一行學習十分認真。他在向師父學習梵語和密宗經典的同時，也向師父學習“工巧”，這為他以後和梁令瓚合作，共造天文儀器，打下了良好基礎。師父的手巧極了，自製模型，鑄造金銅靈塔，備極莊嚴。所畫曼陀羅尤其精妙，妙手天成。這大概是虔誠誦“真言”的緣故吧，諸法皆成就嘛。
兩三年裏，一行從善無畏學習了密宗胎藏界全部理論、修法和儀軌，成為胎藏界阿卷土重闍黎，即地位很高的師父。在以後的幾年裏，除幫助師父譯《大日經》，並為之作《疏》外，又積極建議皇帝讓善無畏譯《蘇婆呼童子經》三卷及《蘇悉地羯羅經》三卷，為弘揚密宗建立了最基本的理論基礎。
開元七年（719），南天竺阿閣黎金剛智聞說中國佛法興盛，從海道來到廣州，奉敕入長安，次年又隨駕入洛陽。他每到一處，必建大曼陀羅灌頂道場，廣收門徒，傳授與善無畏相異的金剛界密法。據說，金剛智在南天竺觀音寺斷食七日求法，使枯萎的尼拘陀樹重新枝葉繁茂，感動了觀音菩薩，便現身對他說：“……可往中國禮謁文殊師利菩薩，彼國與汝有緣。”這樣一來，他來到中國後，便受到很高的禮遇。一行已對密教產生了濃厚興趣，所以，他又拜金剛智為師，學習金剛界密法。
這年從正月到五月一直未下雨，道士們祈雨無效，玄宗皇帝下詔令金剛智結壇祈雨，並詔一行：“請大師到結壇地點謹密候之，若金剛智有何需求，隻要能祈下雨，可盡量供給。”因為此前幾次以密法祈雨都是十分靈驗的。
漢地佛教在實踐上不主張修神通，一行也不崇尚神通，但他一向謹慎、老成，還想看看金剛智這一套金剛界密法到底有何特色，所以奉旨後便立即來到廣福寺。
密宗金剛界講究“智差別”，與胎藏界的曼陀羅不同之處是：供奉佛菩薩共一千四百六十一尊，而對方的曼陀羅供奉佛菩薩僅四百一十六尊。金剛智領著弟子們正忙著築壇，繪曼陀羅，壇高四肘。
一行掃了一眼，發現金剛智沒有按照正常曼陀羅畫法，即中央繪上大日如來，周圍繪上東方阿閦、南方寶生、西方無量壽、北方不空成就佛，外圍再繪上其餘的一千多尊菩薩，而是直接繪了七俱胝菩薩像。以非常之法行非常之事，勉強給自己留了一點兒退路。
金剛智和徒兒們看見一行，不待開口問便說：“這是用不空鉤，依菩薩法……”然後便招呼：“請大師坐，請上坐，給大師泡茶，泡好茶。”
一行說：“奉旨聽候金剛智大師差遣，大旱五月，大師若能祈下雨來，真是無量功德。貧僧能參與盛事，真乃三生有幸。從今日起，就在此恭侍您了。”“哪裏，哪裏，您是欽差，皇上這樣看重這次法事，老衲說不得盡力效命就是。”
“那麼敢問大師，何時能祈下雨來呢？”
“明日六月初八，法事正式開始，七日為限，至遲到第七日給菩薩‘開光’時，雨一定下來。”金剛智掐著指頭說。
從此一行就住在廣福寺裏，謹守曼陀羅戒壇寸步不離。這七天裏金剛智領著徒弟們，對著沒畫眼珠子的七俱胝菩薩，不停地念《請雨咒經》，《龍咒水浴經》，《五龍咒毒經》。到了第六日晚上仍是萬裏晴空。金剛智命徒弟們以牛糞塗地，設飲食花果，燒安息香，每人用白線一條念《陀羅尼咒》，念一遍打一個結，共打了四十九個結，說是這樣所有的障礙鬼神都被縛住，明日就可以順利降雨了。徒弟們已累得東倒西歪，金剛智還在強打精神。一行心中老大不忍，暗中打定主意：如果祈雨不成，盡量幫助金剛智過關。
第二天仍是湛藍無雲，塗在地上的牛糞臭哄哄地薰人，招來不少蒼蠅、蚊子、壕蟲。午後好容易起了一陣西北風，飛瓦拔樹，裹沙卷塵。金剛智綻露笑容，趕緊讓給菩薩“開光”——畫眼珠子。眼睛畫好了，風也停了，雨還是沒下。金剛智呆立如木偶，一臉無奈。
一行寬慰道：“大師歇息，天意從來高妙難違。貧僧昨夜觀星象，太白金星犯東井鉞星，今日未雨，恐與此有關，且看太史局占卜結果吧。”
金剛智點點頭，心情輕鬆許多。
太史局官員向皇帝稟報：“昨夜太白犯東井鉞星，占曰：斧鉞用。”
李隆基迷惘了：近來沒有戰事啊。海內升平，百姓行路萬裏不用帶兵器的。怎麼會出現這樣的占卜結果？
一行趁機說：“不應在人，必應在天，也許因‘斧鉞’之動，驚走‘雨師’也未可知。”
“大師以為如何呢？”皇帝問金剛智。
“老衲十歲出家，三十一歲從龍智大師皈依密教，多次祈雨成功，可這次祈雨卻告不驗，隻能說：天意難違，緣法未到。”金剛智婉轉而又語氣堅定地說。一行的話使他懸著的心完全踏實了。