雖然這部群像式的電影沒有給漢克斯再添一座奧斯卡金像，他也開玩笑地說“如果我再次獲勝，肯定會有人從多蘿西·錢德勒禮堂的屋頂上跳下來自殺”，不過首映周末3000多萬的票房則充分證明了它的成功，而最終一億七千二百萬的票房總成績也再次說明漢克斯有能力將一個不時興的題材變成一部賣座片。
《阿波羅13號》也是漢克斯第一次有機會在他主演的電影裏極大滿足自己的個人興趣，雖然《粉紅聯盟》一定程度上滿足了他對棒球的喜好，但它畢竟是關於一支女子棒球隊的。
漢克斯對太空的興趣由來已久。“當我還是個孩子時，我花了很多時間去關注太空計劃。”他說，“我清楚地記得阿波羅7號在1968年11月發射升空。接著便是12月的聖誕節，我在電視上看到了阿波羅8號的首次繞月飛行。宇航員們行進在前往月球的途中，這對我來說是十分重大的事情。在拍攝《阿波羅l3號》的過程中，我感到最幸福的是我不僅能親眼見到這些宇航員，還在宇航中心與地麵指揮官會麵。”
在他簽約《阿波羅13號》之前，他為自己的製作公司起名為“克拉維斯基地”，源於電影《2001年太空漫遊》中發現巨石的月球山的名字。他十分看重太空計劃的重要性，以至於認為人類曆史應該劃分為兩個階段：登月前和登月後。
到《阿波羅13號》開拍之際，漢克斯已經成了一個名副其實的太空專家，導演霍華德和劇組人員都把他視為技術顧問級的人物。正如製片人布萊恩·格拉澤所說，“湯姆在這部電影裏起到了十分關鍵的作用，因為他對此次太空任務中實際發生的事情了如指掌，所以他使這部電影看上去極其真實。湯姆十分清楚這部電影的基調，他知道這部電影應該是什麼樣子並時刻監督著它的走向。”
正是在漢克斯的建議下，霍華德決定安排在美國宇航中心的KC一135真空太空艙裏拍攝占影片一半篇幅的失重場麵。KC一135實際上是一架改裝過的707客機，專門用來幫助宇航員模擬太空失重的感覺。當飛到距離地麵3萬6千英尺的上空時，它以最快的速度直衝而下，在這個過程中，機艙裏的所有物體都會暫時擺脫地心引力。
由於整個過程隻有短短的25秒，所以，要拍完所有的戲，這樣的過程必須反複600多次，這對演員的生理承受能力提出了巨大的挑戰。
凱文·培根最初拒絕參與拍攝，但在漢克斯和比爾·帕克斯頓的勸說下，他才勉強決定一試。
其實，包括漢克斯在內，所有參與拍攝的人都不知道能否堅持到最後。但在飛過了幾次之後，漢克斯有了足夠的自信，他拒絕靠服藥來減輕嘔吐的感覺。“我想看看我能否扛得住，因為那些從事這個職業的人是不吃藥的。”他說，“天哪，那真是地獄般的感受。我想說的是，我從未這麼想吐過。當一場戲拍完後，你起碼要用3個小時才能讓你的五髒六腑歸回原位。”
盡管如此，他也沒忘了拿他在拍《阿甘正傳》時就認識的加裏·辛尼斯開玩笑。辛尼斯在片中飾演肯·馬丁利，這位宇航員在阿波羅13號發射前一天被醫生臨時取消了飛行資格。用辛尼斯扮演這個角色看來是個有預見性的選擇，因為他對失重的反應是最強烈的一個，幾乎吐得直不起腰來。漢克斯說：“我認為加裏穿黃軍裝的樣子很帥，但不是在他吐得臉色蠟黃的時候。”
談到拍攝過程中的趣事，他說：“最令我同情的人是攝影師安妮·萊博維茲。為了替《名利場》雜誌拍照，她和我們一起坐上了KC—135。自始至終，她都像氣球一樣在空中飄來飄去，但她依然堅持工作。她一手端著相機，一手拿著嘔吐袋。她是名副其實的太空人。”
最終，演員們花費在Kc一135上的時間甚至超過了宇航員。霍華德對《人物》雜誌說：“如果說有什麼東西能與性高潮相提並論的話，失重的感覺應該算是一種。”
美國宇航中心負責失重試驗的鮑勃·威廉斯最初並不樂意讓好萊塢明星做他的試驗品，他說：“我們對好萊塢明星的了解全部來自於銀幕和熒屏，所以我認為他們最擅長的是騙人的把戲。但是，通過這部電影的拍攝，我發現他們其實是和我們一樣的一群人。”
回到地麵上後，劇組移師到環球片廠的攝影棚裏拍攝密封艙裏的戲，用演員們的話來說，“這是在一輛甲殼蟲汽車裏拍戲。”
在最後一個月的拍攝中，霍華德居然營造出了一個氣溫在零下34度的環境，以便讓演員們身臨其境地感受到宇航員在阿波羅13號失去動力後的遭遇。