正當清軍和大順軍在北方廝殺不已時，在南京，明朝的一些將領和官僚為了收拾起半壁河山，擁立福王朱由崧做皇帝，年號弘光，這就是第一個南明政權。弘光王朝建立起來以後，就把自己放在與清王朝對立的位置上，而且麵臨著清王朝即將開始的對全中國的軍事征服行動。起初，江南的有誌之士對南京政權期望很大，希望它不僅能夠抗擊清軍的南下，而且能夠收複淪陷的故土。李自成攻入北京的消息傳到江南時，顧炎武正在蘇州，他看到別人的浮動，社會的不安定，便急忙趕回昆山，把家人疏散到偏僻的地方。
顧炎武19歲以後一直用“絳”為名，明亡之後，他便改名炎武，字寧人，又作炎午。據說這是因為南宋民族英雄文天祥有一個學生叫王炎午，很有民族氣節。他改名為炎午，即含有以文天祥為師之意。
聽到南京政權成立的消息，顧炎武感到很振奮，但他更期望參加實際鬥爭，為國家民族作出自己的貢獻。1645年，顧炎武被福王政權任命為兵部司務，他並不嫌官小，隻認為這是自己為國家盡力的好機會。因此任職之前，集中精力撰寫了著名的“乙酉四論”：《軍製論》《形勢論》《田功論》《錢法論》。在文章中，他猛烈抨擊明末社會中存在的種種弊端，指出當時的社會已到了非變革不可的時候。並且從弘光政權的實際情況出發，圍繞著政權穩定，並能夠和清廷對抗的核心問題，就軍隊的改選、軍事戰略的策劃、財政的整頓以及務農積穀等，提出了一係列切實可行的應急措施。在《錢法論》一文中，顧炎武還深入淺出地闡明了貨幣的流通規律，可見他對經濟問題確有研究。
帶著自己精心研究而提出來的改革方案，顧炎武興衝衝地上路了。一路上春光明媚，他相信福王政權會采納自己的主張；在鎮江所見的戰鬥演習，旺盛的士氣，更讓他熱血沸騰，懷著激動的心情寫下《京口即事》二首，抒發對抗清必勝的信念。可是，到南京後不久，殘酷的現實使他大失所望。福王朱由崧政治上毫無作為，生活上荒淫透頂。弘光王朝的政權由馬士英、阮大铖執掌，他們都是奸詐、陰險的貪官汙吏，與福王狼狽為奸，苟且偷安。他們置國家民族的安危於不顧，隻熱衷於結黨營私，爭權奪利，甚至排擠和打擊愛國將領史可法等人。複仇既成空話，出師更是無期。懷著一腔報國熱情趕到南京的顧炎武，得到的隻有冷遇和白眼，他的主張更無人受理，政治抱負不得施展，隻得憤憤而歸。
就在這時候，南京的形勢更加危急了。1645年，清軍在摧毀李自成的大順政權後，便調集精銳部隊向福王政權發起了猛烈進攻。是年三月，清軍節節南下，渡過淮河，圍攻揚州，打算奪取揚州為據點，再橫渡長江，直取南京。當時堅守揚州的是南明政權的兵部尚書史可法。他在得不到弘光王朝一兵一卒援助的困苦情況下，拒絕了清朝的誘惑，給來犯的清軍以迎頭痛擊。然而寡不敵眾，四月二十五日，揚州保衛戰失敗，史可法等愛國將領英勇就義。揚州失陷後，清軍竟下令屠城十日，製造了一場慘絕人寰的浩劫，將一座曆史悠久、繁華富庶的古城變成了一片瓦礫廢墟。
麵對大敵，顧炎武雖不滿福王政權的腐敗無能，但仍把它看做是國家的象征。五月，他再次前往南京。可是，福王政權已是兵敗如山倒。鎮江、蘇杭等地先後失陷。明朝大將或逃或降。腐敗的明軍幾乎全部瓦解，剩下的一小部分也無力抗擊清軍了。與此同時，降將劉良佐抓回出逃的弘光皇帝，並把他押解到南京。這樣，弘光王朝維持不到一年的時間就覆滅了。
清軍對江南人民的血腥屠殺，激起了顧炎武強烈的民族仇恨。他敬仰史可法等人的英勇獻身精神，堅定了誓死不屈的意誌。同時，他也相信，江南人民有著不畏強暴的精神，抗清鬥爭將繼續進行下去，他在詩中寫道：“勾踐棲山中，國人能致死。歎息思古人，存亡自今始。”