《達·芬奇密碼》的製作成本高達l億2千5百萬美元，其中包括給林肯大教堂的18萬美元捐款，哥倫比亞公司通過這種方式說服該教堂網開一麵，用來在電影中替代西敏寺教堂。漢克斯被當地媒體描述為“自威廉大帝之後第一位進入林肯大教堂的名人”，然而，當他隨劇組人員抵達教堂門口時，卻遭到了一群羅馬天主教修女的抗議，修女瑪麗甚至跪倒在台階上，手中高舉一個標語牌，上麵寫著“不要傷害我們太深”。
麵對如此強烈的反應，漢克斯感到很委屈，他在接受記者采訪時說：“我們從沒想過要傷害哪個人，據我所知，戈德曼在改編原著時已經有意淡化了宗教色彩。我也可以告訴你們，霍華德隻想把它拍成一部帶有懸念的驚悚片，他在籌備階段看了大量的影片，不是《驅魔人》（TheExorcist）、《羅絲·瑪麗的嬰兒》（Rosemary’sBaby）一類的恐怖片，就是《總統班底》（AllthePresident’sMen）這樣的揭密電影，宗教隻是我們無法回避的元素之一。”
為了證明他依然是個好好先生，在蘇格蘭羅斯林教堂拍外景時，他自掏腰包邀請一名10歲男孩凱爾·愛德華茲到現場參觀，並帶著他在附近的名勝古跡遊覽了一天。
然而，哥倫比亞公司卻不像他這麼坦然，為了防止這位千萬身價的大明星廊，在世界藝術的珍品中神遊一番。
《達·芬奇密碼》的拍攝是個巨大而又繁雜的工程，原著中錯綜複雜的線索和離奇晦澀的典故都給創作者帶來了意想不到的麻煩。丹·布朗甚至在影片開拍之初就放出話來，“小說作者一向是改編作品最苛刻的觀眾。我堅信看這部電影的人會在放映過程中離開影院，因為他們覺得還是回家看原著更解渴。”
布朗的預言沒能給霍華德造成太大的壓力，反倒是他的一起官司讓哥倫比亞公司驚出一身冷汗。新西蘭人邁克爾·貝金特和美國人理查德·萊聯名狀告布朗，稱《達·芬奇密碼》一書剽竊了他們和亨利·林肯22年前合寫的非小說類著作《聖血和聖杯》中的核心假設、基本事實和架構，因而侵犯了《聖血和聖杯》一書的版權。英國倫敦高等法院受理了此案，如果原告勝訴，他們下一步可能要求分享小說和同名電影的收益，也可能請求法庭頒布強製令阻止進一步的侵權行為。如果原告采取後一種做法，不僅將妨礙《達·芬奇密碼》一書在英國的銷售，也會給定於5月19日同名電影的公映造成很大麻煩。推遲上映日期是小，也許該片還會麵臨遭禁映的危險。
幸好，這隻是一場虛驚。5月17日，漢克斯隨主創人員一道出現在法國戛納電影節的紅地毯上，該片作為本屆電影的開幕影片第一時間與觀眾見麵。
兩天後，《達·芬奇密碼》的全球首映如期降臨。盡管來自教會組織的抗議聲此起彼伏，該片仍一舉拿下了2．24億美元的票房佳績。這是全球第二高的首映票房紀錄，僅次於《黑客帝國3》（Matrix3）。
如此巨大的成功並不能消除負麵的聲音，權威的《綜藝》雜誌認為，“該片可以被看作湯姆·漢克斯最遲鈍的一次表演，他幾乎成了故事的活布景，大部分時間裏他所能做的就是緊皺眉頭，好像這樣就能解開惱人的密碼。”
與哈裏森·福特相比，漢克斯的確不太適合在這種完全被情節推動的電影裏出現。由於有太多的東西需要交代，影片根本沒有給他留下任何表現人物性格和心理的空間。更何況這是一部由美、法、英、西班牙等多國演員聯合演出的電影，尤其女主角奧黛麗·塔圖是法國人，她與漢克斯之間缺少足夠的默契，他們的表演自始至終沒有碰撞出期待中的火花。
這是漢克斯出道以來出演的第36部電影，在他出演過的電影中共有15部利時，他站在門背後，讓你覺得像惡夢降臨。他也使你為他難過。對我來說，這才是一個電影演員：一個不需要言語卻能概括很多東西的人。”
有趣的是，漢克斯說這番話時是在1989年，當時他還被視為一個靠打打鬧鬧吸引觀眾的演員。10年後他的表演深沉了許多。在《拯救大兵瑞恩》，甚至在《電子情書》中，他隻需要用一隻不停顫抖的手就能表達出豐富的內涵，或者用一動不動地坐在電腦前的背影抒發出足夠多的情感。顯然，他一直在從杜瓦爾這些演員的身上學習真正有力量的表演，哪怕他的表演功力已經得到了兩座奧斯卡金像的肯定。
如同他塑造的銀幕形象，漢克斯在他的觀眾麵前始終是個謎。