專業的先驅、前中國醫學科學院首都醫院內分泌科主任劉士豪教授”的獻詞 。
1942年初，由於太平洋戰爭的影響，協和醫院被迫關閉。無奈，朱憲彝隻得到唐山開灤醫院工作。他原以為可以繼續進行鈣磷代謝的研究，因為礦工在井下作業，日常很少見到陽光，極易患多種職業病，這對鈣磷代謝的研究很有價值。但是，該醫院並不太支持科研，每天隻能忙於應付門診和病房的業務。當時，開灤醫院定有不少清規戒律，對就診的職工分為三六九等，按職位高低給藥治療。對此，朱憲彝非常氣憤，經抗議無效，憤而辭職。1945年朱憲彝回到天津，參加了婦嬰醫院和立仁醫院工作。至此，便中斷了對鈣磷代謝的研究。
致力於地方病防治
今天，碘鹽是再普通不過的調味品。但在20世紀50年代，由於缺碘，不少地方甲狀腺腫大和克汀病不可遏製地蔓延著。當時的教育部長楊秀峰曾向已被任命為天津醫學院院氏的朱憲彝介紹，他的家鄉河北省遷西縣不少人有大粗脖子，還有不少傻孩子。這引起了朱憲彝的注意。他一邊派人去現場調查，一邊查閱國內外文獻。他了解到河南、安徽、雲南、黑龍江等地也都有報道，但缺乏科學係統的整理。他馬上意識到這種病在我國可能普遍存在。而國外對這種地方性甲狀腺腫大和克汀病已有較深入的研究經驗，並指明這種地方病的基本病因是環境中缺碘，適量補充碘鹽即可控製該病的流行。因此，朱憲彝在1956年參加科委召開的製訂全國科學技術發展綱要時，他根據我國地方病發病情況，提出要把地方性甲狀腺腫大和克汀病的防治研究列為臨床內分泌研究首位。