人們悲觀地認為，中國已經沒有主權了，唯一能夠壓製外國勢力的地區隻有長江沿岸一帶，他們希望從李鴻章那看到一線曙光。但即使通訊中斷之後，似乎沒有一個中國人從這個角度上看問題，他們沒有任何人相信，北京的電報通訊係統可以迂回建設而不直接通過天津。這時慈禧太後仍然健在，而與慈禧太後的聯係將會比以往更為頻繁。當然慈禧太後的影響力仍然是十分巨大的。令人好奇的是，就在這時候，李蓮英——慈禧太後最為寵愛的假太監被宣告死亡；而報紙上對他的葬禮進行了全程報道。也許在一定程度上，他是被慈禧太後的新寵排擠掉的。
為了應付義和團動亂後朝廷西逃，北京城無人管理的混亂狀況，7月25日，李鴻章命令黑旗軍將領率一萬名將士從陸路進軍至北京，據說他還安排了幾名海盜首領隨軍前行，這也是中國的慣例；然而當他離開後，黑旗軍將領拒絕行軍，除非李鴻章給足兩萬士兵讓其支配；但軍隊好不容易出發之後，軍中又開始盛行起恐怖主義來。與此同時，李鴻章收到了指派他任直隸總督的指令，他離開了香港，而香港總督哈裏·布萊克爵士也極力勸他回京並建議他同意長江沿岸一帶地區總督要求各自維護各自所管轄地區秩序的建議。
接著李鴻章所麵臨的是他政治生涯中最黑暗的時期。在抵達上海之初，沒人認出直隸總督的身份，更沒人會到他府上拜訪他。這時沒人相信朝廷已指派他為直隸總督；在人們印象中，他一直是那個擅離職守的廣州總督，他來到上海是為了與西方列強斡旋。
為了讓大家認識自己，年邁的李鴻章在人流量最大的靜安寺路旁放了一把扶手椅，在身旁隨從的圍繞之下，他坐在椅子上與過路的人們進行交談，試圖讓大家漸漸熟識他。在過路的人群中，有一位年輕的海軍中尉，他得到了去李鴻章府上拜訪他以及為他拍照的機會。漸漸地，李府開始熱鬧起來，一個又一個外國領事拜訪了他，剛開始他們的拜訪還是秘密地，隨著時間地推移，拜訪便愈發公開起來，最後隻有英國總領事拒絕拜訪他。
8月7日，朝廷發布了一道詔書，具體內容如下：近來，大清與外夷紛爭不斷，引起紛爭的罪魁禍首是一些好戰分子。
然而，一些地方政府並不能夠免於責罰，如果局勢繼續這樣發展的話，最終雙方的積怨會越來越深，這會讓我們與西方列強的關係越來越惡化。這將不利於全世界的繁榮與發展。因此朕指派李鴻章為全權代表，代表清政府與西方列強談判，以阻止與西方列強關係的進一步惡化；對於李鴻章為全權代表的任命將會由外務部通過電報發出，接下來李鴻章將會與西方列強進行和平談判。
起初，李鴻章向他的商貿公司發了一份電報，要求派出一艘輪船以及兩百名保鏢。當北方人聽到這一消息時，說到：“西方國家現在急於求和，因此需要李鴻章扮演求和者的角色。他願意賠償所有軍費。然而董福祥卻不希望如此，他要求將所有外國人驅逐出境。”
李鴻章來到上海後還要麵對各種層出不窮的狀況，8月15日，包括李鴻章在內的所有總督要求美國在其中調停，阻止英國軍隊登陸上海。此時，他們邁出這一步並不困難——但是在此之後，大清必須考慮關於外國人的保護問題，因為不僅僅是英國軍隊將要登陸上海，法國、德國軍隊也將緊隨其後。
然而，在陝西饑荒的時候，李鴻章收到了一份據說是來自慈禧太後的信件，在其中他並沒發現慈禧太後與攻擊外國公使團有任何瓜葛；但是對於眼光長遠、顧全大局的李鴻章而言，不論真實情況如何，在世界各國麵前，他也不能承認此事。
李鴻章向山東巡撫袁世凱發了一封電報，其中說道：“我發現，在外務部發給我的所有電報以及我所讀過的一些外國報紙中，關於北京外國公使團之事，與朝廷所發密詔不盡相同。因此我認為在這樣的環境之下，我們很難在這方麵與西方列強進行開誠布公的溝通與談判，並達成共識。我昨天給朝廷遞了一份奏折，要求指派慶親王、榮祿以及劉坤一和張之洞總督作為我的同伴一同與西方列強進行和平談判；並讓我們以友好而溫和的方式，將此事向各國解釋。接著，我會向上海的各國領事求情，但必須提到的是，除了一些拜訪過我的領事，其他的領事似乎另有想法。我已經向他們本國政府發了電報，但回複是他們無權代表他們國家在此進行和平談判。但為了讓事情盡快圓滿解決，我乘汽船到天津和北京，我想在幾位同僚的協助之下，也許便可以找到與這些國家進行公開談判的機會。”